בית הדין האזורי החליט באותו יום לקבוע דיון ולהזמין אליו את נאמני כולל הורודנא וכן נציג מטעם ת"ת עץ חיים.
עו"ד מנחם כהן הודיע ביום ו' באדר א' תשס"ח (12.2.2008) בשם הקדש כולל הורודנא כי אין להקדש זה שום עניין בהקדש בית יהודה –
"והאפוטרופוסים הנוכחיים של כולל הורודנא כלל אינם יודעים מאומה על הקשר של כולל הורודנא להקדש הנ"ל [...] ואם לדעת בית הדין מגיעים לכולל הורודנא כספים כלשהם מהנכס הנ"ל, מתבקש כב' בית הדין להורות לאפוטרופוס שימונה להעבירם."
ביום כ"א באדר א' תשס"ח (2.3.2008) הודיעה חברת האשד לבית הדין האזורי כי על פי תדפיס של רשם ההקדשות נרשם הקדש בית הכנסת בית יהודה בפנקסיו ביום ז' בטבת תש"ס (16.12.1999) ולו ארבעה אפוטרופוסים: זאב פרלשטיין, זאב נובוסלסקי, דוד אפרים סוחבולסקי ויצחק שפירא. בית הדין החליט להזמינם לדיון.
ביום כ"ז אדר ב' תשס"ח (3.4.2008) התייצבו זאב נובוסלסקי ויצחק שפירא לדיון בבית הדין. זאב נובוסלסקי אמר כי מר סוחבולסקי נפטר וכי יש לו ייפוי כוח לדבר אף בשמו של זאב פרלשטיין. הוא הסביר לבית הדין באריכות על הקדש בית יהודה והקדש גראף וציין כי הוא זוכר שהיה במקום ת"ת של עץ חיים, והיה זה לפני שמונה לנאמן על ההקדש.
דיון נוסף התקיים בבית הדין ביום ד' באלול תשס"ח (4.9.2008) בנוכחות הרב פישל אדלר – נציג חברת האשד – וזאב נובוסלסקי. בית הדין בדק את ניהול ההקדש ואת הדרכים לניצול יעיל של נכסי ההקדש בהתאם למטרותיו. בסופו של הדיון הוחלט לקיים דיון נוסף ולהזמין אליו את נציג ת"ת עץ חיים, הרב יוסף טוקצינסקי. כן הורה בית הדין לזאב נובוסלסקי להגיש לבית הדין עד שלושה שמות של מתפללי בית הכנסת המוכנים להתמנות לאפוטרופוסים.
ביום כ"ו במרחשוון תשס"ט (24.11.2008) הגיש הרב נפתלי חדש בקשה להתמנות לנאמן הקדש בית יהודה. בבקשה מסביר הרב נפתלי חדש כי הוא משמש ראש ישיבה של "ישיבת בית מדרש לתורה ירושלים". בית מדרש לתורה בראשותו משתמש זה ארבעים וחמש שנה ברשות במבנה השייך לבית הכנסת בית יהודה:
--- סוף עמוד 6 ---
"בתחילת שנת תשכ"ד למדנו בבית הכנסת עצמו עד שנת תשל"ד שגבאי בית הכנסת ערכו שיפוצים בבית הכנסת, ואנו נכנסנו ללמוד בחדרים שליד בית הכנסת ונמצאים שם עד היום. עיקר הפעילות של בית הכנסת מתקיים על ידינו בצורה הטובה ביותר, ולכך ראוי הוא למנות אותי או נציג מבית מדרשנו לנאמנים."
לבקשה נפתח תיק שמספרו 580017630-44-1 (עם המעבר לתיקים ממוחשבים ומספור חדש הפך התיק לתיק מס' 746753/1). הדיון בבקשה אוחד עם הדיון בבקשת חברת האשד למינוי נאמנים להקדש בית יהודה.