דיון אינטנסיבי בנושא התקיים ביום ג' בכסלו תשס"ט (30.11.2008) בנוכחות זאב נובוסלסקי; הרב פישל אדלר, נציג חברת האשד; הרב צבי אריה טוקצינסקי והרב יוסף טוקצינסקי, נציגי עץ חיים; ב"כ עץ חיים, עו"ד יוסי שחור; והרב נפתלי חדש, נציג "ישיבת בית מדרש לתורה". בסיום הדיון החליט בית הדין לקיים דיון נוסף והורה לזאב נובוסלסקי להביא לדיון את המועמדים מטעם בית הכנסת למינוי לנאמנים וכן לגבש את עמדתם לצירופם של נציגי "עץ חיים" ונציג כולל "בית מדרש לתורה" כאפוטרופוסים להקדש.
רק בשלב זה ולקראת הדיון הנוסף התקבלה בבית הדין האזורי ביום 21.12.2008 הודעת נאמני ההקדש, זאב פרלשטיין, זאב נובוסלסקי ויצחק שפירא כי אין לבית הדין הרבני כל סמכות לדון בענייני ההקדש לרבות מינוי נאמנים, מאחר שההקדש הוא הקדש ציבורי שנרשם לפי החלטת בית המשפט המחוזי המנדטורי מיום 15.3.1944 בתיק 58/44.
בהחלטה מפורטת ומנומקת מיום ג' בטבת תשס"ט (30.12.2008) דחה בית הדין האזורי את טענת חוסר הסמכות וקבע כי הוא מוסמך לפקח על ההקדש (להלן – החלטת הסמכות). וכך כתב בית הדין האזורי (הדיינים הרב ישראל יפרח – אב"ד, הרב יוסף הייזלר והרב אברהם שיינפלד) בהחלטת הסמכות:
א. ביום כ"ד תמוז תש"ב (9.7.1942) אישר בית הדין הרבני בירושלים בראשות הרה"ג חזקיה שבתי זצ"ל (בתיק 6/4/702) שטר הקדש על הנכס הידוע כגוש 73 חלקה 17 בשכונת בית יעקב ירושלים, ועל בית הכנסת בית יהודה שהיה עליו. עוד קבע בית הדין, שההקדש הוא הקדש דתי לתפילה ולימוד קודש לתינוקות של בית רבן, לא ימכר ולא יגאל לעולם. וכן שניהול ההקדש יהיה על ידי ר' טוביה סלומון ור' שמריה אשכנזי, ולאחר אריכות ימיהם ינוהל על ידי אפוטרופוסים שימונו על ידי בית הדין. (שטר ההקדש נמצא בתיק בית הדין והעתקו מצורף להחלטה זו).
אין חולק ששטר הקדש זה קדם בשנתיים ימים להחלטת בית המשפט למנות נאמנים להקדש. וממילא לא הייתה אפשרות לפנות לבית המשפט בעניין זה, והוא נעשה שלא כחוק ושלא בידיעת בית הדין, וכמו שנראה להלן, גם שלא בידיעת בית המשפט.
בוודאי שפעולה לא חוקית זאת אין בכוחה להפקיע את הסמכויות החוקיות של בית הדין כמפקח על ההקדש.
ב. יתר על כן, עוד ביום י"ח לחודש טבת שנת תרפ"ח (11.1.1928) מינה בית הדין של הרבנות הראשית בירושלים בראשות הרה"ג צ' פ' פראנק זצ"ל, אפוטרופוסים על ההקדש, את ר' טוביה סלומון ור' שמריה אשכנזי. וקבע, 'שהכל יעשה בהשגחת הרבנות הראשית לא"י שלפניה על האפוטרופסים הנ"ל להמציא דו"ח בכל שנה ושנה'.