בהתאם לפסק הדין בעניין ניר עם כהן, נדחו על הסף ברבות השנים עתירות רבות שבהן הועלו טענות שכוונו להחלטה להגיש כתב אישום ולשיקול הדעת שבבסיסה. בכלל זאת, הופנו העותרים לערכאה הפלילית הן לטענות בדבר סבירות ההחלטה להגיש כתב אישום, הן לטענות בדבר קיומו של אמצעי מידתי יותר, חלף הגשת כתב אישום (ראו, מני רבים: בג"ץ 5067/16 ברגותי נ' התובע הצבאי, [פורסם בנבו] פסקה 7 (15.9.2016); עניין קניאס, פסקה 7; בג"ץ 2766/13 גוריון נ' מדינת ישראל, [פורסם בנבו] פסקה 4 (23.4.2013); בג"ץ 7731/12 י.ב ורד הכרמל בע"מ נ' מדינת ישראל, [פורסם בנבו] פסקה 4 (14.1.2013); בג"ץ 5495/12 מעדי נ' היועץ המשפטי לממשלה, [פורסם בנבו] פסקה 3 (17.7.2012); בג"ץ 2839/10 דוד נ' הפרקליט הצבאי הראשי, [פורסם בנבו] פסקה 9 (29.4.2010); בג"ץ 7177/06 אמיקופ בע"מ נ' מדינת ישראל, [פורסם בנבו] פסקה 2 (20.9.2006); בג"ץ 2419/06 שוורץ נ' היועץ המשפטי לממשלה, [פורסם בנבו] פסקה 5 (25.6.2006)). ודוקו: ברבים מהמקרים הייתה זו המדינה שטענה בתגובותיה לעתירות כי מקומן של הטענות שמעלים העותרים להתברר בבית המשפט הפלילי.
לכך יש להוסיף כי גם בהליכים פליליים חזר בית משפט זה על ההלכה שנקבעה בעניין ניר עם כהן, ודן – בשבתו כבית משפט לערעורים פליליים – בטענות שמופנות לשיקול דעת התביעה. כך לדוגמה, בע"פ 3215/07 פלוני נ' מדינת ישראל [פורסם בנבו] (4.8.2008), צוין במפורש כי "החלטתה של הפרקליטות, כרשות מינהלית, להעמיד אדם לדין אינה יכולה להיעשות בשרירות הלב, ועליה לעמוד במבחנים המקובלים לגבי כל החלטה מינהלית, כגון מבחנים של מטרה כשרה, שיקולים ענייניים, סבירות ועוד" (שם, פסקה 36; עניין זקין, בעמ' 305; עניין גנור, בעמ' 508). אציין כי במרבית מקרים אלה הטענה שכוונה לשיקול דעת רשויות התביעה נגעה לאכיפה לא שוויונית.
משאלה הם פני הדברים, אני מוצא שקיים קושי רב בהפניית עותרים לטעון טענותיהם בערכאה הפלילית מצד אחד, ומצד שני להגביל את סמכויות אותה ערכאה (ראו והשוו: יצחק זמיר השפיטה בעניינים מינהליים 43-42 (1975)). בהקשר דומה ציינה השופטת ד' ברק-ארז כי: "מדיניותו העדכנית של בית משפט זה היא שטענות של נאשמים כנגד החלטותיהן של רשויות התביעה יועלו וייבחנו בגדרו של ההליך הפלילי [...] בהתאם לכך, משהוחלט כי הפורום המתאים לדון בטענותיו של נאשם כנגד שיקול הדעת של התביעה בהגשת כתב אישום הוא ההליך הפלילי – יש לוודא כי ערוץ זה יהיה פתוח לכל הטענות שניתן היה להעלות בעבר בעניין זה בהליכי ביקורת שיפוטית בבג"ץ" (עניין גוטסדינר, פסקה 58 לפסק דינה של השופטת ד' ברק-ארז; ברק-ארז, כרך ד, בעמ' 377). אף עמדת המדינה בהליך דנן היא במפורש כי "יש לוודא כי לכל טענה מנהלית-חוקתית יימצא פורום שידון בה, ואף יוכל לתת סעד בעניינה במקרה המתאים" (סעיף 93 לתגובה לבקשה לדיון נוסף).