כבכל מקרה של הפעלת שיקול דעת, קיים חשש מובנה כי הוא יופעל בצורה שגויה (או במקרים קיצוניים, כי יעשה בכוח שניתן לבעל הסמכות שימוש לרעה). ביקורת שיפוטית על שיקול הדעת נועדה לתת מענה לחשש אינהרנטי זה, והיא הכרחית למניעת פגיעה שלא כדין בזכויות אדם, לא כל שכן כאשר על הפרק שלילת חירותו של אדם. בהקשר דומה ציין הנשיא א' ברק כי "יודע אני כי פיקוח שיפוטי אינו מבטיח תמיד הגנה יעילה על זכויות האדם. אך משוכנע אני כי היעדר פיקוח שיפוטי סופו פגיעה בחירותו של האדם. באין דיין אין דין [...]. אין לקיים שלטון חוק וזכויות אדם בלא ביקורת שיפוטית על החלטה שלטונית הפוגעת בזכויות אדם" (רע"פ 2060/97 וילנצ'יק נ' הפסיכיאטר המחוזי – תל אביב, פ"ד נב(1) 697, 713 (1998)).
הביקורת השיפוטית על ההחלטה להעמיד לדין מתחייבת ביתר שאת לאחר חקיקת חוקי היסוד, והשפעתה על המשפט הפלילי כולו (ראו באופן כללי: בש"פ 537/95 גנימאת נ' מדינת ישראל, פ"ד מט(3) 355, 421 (1995); בפסק הדין התקיים דיון נוסף, דנ"פ 2316/95 גנימאת נ' מדינת ישראל, מט(4) 589 (1995); אהרן ברק "הקונסטיטוציונליזציה של מערכת המשפט בעקבות חוקי-היסוד והשלכותיה על המשפט הפלילי (המהותי והדיוני)" מחקרי משפט יג 5, 12 (1996); יהודית קרפ "המשפט הפלילי – יאנוס של זכויות האדם: קונסטיטוציונליזציה לאור חוק-יסוד: כבוד האדם וחירותו" הפרקליט מב 64 (1995)). ביקורת זו נועדה לשמור על זכותם של החשוד ושל הנאשם להליך הוגן, ולהבטיח כי מקום שבו עושה המדינה שימוש בכוחה להעמיד לדין אדם, הדבר יעשה בהליך נאות (ראו והשוו: עניין יששכרוב, בעמ' 560-559; בג"ץ 11339/05 מדינת ישראל נ' בית המשפט המחוזי בבאר-שבע, פ"ד סא(3) 93, 154-153 (2006)).
לכל האמור יש להוסיף כי ביקורת שיפוטית על שיקול דעת התובע טומנת בחובה ערך רב, לא רק במניעת הפעלת שיקול דעת שגוי במקרה הפרטני ובהושטת סעד במקרה המחייב זאת, אלא גם בהבטחת אמון הציבור במערכת אכיפת החוק. הפעלתו הראויה של הכוח השלטוני הפלילי מבוססת, בין היתר, גם על אמון הציבור ברשויות התביעה וברשויות השלטון (ע"פ 6328/12 מדינת ישראל נ' פרץ, [פורסם בנבו] פסקה 26 (10.9.2013) (להלן: עניין פרץ)). אמון זה מושתת על ההנחה שהחלטות התביעה מתקבלות על בסיס שיקולים ענייניים (ראו והשוו לדיון בכל הנוגע לביקורת שיפוטית על שוויוניות ההחלטה להגיש כתב אישום בעניין גנור, בעמ' 512; עניין פרץ, פסקה 26). הגשת כתב אישום שלוקה בחוסר סבירות או בחוסר מידתיות (בדומה לפגמים אחרים בשיקול הדעת) – במידה שתצדיק התערבות של בית המשפט בעילה מעין זו – מוליכה לפגיעה באמון זה ברשויות התביעה. לכך יש להוסיף כי התערבות בית המשפט במקרים המתאימים חשובה לאמון הציבור בכך שמערכת המשפט לא תיתן ידה להליך שמקורו בהתנהלות פגומה של הרשות המינהלית.