בשונה מן האמור לעיל, סעיף 2 לחוק קובע עבירה עצמאית, אשר מכוונת רק לגורמים הבכירים במסגרתו של ארגון פשיעה (עבירה זו תכונה להלן – פעילות בארגון פשיעה). לעניין עבירה זו די להוכיח ביצועם של תפקידים מסוימים במסגרתו של ארגון פשיעה, כהגדרתו בחוק, ואין הכרח לקשור את בעל התפקיד לעבירות ספציפיות שבוצעו על-ידי הארגון, למשל עצם העמידה בראש ארגון פשיעה מהווה עבירה לפי סעיף 2 לחוק. הטעם לקיומה של עבירה זו הינו קושי אשר מתעורר לעתים לעניין הוכחת הקשר של ראשי ארגון הפשיעה לעבירות המבוצעות על-ידי חברי הארגון או מטעמו. קושי זה נובע מן המבנה ההיררכי של רבים מארגוני הפשיעה, היוצר מרחק בין מקבלי ההחלטות בארגון לבין מבצעי העבירות בפועל (הצעת החוק, עמ' 762). עם זאת בהחלט ייתכן כי הוכחת היותו של פלוני פעיל בארגון פשיעה תתבצע על דרך הוכחת חלקו בעבירות ספציפיות המבוצעות במסגרת הארגון, ואשר לגביהן הוא יואשם לפי סעיף 3 לחוק, למשל אם מוכח כי פלוני ביצע שורה של עבירות ספציפיות במסגרת ארגון פשיעה, וכי בעת ביצוע עבירות אלו הוא תפקד כמנהלה וכמארגנה של הפעילות העבריינית, יהיה ניתן להאשימו אף בעבירה לפי סעיף 2 לחוק".
- חוק מאבק בארגוני פשיעה מתמקד, אפוא, בפעילות העבריינית המאורגנת כמכלול ולא בעבירה הבודדת.
ביסוד החוק עמדה ההכרה בכך כי דיני השותפות הרגילים אינם מסוגלים להתמודד עם מאפייניה המיוחדים של הפשיעה המאורגנת ובייחוד עם הקשר של ראשי הארגון לעבירות המבוצעות במסגרת הארגון על ידי הדרגים הנמוכים, הסרים למרותם; קשר אשר עלול להתערפל נוכח היותו של הארגון אכסניה לביצוע פעילות פלילית ב"שלט רחוק".
על כן נקבע כי שתי מערכות הדינים מתקיימות זו לצד זו:
"אין האחד מוציא את רעהו ומקרה כמו זה שבפנינו, החוסה תחת קורתן של צמד האכסניות – דיני השותפות ודיני ארגוני הפשיעה כאחד, יהיה נתון במקביל למרותן של שתי מערכות הדינים" (עניין זוארץ, פסקה 43).
- באשר לאחריותם של חברי צמרת הארגון לעבירות שביצעו שלוחיהם, נקבע כי אין בחוק מאבק בארגוני פשיעה לחתור תחת עקרון היסוד של הטלת אחריות על המבצע הישיר.
בהתאם לכך נקבע כי:
"בעניין זה יש להדגיש, כי לארגון הפשיעה, על המאפיינים הכרוכים בו, יסוד איגבורי (סינרגטי) המקנה לו ערך מצרפי העולה על התאגדות עבריינית פשוטה (עניין זוארץ, פסקה 42). ארגון הפשיעה אינו שווה ערך להתארגנות עבריינית אשר חבריה עשו יד אחת באופן חד פעמי (אף אם מתמשך במידה מסוימת) לשם עשייתה בלבד. ארגון הפשיעה יוצר 'גשטלט', הוא קורם עור וגידים כגוף עצמאי על רגליו שלו ומוסיף למשקלו הסגולי. לצד זאת, הוא מפתח צורך להזין את עצמו ולכלכל את חבריו בכל זמן. ערך מוסף זה, שבא לידי ביטוי במסגרת עצמאית ובארגון בר-קיימא (עניין שורפי פסקה לג), הוא היסוד הייחודי שמחייב כלי אכיפה וענישה נפרדים המביאים בכלל חשבון גם את ערכו המצרפי של השלם, ולא אך את סכום חלקיו. אבחנה זו, היא העומדת בבסיסו של סעיף 2 לחוק המאבק הקובע עבירה עצמאית למי שעומד בראש הארגון או לבעלי תפקידים שונים בארגון ('פעיל בארגון פשיעה'), בעוד חבר בארגון פשיעה לא יוחזק חייב בגין עצם חברותו אלא רק בגין עבירות שביצע במסגרתו, כאשר החברות בארגון נחשבת אך נסיבה מחמירה. בכך, נבדלת האחריות המשפטית המוטלת על הפעיל בארגון מהאחריות המשפטית שהוטלה מכוח דוקטרינת האחריות הסולידארית בין קושרים. בחוק המאבק, אחריותו של המנהיג מיוחסת לו מכוח תרומתו לתשתית הארגונית ולא בשל אחריותו למעשים הפליליים שנעברו על ידי אחרים. על מנת לחייב את המנהיג הארגוני גם במעשים הפליליים עצמם יש להוכיח את מעורבותו הישירה בהם, ובכך, לא חורג הטיפול בו מעקרון האחריות האישית שעוגן לאחר תיקון 39 לחוק העונשין" (עניין נאצר, פסקה 18) (ההדגשות אינן במקור).