2.1 טענות הנאשמת
2.1.א. טענות הנאשמת לעניין חסינות מפני העמדה לדין
הנאשמת טוענת כי הסכם 2005 עם אהרונסון העניק לה חסינות שהמדינה לא הייתה רשאית לבטל, עת חתמה על הסכם עד המדינה עם אהרונסון ב-2005. עם זאת, כיון שמדובר בעניין זה בשאלות עובדתיות כגון מתי נודע לסימנס ישראל על הסכם עד המדינה, הסכימה הנאשמת, להשאיר שאלה זו לסיום ההליך העיקרי ולאחר שישמעו עדויות בשאלה זו.
טענתה המשפטית המרכזית של הנאשמת היא כי גם אם סימנס אינה מוגנת ישירות מכוח הסכם 2005, הרי שהיא מוגנת מעצם הסכמי עד המדינה שנחתמו עם ה"ה אהרונסון וייס והירש. לטענתה, כיוון שהמאשימה מייחסת אחריות פלילית לסימנס ישראל מכוח מעשיהם ומחשבתם הפלילית של אהרונסון, וייס והירש, מכוח סעיף 23(א) לחוק העונשין העוסק באחריות תאגיד בפלילים מכוח עבירות שביצעו האורגנים בתאגיד (הידועה בשם, ותכונה להלן: תורת האורגנים), הרי שמכוח אותה תורה יש לייחס לסימנס ישראל את החסינות שהוענקה לאורגנים.
לטענת הנאשמת, אם מקבלים את טענת המדינה, לצורך הדיון בטענות המקדמיות, ולפיה אהרונסון, וייס והירש היו אורגנים בסימנס ישראל, הרי שמכוח תורת האורגנים יש לייחס לסימנס ישראל את החסינות שקיבלו השלושה מהעמדה לדין במסגרת הסכמי עד המדינה עליהם חתמו בשנת 2014.
הנאשמת עמדה בטיעוניה בהרחבה, בכתב ובעל פה על תורת האורגנים בכלל, ואחריות התאגיד בפליליים בפרט, וטענה כי תורת האורגנים, מכוחה ניתן, בדין הישראלי, לייחס אחריות פלילית לתאגיד, נסמכת על זהות והזדהות בין האורגן לבין התאגיד. זהות ההופכת, כך לטענתה, את השניים לאחד, כשאחריות התאגיד, הנובעת ממעשי ומחשבות האורגן, היא אחריות נספחת. לטענת הנאשמת, מכוח זהות והזדהות זו, חלה החסינות שניתנה לאהרונסון וייס והירש, גם על סימנס ישראל.
2.1.ב טענות הנאשמת לעניין זכותה להליך הוגן
סימנס ישראל טוענת כי התקשרות המדינה עם מנהלים לשעבר בשורותיה, כדי שיעידו נגדה, היא פסולה על פניה שכן היא פוגעת בזכות להליך הוגן, העומדת לה כנאשמת בהליך הפלילי. לטענתה, אם יתקבלו הודעותיהם של עדי המדינה כנגדה, וכיוון שאין אורגנים מלבדם היכולים להעיד על שקרה, תפגע הן זכותה לשתוק, הן זכותה לחיסיון מפני הפללה עצמית. לפיכך, כך לטענתה, אין לאפשר את העמדתה לדין על בסיס הודעות האורגנים בה שכן תהיה בכך פגיעה חמורה בזכותה להליך הוגן. הנאשמת מוסיפה וטוענת לעניין זה כי הודעות האורגנים כנגדה הן ראיות פסולות, הנכללות בגדר הדוקטרינה לגבי גביית ראיות שלא כדין ויש לפסול אותן לשימוש בנוגע אליה מכוח הכלל הפסיקתי בדבר פסלות ראיות שהושגו שלא כדין (להלן: כלל הפסילה), שנקבע בע"פ 5121/98 יששכרוב נ' התובע הצבאי הראשי, פ"ד סא (1) 461 (2006, להלן: הלכת יששכרוב).