בהמשך אותה פסקה עמד בית המשפט על אופן הבחינה:
"שאלת החלתה של הגנה מן הצדק על מקרה נתון טעונה בחינה בת שלושה שלבים: בשלב הראשון על בית-המשפט לזהות את הפגמים שנפלו בהליכים שננקטו בעניינו של הנאשם ולעמוד על עוצמתם במנותק משאלת אשמתו או חפותו. בשלב השני על בית-המשפט לבחון אם בקיומו של ההליך הפלילי חרף הפגמים יש משום פגיעה חריפה בתחושת הצדק וההגינות. בשלב זה נדרש בית-המשפט לאזן בין האינטרסים השונים, שהעיקריים שבהם פורטו לעיל, תוך שהוא נותן דעתו על נסיבותיו הקונקרטיות של ההליך שבפניו. בתוך כך עשוי בית-המשפט לייחס משקל, בין היתר, לחומרת העבירה המיוחסת לנאשם; לעוצמת הראיות (הלכאוריות או המוכחות) המבססות את אשמתו; לנסיבותיהם האישיות של הנאשם ושל קורבן העבירה; למידת הפגיעה ביכולתו של הנאשם להתגונן; לחומרת הפגיעה בזכויות הנאשם ולנסיבות שהביאו לגרימתה; למידת האשם הרובץ על כתפי הרשות שפגעה בהליך או בנאשם וכן לשאלה אם הרשות פעלה בזדון או בתום-לב. ברי כי בגיבוש האיזון בין השיקולים הנגדיים ייחס בית-המשפט לכל אחד מהשיקולים את המשקל היחסי הראוי לו בנסיבותיו הקונקרטיות של המקרה הנתון. כך למשל ככל שמעשה העבירה חמור יותר, יגבר משקלו של האינטרס הציבורי שבהעמדה לדין, וככל שמעשה הרשות שערורייתי יותר, ופגיעתו בנאשם ובזכויותיו חמורה יותר, יגבר משקלו של האינטרס הציבורי שבשמירת זכויותיו של הנאשם ובריסון כוחה של הרשות. בשלב השלישי, מששוכנע בית-המשפט כי קיומו של ההליך אכן כרוך בפגיעה חריפה בתחושת הצדק וההגינות, עליו לבחון אם לא ניתן לרפא את הפגמים שנתגלו באמצעים מתונים ומידתיים יותר מאשר ביטולו של כתב-האישום. בין היתר, עשוי בית-המשפט לקבוע כי הפגיעה שנגרמה לנאשם, אף שאינה מצדיקה את ביטול כתב‑האישום שהוגש נגדו, מצדיקה היא את ביטולם של אישומים ספציפיים, או תהא ראויה להישקל לטובתו בקביעת עונשו, אם יורשע. כן עשוי בית‑המשפט לקבוע כי תיקון הפגיעה יכול שייעשה במסגרת בירורו של המשפט, כגון בבירור שאלת קבילותה של ראיה שהושגה תוך שימוש באמצעים פסולים."
עוד נקבע, כי ככלל את הבירור תעשה הערכאה הדיונית. לעניין זה יפים דבריו של כב' השופט א' גרוניס בעניין ניר עם (פסקה 5 לפסק דינו):
"אכן, על דרך השיגרה ובהיעדר טעמים מיוחדים, סבורים אנו כי דרך המלך להעלאת טענות כנגד הפגמים שנפלו בהגשת כתב אישום (כולל בשלב החקירה) הינה במסגרת ההליך הפלילי גופו. קביעה זו נסמכת על מספר טעמים: ראשית, בדרך זו יימנע הצורך מפיצול הדיון ומניהול שני הליכים נפרדים סביב סוגיות קרובות. פיצול כזה לא רק שאינו רצוי משיקולי יעילות ומטעמי חיסכון במשאבים שיפוטיים, אלא שהוא אף עשוי לגרום לסחבת מיותרת ולהתמשכות בלתי סבירה של ההליך הפלילי .... שנית, לעיתים קרובות כרוכה השאלה המתעוררת באשר לחוקיות או לסבירות ההחלטה להגיש כתב אישום במחלוקות עובדתיות שונות. לערכאה הדיונית הכלים המתאימים לבירור שאלות עובדתיות ומהיבט זה עדיפה היא על פני בית המשפט הגבוה לצדק. שלישית, יש לזכור כי לרשות הערכאה הדיונית עומד מגוון של אמצעים לטפל בפגמים שנפלו בהגשת כתב האישום. בית המשפט יכול לעשות שימוש בסעדים מתונים ומידתיים שאינם מגיעים כדי ביטולו של כתב האישום.".