א. זיהוי המשיב על ידי הקטינה - בית המשפט קבע כי מחומר החקירה עולה שהקטינה מעולם לא זיהתה את המשיב כמי שפגע בה, וזאת בניגוד לאופן בו הציגה משטרת ישראל את הדברים בפני בתי המשפט. נקבע כי "מדברי הילדה לא עולה בשום פנים ואופן, כי היא פרצה בבכי משום שזיהתה את אותו אדם כמי שעולל לה את המעשה הנורא, אלא בכייה נבע מהסיטואציה בה התבקשה לנסות ולזהות את אותו אדם כמי שביצע בה את אתם מעשים נוראיים" (סעיף 11 לפסק הדין).
ב. תיאורו של החשוד ופרטי לבושו - הקטינה מסרה בחקירתה על ידי חוקרת הילדים, כי התוקף חבש כובע קסקט צהוב והרכיב משקפי שמש, ואבי הקטינה מסר בהודעתו כי בתו אמרה לו שהתוקף הרכיב משקפי שמש עגולים וכי היו לו כפפות.
נקבע כי הגם שאף לא אחד מהמוצגים שנתפסו בבית המשיב תואמים את פרטי הלבוש אותם תיארה הקטינה, טענה המשטרה בדיון להארכת המעצר הראשונה של המשיב ובדו"ח סודי שהוגש לבית המשפט בדיון להארכת מעצרו השניה של המשיב, כי נמצאו זוג כפפות שחורות מצמר ומשקפי שמש וכובע מצחייה העונים לתיאור. בית משפט קמא ראה בכך "שיבוש הליכים והטעיית בית המשפט" (סעיף 12 לפסק הדין).
בהתייחס לקיומן או העדרן של שערות באוזניו של התוקף, ציין בית המשפט כי מן הסתם הקטינה לא יכולה הייתה לראות האם יש שיער באוזניו של המשיב, מה עוד שלא הוכח כי אוזניו אכן שעירות. בחקירתה הקטינה לא תיארה שיער באוזניו, והדבר עלה רק בשלב ציור קלסתרונו של החשוד, עליו נרשם "שיער שחור באוזניים" מבלי שמאייר הקלסתרון נחקר בנושא. בית המשפט העיר כי אי רישום זיכרון דברים בנוגע לדברי הקטינה בהקשר זה מהווה מחדל חקירתי, מה עוד שבימי המעצר הראשונים סירב המשיב להצטלם, כך שהשאלה האם היו לו שערות באוזניו אם לאו הייתה ברמה של שמועה בלבד.
ג. טענת האליבי -המשיב אמנם לא העלה טענת אליבי במהלך חקירתו ביום מעצרו. עם זאת, בחקירתו מיום 18.7.99 השיב כי אינו זוכר היכן היה בשעות הערב של יום התקיפה, אך ציין כי אפשר לבדוק זאת ביומנו, וכי אולי התנדב בפר"ח באותו יום.
בית המשפט מתח ביקורת על כך שהמשטרה לא הוציאה צו לתפיסת היומן, ועל התעלמותה מראיות אשר עשויות היו להיזקף לזכותו של המשיב, מה שמצביע על קיבעון מחשבתי של החוקרים כי המשיב הוא התוקף, תוך התעלמות מהאפשרות כי טעות בידיהם.
ד. פלטי השיחות - נקבע כי הימנעות המשטרה מלבקש את פלטי הטלפון הנייד בו עשה המשיב שימוש לטענתו, והתעלמותה מפלט שיחות מכשיר הבזק שבביתו, עולות כדי מחדל חקירתי וכי "בהחלט יש מקום לסברה, שהשוטרים נמנעו מביצוע חקירות מתחייבות, בשל אמונם הבלתי מסוייג ובטחונם המלא בכך שהתובע הוא הוא האנס המבוקש". בית המשפט מתח ביקורת גם על גורמי הפרקליטות אשר "התפתו להסתמך על חלקי אמיתות וחלקי עדויות כדי לבסס הגשת כתב אישום" (סעיף 15 לפסק הדין).