עוד יש לציין כי תיאוריית הרדיקלים החופשיים, אותה ניסו התובעים לבסס באמצעות חוות הדעת של ד"ר שליט"א, הינה תיאוריה כללית המתעלמת מהחומרים הספציפיים להם נחשפו התובעים, מדרך החשיפה ומסוג הסרטן בו חלה כל תובע ותובע.
בנוסף, בחקירתו הנגדית של ד"ר שליט"א התברר שתיאוריית הרדיקלים החופשיים כפי שמציג אותה ד"ר שליט"א אינה תיאוריה שמקובלת בעולם המדע, כפי שטען ד"ר שליט"א בתחילה. התברר שפרופ' איימס (שד"ר שליט"א מצהיר כי הוא החוקר המוביל בתחום תיאוריית הרדיקלים החופשיים - עמ' 12586 לפרוטוקול הדיון מיום 3.2.08) שלל את התיזות המרכזיות של ד"ר שליט"א וכתב שהציבור חושב שזיהום סביבתי מעשה ידי אדם הוא גורם מרכזי לסרטן אבל זו טעות (עמ' 12590 - 12591) וכן כתב שזיהום מים כגורם סיכון לסרטן הינו קטן (עמ' 12592 - 12593) [ עמוד 21].
ד"ר שליט"א התקשה לבסס את התיאוריה על מקורות מדעיים שיש בהם כדי לתמוך באופן פוזיטיבי בתיאוריה זו. כשנתבקש בחקירתו להמציא מאמרים מדעיים התומכים בכך טען שזו תיאוריה שידועה לכל מדען ולא הצביע על מקורות מדעיים לכך (עמ' 12647 לפרוטוקול הדיון מיום 3.2.08). בחומר הראיות שבפני ביהמ"ש לא קיימת אסמכתא התומכת בתיאוריה של ד"ר שליט"א אשר קושרת בין חשיפת התובעים למי המעגן לבין עליה בכמות רדיקלים חופשיים והיארעות מחלות התובעים. בכל מקרה, על פי דבריו של ד"ר שליט"א עצמו, בעוד הרעיון העקרוני בדבר קיומם של רדיקלים חופשיים הינו רעיון מקובל, התוצאות שהתקבלו בניסויים שונים הינן לא ברורות ולפעמים סותרות (עמ' 12468 לפרוטוקול הדיון מיום 27.1.08).
ד"ר שליט"א לאורך הקריירה המקצועית שלו לא עסק בתחום זה אלא התחיל להתעסק בנושא הרדיקלים החופשיים רק לאחר שפרש לגמלאות (עמ' 12462 לפרוטוקול הדיון מיום 27.1.08). התברר כי ד"ר שליט"א לא היה שותף למחקר כלשהו בעניין רדיקלים חופשיים (עמ' 12463) ולא כתב מאמר כלשהו בנושא רדיקלים חופשיים והקשר שלהם לסרטן (עמ' 12463). ד"ר שליט"א מודה אף כי מעולם לא עסק בחקר סרטן (עמ' 12490).
בנוסף, התברר בחקירה הנגדית של ד"ר שליט"א שעל פי התיאוריה כל פעילות שאנו עושים בחיינו, לרבות נשימה, מגורים במצפה בגליל, מגורים בחיפה, גילוח באמצעות מכונת גילוח חשמלית, כל קרבה למכשיר בעל מנוע כגון שואב אבק, מייבש שיער וכדומה, שימוש בטלפון סלולרי, אנטנות סלולאריות, התרגשות, אכילת בשר מבושל או לחם וכל אוכל מבושל או מטוגן וכן אכילת מזונות נוספים כגון גבינה צרפתית וחומוס, נטילת תרופות, חשיפה לרדאר כמו בסירות הדייג, חוסר שינה או עבודה בלילה, עשן של מנועי דיזל, פעילות גופנית ללא לקיחת נוגדי חימצון וכיוצ"ב גורמת לעודף רדיקלים חופשיים שגורמים לסרטן (ראו למשל עמ' 12512 - 12526 לפרוטוקול הדיון מיום 27.1.08). ד"ר שליט"א לא ידע לכמת את גודל תרומתן של כל אותן פעילויות יום יומיות ביחס לכמות הרדיקלים החופשיים שנוצרו בגופם של התובעים עקב חשיפתם למי מעגן הדייג בקישון. על כן, וגם מסיבה זו, מדובר בתיאוריה שלא ניתן לבסס עליה קיומו של קשר סיבתי בין החשיפה לחומרים שהיו במי מעגן הדייג בקישון לבין מחלות התובעים.