גיוס עדי מדינה שלא כדין והיעדר תיעוד המשא-ומתן - נטען כי המחלקה לחקירות שוטרים פעלה באופן שיטתי ומכוון בניגוד לדין ולהנחיות במהלך גיוסם של עדי מדינה מרכזיים בתיק, בהם: עדת המדינה, מלכה, חסן, אילון מכלוף (להלן: מכלוף) וששון חי. היעדר התיעוד הפר את הנחיית היועץ המשפטי לממשלה, ומנע מההגנה את האפשרות להתחקות אחרי הרקע והמניעים שהובילו למסירת הגרסאות של עדים אלו. בנוסף, בוצעו בידי החוקרים מעשים בלתי כשרים בחקירות עדי המדינה. כלפי עדת המדינה ננקטו פעולות סחיטה, איומים ושיבוש. ראש צוות החקירה, דובי שרצר, מנע ממנה ייעוץ משפטי, וכאשר חקר אותה עשה שימוש באלימות מילולית, אלימות מינית וסחיטה מינית. החוקרים שיבשו את חקירתה, ניהלו איתה בחניון שיחות ממושכות לפני ובאמצע החקירות, הוציאו אותה מחדר החקירות כשמסרה גרסה שאינה נוחה להם, וכשחזרה לחדר נמצאה בפיה גרסה שונה לחלוטין (למשל בנוגע להעברות כספים מפישר למלכה). ההסכמים המקדימים בין משה סעדה (סגן מנהל המחלקה לחקירות שוטרים) למלכה (באמצעות עו"ד ברטל) לקראת הסכם עד המדינה הועלמו, וקיומם הוכחש על ידי המחלקה לחקירות שוטרים. מלכה נסחט מינית ורפואית (אוים כי יפורסם לגביו מידע בעניינים אלה). רק בחלוף קרוב לשמונה שנים מתחילת ההליך, התברר כי מלכה מסר מידע מודיעיני שלא תועד ונעלם. בחקירתו שתלו החוקרים בפיו גרסאות (למשל ב'פרשת עפר נמרודי'), ודאגו שהדבר לא ישתקף בתמליל החקירה. עד המדינה ששון חי זכה להטבה מפליגה בדמות אי העמדה לדין על עבירה חמורה של מתן שוחד, הגם שהפליל את עצמו, ומבלי שנמצא כל הסבר לכך, וגם לא תיעוד של המשא-ומתן שהתנהל עמו לאחר הגשת כתב האישום שעה שבחקירתו שקדמה להגשת כתב האישום הכחיש את החשד. היותו של מכלוף עד מדינה הוכחשה במרמה על ידי המחלקה לחקירות שוטרים, והדבר הוביל להחלטה שיפוטית שלא הייתה ניתנת אילולא הוסתרה האמת. בנוסף, הוסתרו המגעים שנוהלו עם מכלוף טרם מסירת הודעתו, ונטען בכחש כי הוא הגיע ביוזמתו למחלקה לחקירות שוטרים על מנת למסור עדות.
בקשר לעדי המדינה ציינה ההגנה גם את האירוע שהתרחש ביום העדות הראשון של עדת המדינה בבית המשפט (22.12.2016). עובר לתחילת העדות ביקשה התביעה לקיים דיון בדלתיים סגורות בעניין "העברת תרשומת ראיון העדה של עדת המדינה שנערך אצלנו עובר לעדותה", כשהבקשה הייתה שהעברת התרשומת תיעשה באמצעות בית המשפט אשר יורה להגנה שלא להעביר את המסמך הלאה (עמ' 163). לטענת ההגנה, אין למסמך האמור (נ200/2) דבר עם ראיון עד; הוא לא נערך כדרך שבה נרשמים ראיונות עד (אינו נושא תאריך, חתימה ופורמט של מסמך רשמי); הדברים היחידים שנרשמו בו עוסקים בעניינים אישיים שזכרם לא בא לאחר מכן באף שלב של חקירת העדה בבית המשפט; וכל כולו של המסמך ניסיון פסול לסחוט את פישר באמצעות תכנים מכוערים ושקריים, על מנת שיפחד ויירתע מלנהל את המשפט בהבינו מה המחלקה לחקירות שוטרים יודעת ותוכל לפרסם עליו.