בחלוף מספר ימים, התקיימה ביום 10.6.2015 ישיבת הקראת כתב האישום, במסגרתה נדונה גם בקשת התביעה בעניין תעודת החיסיון. לקראת הדיון הגיש פישר (ביום 7.6.2015) הודעת עדכון, בה חזר על טענתו כי הבקשה לחיסיון אינה חוקית בהיותה מיועדת לשרת הסכמה בלתי חוקית שנערכה מראש בין התביעה למלכה, לפיה חקירתו של מלכה תימשך לאחר הגשת כתב האישום, תוך התניית זכות השימוש של התביעה בהודעות אותן ימסור בכך שהמשא-ומתן ביניהם יוביל להסכמה באשר לעונש שייגזר עליו. תגובת התובעת בדיון הייתה, שכל החומרים שנאספו עד להגשת כתב האישום הועברו להגנה (עמ' 5). בדיון הבא, שהתקיים ביום 6.7.2015, ובו נדונה בקשת התביעה להתיר לה לחקור את פישר ואת נאשמים 6 ו-7 במסגרת השלמת חקירה, שבה והדגישה התובעת כי "ההסכמים שנערכו נערכו לאחר הגשת כתב האישום" (עמ' 13). הצהרה נוספת ברוח זו נמסרה על ידה בדיון מיום 12.1.2016: "לגבי המשא ומתן עם עדי המדינה - הצהרתי בעבר, כל החומר שהיה בידינו הועבר" (עמ' 52).
ביום 14.7.2016 התקיים דיון בטענות המקדמיות של הנאשמים. לקראת הדיון הגיש פישר תמצית של טענותיו המקדמיות. אחת מטענותיו שם הייתה, כי הודעותיו המפלילות של מלכה נמסרו (החל מיום 4.5.2015) כנגד פישר בלבד, וזאת במסגרת משא-ומתן שהתקיים בין מלכה לבין המחלקה לחקירות שוטרים, אשר במהלכו הובטח למלכה כי לאחר הגשת כתב האישום תימשך חקירתו ביחס למידע המצוי ברשותו כנגד אנשים אחרים זולת פישר, ומבלי שהתביעה תהיה רשאית לעשות שימוש במידע זה ולהעבירו ליתר הנאשמים כל עוד לא תחתום עם מלכה על הסכם עד מדינה שעיקרו מתן הטבות כלכליות למלכה. פישר טען כי מדובר בסיכום בלתי חוקי בשלושה היבטים: ניהול חקירה לאחר הגשת כתב אישום בחריגה מהנחיות פרקליט המדינה; הסתרת חומר חקירה מנאשם בעילה שאינה מוכרת בדין; והפרת חובת התביעה המעוגנת בהנחיות היועץ המשפטי לממשלה לתעד את כל שלבי המשא-ומתן בתהליך גיוסו של עד מדינה. פישר הזכיר את הצהרת התובעת חודש וחצי קודם לכן (בדיון מיום 1.6.2015) לפיה עד להגשת כתב האישום לא נוהל משא-ומתן עם מלכה, ומנה מספר אינדיקציות הסותרות את אמיתות ההצהרה. בדיון מיום 14.7.2016 חזרה התובעת על הגרסה הקודמת שהציגה המחלקה לחקירות שוטרים, באומרה: "לא היה שום הסכם עם ערן מלכה לפני הגשת כתב האישום, לא הסכם ולא סיכום. היו מגעים עם עורכי הדין מטעמו והם הביעו נכונות לפתח את השיח עם עורכי הדין. הכניסה למשא ומתן הותרה לנו על ידי פרקליט המדינה לאחר הגשת כתב האישום" (עמ' 129). עוד הבהירה, כי הסיבה לעיכוב העברת ההודעות שמלכה מסר לאחר הגשת כתב האישום לידי ההגנה, הייתה הרצון למנוע את סיכול החקירה החדשה שנפתחה בעקבות ההודעות החדשות, וכי לא היה סיכום עם מלכה לפיו הודעותיו החדשות לא יועברו ליתר הנאשמים. לצד זאת, מאחר שמלכה החל למסור את הודעותיו החדשות ביום 19.5.2015 (ארבעה ימים לאחר הגשת כתב האישום), ובמועד זה כבר החל משא-ומתן בין באי-כוחו לבין המחלקה לחקירות שוטרים, לא היה ניתן לעשות שימוש בהודעות עד לחתימת ההסכם. לעניין העדר תיעוד המשא-ומתן עם באי-כוחו של מלכה, טענה התובעת כי הנוהג במחלקה לחקירות שוטרים הוא לתעד משא-ומתן רק כשהוא נערך במישרין עם המועמד להיות עד מדינה עצמו, ולא כשהמשא-ומתן מתנהל עם באי-כוחו.
- למרבה הצער, עם התקדמות המשפט ושמיעת הראיות עלה כי לא ניתן לסמוך על הצהרות המחלקה לחקירות שוטרים, והתברר כי העובדות הנכונות בעניין מועדי המשא-ומתן וההסכמות עם מלכה, לא היו אלו שהמחלקה לחקירות שוטרים העלתה על הכתב בהסכם עד המדינה עמו ושבה הצהירה מספר פעמים בפני בית המשפט, אלא אותן עובדות שנתמכו בנתונים האובייקטיביים עוד בעת הגשת כתב האישום ושנעשה ניסיון פסול להסתירן.
- אחת האינדיקציות ששימשה את ההגנה בטענתה לקיומה של הסכמה נסתרת בין המחלקה לחקירות שוטרים למלכה במועד שקדם להסכם עד המדינה מיום 4.6.2015, מבלי שאותה הסכמה תועדה והועברה לעיון ההגנה, היו דברים שמלכה ציין בפתח הודעתו מיום 19.5.2015 (ת/413(ב)): ראשית, התוספת אותה מלכה רשם בכתב ידו לאחר נוסח האזהרה: "והכל בהתאם להסכם בין מח"ש לבאי כוחי"; שנית, דבריו של מלכה בתחילת ההודעה לפיהם "עדות זו נמסרת מפי היום במסגרת מו"מ המתנהל ביני ובין מח"ש תחת הסכמה שהדברים שאומר לא ישמשו נגדי ולא ישמשו את מח"ש בשום הליך חקירתי או מודיעיני ללא הסכמה מפורשת שלי או של באי כוחי שתבוא כמובן במסגרת הסכם שייחתם". דברים דומים צוינו על ידי מלכה בהודעותיו הבאות מימים 20.5.2015, 21.5.2015 ו-28.5.2015. היות שהמחלקה לחקירות שוטרים הצהירה פעם אחר פעם כי העבירה להגנה את כל החומר שנמצא ברשותה בנוגע למשא-ומתן עם עדי המדינה, לא נותר אלא להניח לטובתה כי המשא-ומתן וההסכם אליהם כיוון מלכה בהודעותיו האמורות נערכו בעל-פה (באופן התואם לכאורה את טענת המחלקה לחקירות שוטרים כי אינה נוהגת לתעד משא-ומתן עם באי-כוח של מועמד להיות עד מדינה; אם כי כבר בפתח הודעתו מיום 20.5.2015 מלכה ציין במפורש כי מדובר ב"הסכם שנחתם בין מח"ש לעורכי דיני").
הנחה זו התבדתה כבר ביומה השני של חקירתו הנגדית של מלכה בחודש פברואר 2018. בהזדמנות זו סיפר מלכה כי עוד לפני חתימת ההסכם עמו ביום 4.6.2015 "היו הרבה שלבים בדרך שנרשמו דברים" על ידי עורך דינו בקשר למידע אותו ביקש למסור למחלקה לחקירות שוטרים, אולם "אני לא התחלתי לדבר עד שלא ראיתי גם חתימה של משה סעדה, לא התחלתי לדבר כי לא האמנתי" (עמ' 2373). לדברי מלכה, הוא ראה במו עיניו את המסמך, הנושא את חתימותיהם של סעדה ושל עורכי דינו (שם). מדובר ב"מסמך הבנות שבו אני מספר את הנקודות... איזה מידע יש לי, מה אני יכול לספר, והתחייבות שלהם שלא לעשות בזה שום שימוש, לא חקירתי, לא מודיעיני... התעקשתי מאוד שיהיה כתוב שאני מספר משהו, שאם לא תרצו אותו, לא צריך, אבל אסור לכם לעשות שימוש מעולם, לא מודיעיני, לא כלום" (עמ' 2374). אשר לצורת המסמך, ידע מלכה לומר כי המסמך החזיק דף אחד, והיה כתוב בכתב יד על גבי דף בצבע צהוב (עמ' 2374, 2379). הוא הוסיף כי עם תחילת חקירתו במחלקה לחקירות שוטרים ביום 19.5.2015 בערב - לאחר שקודם לכן בשעות הצהריים התאפשר לו לפגוש (בהיותו עצור!) את עורך דינו בבית קפה בלטרון - הוא ביקש מהחוקר אלון שפיצר (להלן: שפיצר) "לראות את המסמך הזה לפני שאני פותח את הפה. הוא אומר אין לי עלי... אמרתי לו לך ותביא, זהו, הלך והביא" (עמ' 2379).