עוד נפסק כי בחינת טענה למחדלי חקירה נעשית ככלל בשני שלבים: "תחילה יש לבחון האם מדובר כלל במחדל חקירה. רק אם המענה לשאלה הראשונה הוא בחיוב, יש לבחון את השאלה האם בשל מחדלי החקירה הנטענים נפגעה יכולתו של הנאשם להתמודד כראוי עם חומר הראיות אשר עמד נגדו, עד כי קיים חשש ממשי כי הגנתו קופחה, כמו גם זכותו להליך הוגן... העובדה שניתן היה לבצע חקירה מעמיקה יותר אין פירושה שנפלו מחדלים בחקירה. וגם אם נניח שמדובר במחדלים, הכלל הוא שיש לבדוק האם נעשה למערער עוול וקופחה הגנתו. חקירה שאינה אופטימאלית אין פירושה מחדל, ולא כל מחדל פירושו זיכוי" (ערעור פלילי 8515/13 זכרייב נ' מדינת ישראל בפסקה 112 לפסק דינו של כבוד השופט (כתוארו אז) נ' סולברג וההפניות שם (9.12.15)). גם כאשר נמצא שעסקינן במחדל חקירה השאלה היא אם יש בכך כדי לקפח את הגנת הנאשם או להטיל ספק סביר באשר לאשמתו נוכח מארג הראיות לחובתו (עניין ואכד, בפסקה 43 לעיל; ערעור פלילי 7141/07 מדינת ישראל נ' טראבין בפסקה 53 לפסק דינו של כבוד השופט י' דנציגר (3.11.08); ערעור פלילי 1969/22 בן דוד נ' מדינת ישראל בפסקה 6 לפסק דינו של כבוד השופט ד' מינץ, בהתייחס לחקירה שנמצאה להיות רבת פרטים ומקיפה ביותר (8.8.23)).
- בחינת טענות ההגנה על רקע אמות מידה אלה מביאה למסקנה כי אפילו יונח כי מחדלי החקירה הנטענים אכן מחדלים הם, הרי שאין בהם כל אחד לחוד וכולם יחד כדי לקפח את הגנת הנאשמים או כדי להטיל ספק סביר באשמתם באישומים שבהם הורשעו לעיל וזאת נוכח המארג הראייתי שהובא.
- בפתח הדברים ובטרם נידרש לטענות ההגנה למחדלי חקירה יצוין כי הרשות החוקרת קיימה בענייננו חקירה עצומת היקף. בראשית החקירה נמצאו ראיות לתיאומים מסוימים בעיקר הודעות דוא"ל לתיאום בחומרי מחשב שנתפסו. בהמשך ביצעה הרשות החוקרת מאות רבות של פעולות חקירה אם לא למעלה מכך (ראו רק לשם הדוגמא ריכוז הזכ"דים ב-ת/581). במסגרת החקירה הוצאו צווי חיפוש וחדירה לחומר מחשב. נחקרו עשרות רבות של נחקרים, ובכלל זה הנאשמים, חשודים אחרים ועובדים נוספים בחברות הנאשמות, בעלי תפקידים שונים בגופי הרכש ובצד הטכני של התע"א, אלתא וממן, בעלי תפקידים במפ"י ובאלאופ; בעלי תפקידים בחברות היצרניות, יבמ, נטאפ ו-VMware, ועוד ועוד. נגבו עשרות רבות של הודעות אם לא למעלה מכך. הוצאו צווי המצאת מסמכים. אלה הומצאו לתערעור אזרחי ולגורמים נוספים. חוקרי הרשות פנו והגיעו לחצרי הגורמים המזמינים, ובכלל זה לתערעור אזרחי ולמפעלים שונים שלה, נפגשו עם נציגיהם, אשר נדרשו לחפש ולאתר מסמכים רלבנטיים על פי הכוונת חוקרי הרשות ביחס להליכי הרכש נושא החשדות (למשל זכ"דים במסגרת ת/562). כפי שניתן להתרשם מהכרעת דין זו במסגרת החקירה והשלמות החקירה אותרו, נתפסו ונאספו מסמכים וראיות בהיקף עצום.
- לאחר הגשת כתב האישום הוגשו והתבררו מספר בקשות שהגישו הנאשמים בנוגע לחומרי חקירה. בקשות הנאשמים נדחו בעיקרן (ראו, למשל, החלטה מיום 17.7.17 לדחיית בקשה מכוח ס' 74(ב) לחוק סדר הדין הפלילי וקביעה כי הנאשמים יוכלו לפעול בעניין במסלול הקבוע בס' 108 לחוק; דיון מיום 6.8.18; החלטה מיום 20.11.18 בה הורה בית המשפט להעביר לעיונו בין היתר תכתובות מסוימות; החלטה מיום 3.6.19; החלטות מימים 23.4.20 ו-24.1.21 לדחיית בקשות לעיון מחדש; והחלטה מיום 30.7.21 בבקשות שהוגשו תוך כדי שמיעת העדויות ובהמשך להן בעניין חומרי חקירה; הטענה בשולי ס' 581 לסיכומי ווי כי לא ניתנה החלטה בעקבות הבקשות שעלו בשלב ההוכחות אינה נכונה, ואכן ווי חזרה בה ממנה, ע' 6985, ש' 22-19).
בכל האמור בחומרים מתיקי הרכש בתערעור אזרחי הציגה המאשימה בפירוט את הפעולות שננקטו לאיסוף וקבלת החומרים הנוגעים להליכי הבל"מ נושא כתב האישום (ראו ס' 119-79 לתשובה מיום 9.7.08, זכ"דים רלבנטיים נכללו גם ב-ת/581). בכלל זה הוצגו צווים שהוצאו כלפי התערעור אזרחי וחברות בנות שלה למסירת המסמכים הרלבנטיים ופעולות נוספות שנעשו לאיתור וקבלת מסמכים בזיקה לכל אישום. בדיון מיום 6.8.18 הסכימה המאשימה לפעול לוודא שכל החומר המצוי בתיקי הרכש הנוגעים לכתב האישום, ככל שקיימים, נמצא בידיה ויועבר להגנה (ע' 24, ש' 31-28). בעקבות זאת נקטה המאשימה פעולות נוספות. בכלל זה פנתה בדרישה כלפי התערעור אזרחי למסירת כלל חומרי הרכש הרלבנטיים על מלוא תכולת תיקי הרכש הנוגעים לענייננו, וזאת מכלל מערכות הרכש, לרבות המערכות האלקטרוניות ותוך הפנייה להליכי הרכש נושא כתב האישום תוך הבאת הפרטים הנוגעים אליהם (למשל, נ/433). קופלר מהתערעור אזרחי הוא שריכז את איתור החומרים (ראו נ/434-נ/437) ואף העיד בקשר לכך במשפט. בעקבות מהלך משלים זה הועברו מסמכים נוספים להגנה (ראו גם ס' 3 להשלמת הטיעון מטעם ווי ואושרי מיום 6.12.18).