במסגרת הדו"ח פירט הבודק את התשתית העובדתית שעל יסודה הוא ביסס ביקורת זו (ר' דו"ח הבודק, מוצג 7 בתיק המוצגים של הגוינט בערעור שהוגש מטעמה).
- עם קבלת דו"ח הבודק הוא הועבר לתגובתם של הראל ושל אברג'ל.
- ביום 12.9.06 הגיב אברג'ל על האמור בדו"ח הבודק, ובמסגרת תגובתו כתב, בין היתר, כך:
"אינני חושב שיש טעם לכך שאשיב לתיאור הדברים, אופן הבדיקה הגרסאות והמסקנות אליהן הגיע עו"ד שילה בדו"ח שכתב. אסתפק ואומר בצורה הכי ברורה וחד משמעית: אני דוחה מכל וכל את הטענות וההאשמות המועלות כנגדי בדו"ח כמו גם את ההנמקות העומדות בבסיסו ומתנגד לדברים שהושמו בפי בדו"ח" (ר' נספח ח' לבקשה לצו מניעה זמני כפי שהוגשה לבית הדין האזורי).
בנוסף, טען אברג'ל בתגובתו כי הבודק היה במצב של ניגוד עניינים מובנה. זאת מאחר ומשרדו של עו"ד קמחי משמש כיועץ משפטי של הג'וינט ומשכך - הבודק היה צריך לדעתו לפסול עצמו מלכתחילה מלשמש בתפקיד זה.
- ביום 21.9.06, התקיימה פגישה בין אברג'ל לבין אסטרין, על פי בקשת אברג'ל. אסטרין רשם פרוטוקול של שיחה זו כאשר מתוך הרישום עולה - כי במהלך אותה פגישה ביקש אברג'ל לקיים דיון שיביא למציאת פתרון מכובד עבורו (ר' נספח י"א לתצהיר אסטרין).
- ביום 16.10.06, התקיימה פגישה נוספת בין אסטרין לבין אברג'ל שתועדה אף היא על ידי אסטרין. מתוך התיעוד עולה - כי במהלך פגישה זו הודיע אסטרין לאברג'ל כי אין מבחינתו אפשרות להמשיך ולעבוד יחדיו בשל משבר אמון ואילו אברג'ל מצידו העלה טענות שונות וכלליות ביחס להליך הבדיקה, אולם לא התייחס באופן פרטני לטענות שהועלו בדו"ח הבודק הנוגעות אליו
(ר' נספח י"ב לתצהיר אסטרין).
- ביום 17.10.06, הוצאה לאברג'ל הזמנה לשימוע בקשר לכוונה להפסיק את עבודתו. זאת בהמשך לשיחה שהתקיימה בינו לבין אסטרין. במסגרת ההזמנה לשימוע, פורטו הנימוקים הבאים: היעדר כישורי ניהול מתאימים לתפקיד County Director; אי שיתוף פעולה עם המנכ"ל וצוות העובדים בנושא ניקיצקיה; אי קבלת מרות של הממונים עליו, באופן שבו אברג'ל המשיך לתת הוראות לצוות בעניין המבנה בניקיצקיה למרות העברת הסמכויות למלכי; קשיים ביכולת לקבל החלטות בקידום פרויקטים; יחסי אנוש לקויים עם צוות העובדים שלוו בהתפרצויות זעם; ממצאיו של דו"ח הבודק ובכלל כך המסקנות בנוגע להטחת האשמות בצורה בוטה ופומבית כלפי עובדים אחרים בג'וינט, מבלי שהדברים לובנו ונבדקו; העלבת עובדים שלא לצורך ופגיעה בתדמיתם; היעדר התייחסות עניינית לממצאי דו"ח הבדיקה; התעצמות הקרע בין אברג'ל לבין אסטרין לנוכח ממצאי הדו"ח. כן צוין בהזמנה לשימוע כי לא נמצאו חלופות המאפשרות את שיבוצו של אברג'ל בתפקיד אחר.
- בעקבות ההזמנה לשימוע, הייתה בין הצדדים התכתבות בנוגע להליך השימוע שכללה גם העברת מסמכים שונים על פי דרישתו של אברג'ל לצורך ההכנה לשימוע. במסגרת ההתכתבות, הודע לאברג'ל כי הפורום שיקיים את השימוע יכלול את מנהלת משאבי אנוש של ג'וינט עולמי, הגב' בקי כספי ומר חיים ספקטור, סמנכ"ל ג'וינט ישראל לענייני כספים, אשר אינם כפופים באופן ישיר או עקיף לאסטרין (ר' נספחים י1-י7 לתצהיר אברג'ל מיום 2.1.07, כפי שהוגש לבית הדין האזורי; להלן – תצהיר אברג'ל).
- במסמך שהגיש אברג'ל לוועדת השימוע, מיום 19.11.06, העלה אברג'ל טענות חמורות כלפי גורמים שונים בג'וינט לרבות אסטרין. כך למשל, טען במסמך זה כי יש לראות במכתבו של אסטרין מיום 15.6.06 (שבא בתגובה למכתבו של אברג'ל מאותו מועד), אזהרה ודרישה לוותר על תביעתו לקיים בדיקה בנושא המבנה בניקיצקיה; כי במקום להתמודד עם טענותיו בנוגע לאי סדרים בבחירת הקבלן בפרויקט והחשדות לכאורה להטיית מכרז, ביכר אסטרין לתקוף את אברג'ל ו"להזמין דו"ח" אשר יאשים אותו באופן אישי בהאשמות שווא מופרכות ואשר יביא בסופו של דבר להפסקת עבודתו; כי אסטרין איים על אברג'ל כי אם לא יוותר על דרישתו למנות בודק הרי שהדבר יפעל נגדו (כך פירש אברג'ל את מכתב אסטרין, מיום 15.6.06, שהוזכר לעיל שבו הביע אסטרין כעס על כך שאברג'ל הפר את ההסכם שמכוחו מונה הבודק); כי בנסיבות המקרה עולה - כי יש בסיס לאותן חשדות לכאורה, שהועלו על ידי אברג'ל ומן הראוי כי הן תיבדקנה על ידי רשויות החקירה כמו המשטרה, ולא "תטויחנה" על ידי אסטרין ו"מקורביו" או גורמים אחרים בג'וינט; כי דו"ח הבודק הוזמן ואסטרין ומלכי היו שותפים לניסוחו; כי אין לקבל מצב שבו הגורם האמור לבדוק את תלונותיו של אברג'ל משמש גם כיועץ המשפטי של הג'וינט בשל ניגוד עניינים; כי פרק ההמלצות האישיות המופיע בדו"ח, הנוגע לאברג'ל, נכתב בחריגה מסמכות. בנוסף, הגיב אברג'ל לטענות שהועלו נגדו בנוגע לטיב כישוריו כמנהל. זאת תוך שהוא מציין כי מדובר בטענות סרק שנועדו להצדיק את פיטוריו; כי טענות מעין אלה מעולם לא נטענו כלפיו וכי מהערכות העובד שלו עולה - כי הוא היה עובד מעולה ומוערך (ר' נספח י"ב לתצהיר אברג'ל).
- ביום 19.11.06, נערכה ישיבת השימוע, שבמהלכה נכח גם אסטרין אשר שב וחזר על הטענות שהעלה ביחס לאברג'ל, שבעטיין הוא ביקש להביא לפיטוריו. כך למשל, ציין אסטרין את הפרת ההסכם שהיה בינו לבין אברג'ל עובר למינוי הבודק, להמנע מלהכפיש עובדים אחרים בג'וינט עד להשלמת הבדיקה וכי "הקש ששבר את גב הגמל" היה מבחינתו הדברים הבוטים שהשמיע אברג'ל ביחס להראל ולעובדים אחרים שאותם כינה "מושחתים". דברים שאותם אמר אברג'ל, לטענת אסטרין, גם לגורמים אחרים בג'וינט אשר פנו אליו [אל אסטרין] על מנת לקבל את תגובתו לדברים ששמעו מאברג'ל (ר' עמוד 6-7 לפרוטוקול השימוע; נספח י"ד לבקשה לצו מניעה זמני, כפי שהוגשה לבית הדין האזורי).