5) התחייבויות לפנסיה ולפיצוי עובדים – עוד העלתה הביקורת, כי נערכו שינויים בתנאי הפרישה של עובדי המבקשת לעומת אשר נקבע בהסכמים הקיבוציים במגזר הציבורי, וזאת בלא שאושרו כדין על-ידי הממשלה. נאמר, כי שינויים אלה נכללו בחישוב האקטוארי של העלויות המוכרות אשר ערכה המבקשת.
ז. בעקבות פרסום הדו"ח, פנה ביום 24.6.01 הממונה על השכר במשרד האוצר (להלן הממונה) להנהלת המבקשת, במכתב שכותרתו "חריגות שכר בחברת החשמל לישראל בע"מ", ובו נדרש לבדיקה אשר ערך במבקשת במשותף עם רשות החברות הממשלתיות, ובה נתגלו חריגות שכר לכאורה בהיקפים משמעותיים. לאחר קבלת תגובת המבקשת, נערכו מגעים בין הצדדים כדי להגיע לפתרון מוסכם. במסגרת זו הודיע הממונה להנהלת המבקשת במכתב מיום 31.7.03, כי החליט לבטל לאלתר שורה של תוספות שכר, ולתבוע מן העובדים להשיב את הסכומים אשר קיבלו בגין אותן הטבות, כלהלן:
1) דרגות פרישה – הטבה שעניינה מתן דרגת פרישה א' לעובדים המדורגים בדרגה ב', ומשמעותה עליה של כ-8% בשכר. הוער, כי הטבה זו ניתנה חרף החלטת הנהלת המבקשת משנת 1996, שלפיה יש לבטל את דרגת הפרישה האמורה.
2) שעות נוספות כחלק משכר הפנסיה – הטבה שמקורה בתשלום רכיב השעות הנוספות הגלובליות כרכיב פנסיוני, המהוה חלק מן השכר הרגיל בעבור עובדים בדרגה ב-10. נאמר, כי מדובר בתשלום שלא קיבל את אישור רשות החברות והממונה, כנדרש על פי הדין.
3) הטבות לעובדים המדורגים ב-5 – הטבה המגולמת בתשלום משכורות י"ג וי"ד לפי 140% מהשכר הרגיל, אשר ניתנה לעובדי המבקשת בדרגה ב-5 בין השנים 1992–1995, בלא מתן אישור כנדרש מטעם רשות החברות והממונה על השכר.
4) שכר עידוד לעובדים בכירים – הטבה שמקורה בכפילות בנוסחה לחישוב שכרם של עובדים בכירים, אשר נוצרה נוכח מכפלת ערך השעה ב-1.2, בנוסף לעובדה שכבר גילם בתוכו חישוב של שעות נוספות גלובליות בשיעור 140%.
5) תוספות לעובדי הנהלה – הטבה מכוח הענקת תוספות שכר של 4% ו-8% לעובדים וגמלאים אשר שימשו כחברי הנהלה במשך 10 שנים ומעלה. נאמר, כי אף הטבה זו ניתנה בלא אישור רשות החברות והממונה, כנדרש.
6) משכורת י"ד – הטבה שעניינה קיצור הותק המזכה לתשלום משכורת י"ד, אשר ניתנה לכלל עובדי החברה, מ-30 שנים לעובד ו-25 שנים לעובדת, ל-25 שנים לעובד ו-20 שנים לעובדת.
7) קידום גמלאים בדרגה – הטבה בדמות קידום גמלאים בדרגה אחת לכל שנתיים, חלף קידומם אחת לשלוש שנים, כמתחייב לפי הסכמי השכר הקיבוציים שעליהם חתומה המבקשת.