1007. וכאן מגיעים אנו לאחד מנושאי הלבה שבמחלוקת בין הצדדים. תחת הכותרת "תהליכי התקנת הנוסח במהדורתנו" (שם, בעמ' 83*), לאחר שמקדים פרופ' כהן כי במקום אחר הוא מתכוון להרחיב את הדיבור על מכלול הנושאים הנוגעים לפרשנות ימי הביניים, כולל סקירה מפורטת על בחירת המפרשים בספרי המקרא השונים, ותיאור מפעלם הפרשני (ובהערה 271 הוא כותב כי הדבר ייעשה "בפרקי מבוא מיוחדים שיצורפו לחומשי התורה"; ואין חולק כי דבר זה טרם בוצע עד היום), בפרקי המבוא בספר יהושע-שופטים, הוא מצמצם את הדברים לכמה עניינים הנוגעים להעברת דרכו בההדרת המפרשים, ומפרט את הדברים הבאים (שם, בעמ' 83*):
"למרבה הצער, אל נותרו לנו אוטוגראפים של המפרשים, ואת הנוסח הטוב של הפירוש חייבים אנו להעלות מכתבי יד שהועתקו במהלך מסירתו. מספר כתבי היד שנותרו לנו מן הפירושים השונים משתנה לפי זהותו של המפרש מכאן ולפי הספר המפורש מכאן. יש מפרשים, כגון רש"י ורד"ק, שפירושיהם נפוצים היו יותר מן האחרים, וממילא הותירו אחריהם כתבי יד רבים יורת. אבל גם אצל אותו מפרש עצמו לא הייתה התפוצה שווה בכל הספרים. דוגמה קיצונית לכך הוא רד"ק, שפירושו לספר משלי לא היה, כנראה, נפוץ כפירושיו האחרים, וככל הידוע, נותר בכתב-יד אחד בלבד (ותיקן 89).
שאיפתנו היא להעמיד כנוסח היסוד של כל פירוש את כתב היד, שמכלול תכונותיו הטובות עושה אותו ראוי לכך יותר מכתבי יד אחרים הידועים היום.
--- סוף עמוד 209 ---
התכונה החשובה ביותר היא, כמובן, טיב הנוסח, אבל אין היא היחידה. יש להביא בחשבון גם גורמים אחרים כגון: היקפו ושלמותו של כתב היד, מידת הקריאות שלו, וכיוצא באלה. כיוון שאין שום כתב-יד המגיע לשלמות, אין אנו מדפיסים את כתב היד הנבחר כמות שהוא, אלא מעמידים אותו להשוואה שיטתית עם עוד קבוצה נבחרת של כתבי יד, המשמשת כקבוצת ביקורת לבחינת השיבושים האפשריים בנוסח היסוד. הנוסח המתקבל הוא אפוא בעיקרו נוסח של כתב-יד אחד, עם תיקונים על-פי כתבי יד אחרים, והוא המשמש כנוסח הפנים".
1008. נושא חשוב שהועלה על ידי הנתבעים, בדבר חובת השקיפות מההסבר לקורא מדוע נבחרו מילים או קטעים לא רק על פי כתב היד שהוא נוסח היסוד אלא על פי כתבי יד אחרים, מוסבר על ידי פרופ' מנחם כהן בהערה 272: "המקומות שבהן תוקן נוסח היסוד אינם מצויינים על הדף, כיוון שאין מקום להעמיס על המהדורה המודפסת אפאראטים מדעיים. עם זאת יוכל כל המעוניין בכך לקבל מידע מלא על עניין זה במאגר מידע ממוחשב, שיכלול את כל רכיבי הטקסט של מהדורתנו".