ד. מובאות מדברי חז"ל וממקורות אחרים: כיוון שעל-פי-רוב אין המפרשים מקפידים להביא את הדברים בלשונם המדויקת, לא יצוינו במרכאות.
ה. מראי-מקומות: כל המובאות, הן מן הפסוקים והן מדברי חז"ל וממקומות אחרים, יצוינו מראי-מקומות. מראי-מקומות יינתנו גם להבאת דברים שלא בלשון המקור, ובלבד שהמפרש עצמו מעיד, כי לפנינו מובאה; לא יצויין מראה-מקום של מקור, שהמפרש עושה בו שימוש בלא לציין זאת במפורש. רשימת ראשי תיבות ונוטריקונים למראי-המקומות שבכל כרך תבוא בתחילתו.
ו. ציון הפסוקים: ציון מספרי הפסוקים שהפירוש נסב עליהם לא היה קיים עדיין במהדורת בן-חיים, כיוון שבמהדורה זו עדיין לא סומנו פסוקי המקרא במספרים. כשהחלו לסמן מספרים לפסוקים, הועברה השיטה גם לפירושים; אלא שלא תמיד צויינו המספרים במקום הנכון, ולא תמיד חופף הציון את היקף הפירוש. במיוחד בולט הדבר בפירוש רלב"ג, שיחידות הפירוש שלו מקיפות פעמים הרבה קבוצה של פסוקים, ואין הדבר בא לידי ביטוי בסימון מספרי הפסוקים. במהדורתנו נשתדל להבין עניין זה על תיקונו.
ז. נוסח הפסוקים בדיבור-המתחיל ובמובאות: אנו מוצאים פעמים רבות בכתבי היד ובדפוסים מובאות של פסוקי מקרא בדיבור המתחיל ובתוך הפירוש שאינן שוות לנוסח המסורה המונח לפנינו. בדרך כלל אמורים הדברים בשינויים של כתיב מלא וחסר, המצויים בכל הפירושים לאלפיהם. אבל יש גם שהשינוי נוגע לעיצורים (חילופי עיצורים, חיסור או ייתור של עיצור) ולעתים רחוקות אפילו למלים.
נראה שהרוב המכריע של מהדירי הדפוסים לא ראו קושי מיוחד בהדפסת דיבור-המתחיל או מובאות מפסוקים, ששינוייהם מנוסח הפנים המקראי נוגעים לכתיב מלא או חסר. אין ניסיון מכוון, לא במהדורת בן-חיים ולא במהדורות ימינו, להתאים את כתיב המובאות מן המקרא, שמצאו מהדירי הפירושים במקורותיהם, לנוסח הפנים שלפניהם.
לא כן היה יחס המהדירים לשינויים שיש בהם אבק של שינויי משמעות. כאן מוצאים אנו נסיונות גוברים והולכים להתאים את גרסת המובאות לנוסח הפנים. אמנם בן-חיים עצמו עדיין העתיק כמה וכמה מן השינויים הללו כמות שמצאם במקורותיו, אבל במרוצת הזמן נעלמו רוב השינויים מן המהדורות ולא נודעו עקבותיהם. נביא שתי דוגמאות מפירוש רש"י לספר יהושע, אחת של חילופי אותיות ואחת של שמיטת מלה... [ואף הובא צילום של דוגמאות בעמ' 88*]. במרוצת הזמן תיקנו מהדירי פירוש רש"י את שתי הגרסאות הללו בהתאם לנוסח המסורה, עד שנעלמו עקבותיהן מכל דפוסי ימינו.