11. לאחר החתימה על ההסכם המשולש החלו הצדדים לקדם את העסקה. לצורך כך, הוזמנה שומה מהשמאי הממשלתי לגבי שני המתחמים, ובמקביל קודמה תכנית איחוד וחלוקה במישור התכנוני.
12. בדצמבר 2003 העביר השמאי הממשלתי שומה בסיסית לפיה הוערך מתחם הדולפינריום ב-40 מיליון שקלים ומתחם העירייה ב-250 מיליון שקלים. השער לישראל הגישה השגה על השומה, ובחודש פברואר 2004 דחתה רמ"י את טענותיה. בחודש מרץ 2004 הגישה השער לישראל השגה נוספת על השומה. בעקבות הדיון בהשגה זו העריך השמאי הממשלתי את מתחם הדולפינריום ב-44.5 מיליון שקלים ואת מתחם העירייה ב-283 מיליון שקלים.
13. על רקע המחלוקת בעניין השומה, בחודש יולי 2005 שלחה השער לישראל לרמ"י מכתב שכלל הודעה על ביטול ההסכם. עם זאת, ההודעה נוסחה במתכונת מורכבת וצוין בה כי "הודעת ביטול זו כפופה כאמור להכרעתו של בית המשפט המוסמך בסוגיות שבמחלוקת ו/או להסכמות שיושגו בין הצדדים בהמשך, באופן שבמידה ושולחתנו תפנה לבית המשפט המוסמך והוא יבטל ו/או יתקן את השומות להנחת דעתה ו/או במידה שתושג בין הצדדים הסכמה אחרת, תשקל שולחתנו מחדש את הודעתה".
14. בהמשך להודעה האמורה החלו העירייה ורמ"י לבחון חלופות אחרות בנוגע למתחם הדולפינריום. בחודש פברואר 2006 סיכמו הנהלת רמ"י והעירייה להפריד את מתחם הדולפינריום מתכנית האיחוד והחלוקה ולהפקיע אותו. בצד זאת, סוכם כי העירייה תשוב ותפנה לשער לישראל בהצעה לשוב למתווה העסקה.
15. בשלב זה ערך מבקר המדינה בדיקה ביחס להליך גיבושו של ההסכם המשולש. בחודש ספטמבר 2005 הועברה טיוטת דו"ח הביקורת לרמ"י. ביום 16.2.2006 הודיע מנהל רמ"י דאז כי בכוונת הרשות והעירייה להמשיך בקידום ההסכם המשולש על בסיס השומה האחרונה של השמאי הממשלתי. בהמשך לכך, נערכו דיונים בנושא בהנהלת רמ"י שבהם – כך נטען – נבחנו הקשיים שמעורר ההסכם המשולש והחלופות האפשריות לו. בסופו של דבר, ביום 16.3.2006 קיבלה הנהלת רמ"י החלטה נוספת בנושא, החלטה מס' 1579, שקבעה כי ההסכם המשולש יובא לאישור מועצת מקרקעי ישראל.
16. בחודש מאי 2007 פרסם מבקר המדינה את דו"ח הביקורת בעניין ההסכם המשולש. הדו"ח התייחס למספר קשיים העולים מהליך גיבושו וקידומו של ההסכם. ראשית, צוין כי בעסקה הנדונה רמ"י "הסתפק[ה] בתמורה פחותה של דמי חכירה בשיעור של 31% מהפרש השווי בין זכויות היזם בשני המתחמים (מתחם הדולפינריום מזה והמתחם החלופי מזה)", וזאת בהשוואה לנהלים הרגילים החלים על הקצאת קרקע עירונית הנמצאת בניהולה של רמ"י לשימוש מסחרי, הקובעים כי ייגבו דמי חכירה מהוונים למלוא תקופת החכירה בשיעור שלא יפחת מ-91% מערך הקרקע, אלא אם התקבלה החלטת מועצה ייחודית הקובעת אחרת. שנית, נקבע בדו"ח כי "קודם לחתימת החוזה לא בחן המינהל את כל החלופות שעמדו בפניו לניצול מיטבי של המקרקעין באזור הדולפינריום, ולא בדק את הכדאיות הכלכלית של העסקה מבחינתו. עיון בתנאים הכספיים שנקבעו בחוזה מעלה כי הנהנים העיקריים מהעסקה הם העירייה והיזם. לעומת זאת, לפי חישובי משרד מבקר המדינה, המינהל היה אמור לקבל תמורה פחותה מזו שהיה ראוי לה לפי נהליו". בסיכומו של דבר, קבע הדו"ח כי לנוכח ייחודיותה של העסקה היה ראוי שההסכם המשולש יובא בפני מועצת מקרקעי ישראל מראש, בצד ניתוחים כלכליים שלו וחלופות אפשריות. מאחר שבשלב זה נושא חידוש העסקה היה צפוי לעלות לדיון במועצה, צוין בדו"ח כי "מן הראוי שבדיון זה יציג המינהל למועצה את כל החלופות העומדות בפניו לפתרון סוגיית אזור הדולפינריום. כמו כן, אם יוחלט לחדש את העסקה עם היזם, מן הראוי לשקול מחדש מהי התמורה הראויה שהמינהל זכאי לה. נוסף על כך, יש ליתן את הדעת לכך ששומת השמאי הממשלתי שהוצאה לפי תנאי החוזה מ-2003 כבר אינה בתוקף". בהמשך לכך, ביום 20.11.2007 התקיים דיון בדו"ח הביקורת בוועדת הביקורת של רמ"י. בסופו של הדיון צוין כי "העסקה עדיין בעיצומו של תהליך שבסופו תובא לאישור מועצת מקרקעי ישראל וועדת הפטור".