5. בחודש יוני 1997 החלו ההכנות לכריתת החוזה עם החברה הזוכה, שכללו, בין-השאר, את בחינת חוסנה הכלכלי של הזוכה, ביקור במפעלהּ בארצות-הברית וסיכום סופי של פרטי העסקה. האחריות על כריתת ההסכם הוטלה על משלחת משרד הביטחון בניו-יורק.
6. במקביל, החלה התכתבות בין נציגי התובעת לבין הנתבעת, שבגדרה הלינה התובעת על זכייתה של אייר במכרז, והציעה לנהל עִמה משא ומתן לאספקת המערכות. במכתב מיום 18.5.97 ששיגר מנכ"ל התובעת, מר מיכאל נעמן, לראש מינהל הרכש במשרד הביטחון, פורטו טענות בדבר ליקויים שנפלו בשיקוליה של ועדת המכרזים. מר נעמן טען במכתבו, בין-היתר, כי הצעתה הכספית של חברת אייר מהווה "מחיר הפסד", כי המערכת המוצעת על-ידה נחותה באיכותה מזו של עתיר, וביקש מהוועדה לשקול מחדש את החלטותיה, ולהורות על ניהול משא ומתן סופי גם עם התובעת, במקביל (נספח ג' לכתב-התביעה). הנתבעת השיבה לטענות אלו במכתב תגובה מיום 1.6.97, והודיעה לתובעת כי לא ניתן לקיים עמה משא ומתן לאחר שלב ה-BAFO (נספח י"א לתצהיר הנתבעת). התובעת פנתה למשרד הביטחון בבקשה לקבל פרטים על ההצעה הזוכה, במכתבים מיום 27.5.97 (נספח ד' לכתב-התביעה) ומיום 12.6.97. פרטי הצעתה הזוכה של חברת אייר והציון שהוענק לה, הועברו לידי התובעת במכתב מאת משרד הביטחון מיום 14.7.97 (נספח ה לכתב-התביעה).
אקדים ואציין כבר עתה, כי התובעת בחרה, משיקוליה, במשך כשנתיים שלא לעתור כנגד ההחלטה לבחור באייר כזוכה במכרז. כפי שיפורט להלן, בכל אותה תקופה – מאז קבלת ההודעה בחודש מאי 1997 על זכיית אייר במכרז – ניסתה התובעת לשכנע את משרד הביטחון להעביר לה את ביצוע הפרויקט, בין במישרין, ובין בעקיפין באמצעות חברת ATIR US – תאגיד אמריקאי שהוקם לתכלית זו בחודש יולי 1997 ואשר שימש לתובעת כ"חברת אחות" (כלשונה, בנספח ט"ז לתצהיר התובעת). במקביל אף ניסתה התובעת לזכות בפרויקט, באמצעות רכישת חברת אייר על-ידי ATIR US. הניסיון לרכוש את חברת אייר נעשה על-ידי מר ג'וזף פריני, הבעלים של ATIR US, המשמש גם כבעלים ודירקטור יחיד של התובעת.
7. ביום 15.5.98 נחתם הסכם להספקת מערכות המטאורולוגיה בין משרד הביטחון לבין אייר (נספח ט"ז לתצהיר הנתבעת). אין חולק, כי חל עיכוב במועדי ביצוע הפרויקט על-ידי אייר, וכי למעשה היא לא סיפקה את המוצרים לנתבעת. במכתב נוסף למשרד הביטחון, מיום 17.6.98, שטח מר נעמן שוב את טענותיו כנגד ההתקשרות עם אייר, וביקש מהנתבעת למסור לידי התובעת, עתיר, את ביצוע הפרויקט, שאלמלא כן עלולה חברת עתיר לחדול מפעילותה. לחלופין, הציע להעביר את הביצוע לידי חברת ATIR US, המאוגדת כאמור בארצות-הברית, על-מנת לבצע את הפרויקט בכספי האשראי האמריקאי. ביום 5.11.98 העבירה התובעת, במשותף עם ATIR US, הצעה מחודשת שבה ביקשה להפחית מהצעתה המקורית במכרז (נספח ט"ז לתצהיר התובעת). כאן המקום לציין, כי במהלך שנת 1998 נסגר המפעל של התובעת, ציודו נמכר, עובדי החברה פוטרו והתובעת המשיכה להתקיים רק לשם ניהול ההליכים המשפטיים בנושא המכרז; והכל – על-פי הנחיותיו של מר ג'זף פריני (עמ' 60-64 לפרוטוקול).