בית הדין הגיע למסקנה כי מדובר בשני הקדשות שונים, ומכאן ששטר הווקפיה שהתקיים בפני בית הדין השרעי אינו נוגע להקדש בית יהודה.
טיעוני בעלי הדין בערעור
טיעוני המערערים
המערערים, באמצעות בא כוחם עו"ד ורצברגר, מסרו כי הם מצטרפים לטיעוניו המשפטיים של היועץ המשפטי לממשלה, ואלו יפורטו להלן. כמו כן טוענים הם נגד פסקי הדין של בית הדין האזורי כדלקמן:
--- סוף עמוד 12 ---
א. טעה בית הדין בכך שהחליט לאמץ את עדותו של מר זאב נובוסלסקי הקשיש כי שטר ההקדש השרעי אינו מתייחס להקדש בית יהודה. לא הוכח כי מדובר בשני הקדשות שונים, והמסמכים שהונחו בפני בית הדין מעלים תהייה לגבי קביעה זו. המערערים מעלים השערה כי בית הכנסת נוצר מתחילתו בפני בית הדין השרעי בתוך הקדש גראף כאשר לאחר זמן קיבל חלקו את השם בית יהודה, סימוכין לכך מוצאים הם במכתב שנשלח על ידי הרב צבי פסח פרנק בשנת תרצ"ט ובו מתייחס הוא לשתי חלקות שונות השייכות להקדש בית יהודה.
המערערים מוצאים סתירה בין שטר מינוי אפוטרופוסים משנת תרפ"ח לבין שטר ההקדש שנעשה בשנת תש"ב, שהרי אם מונו אפוטרופוסים להקדש, משמע שמדובר בהקדש קיים ומה מקום יש לחזור ולהקדישו. לפיכך המסקנה לשיטתם היא כי שטר הקדש זה אינו תקף.
מכל מקום מאחר שמדובר בהקדש שרעי, לשיטתם, הרי שלא יכול היה בית הדין לקנות סמכות ביחס אליו, והסמכות היא, כאמור, של בית המשפט.
ב. טעה בית הדין בכך שמינה נאמנים אשר אינם קשורים לקהילה המקומית. מדובר בניסיון השתלטות על בית הכנסת על ידי גורמים מהזרם החרדי אשר אינם קשורים למתפללים דהיום או לציבור המתפללים שהיה בעבר. לראיה הם מביאים ספר זיכרונות אשר מתאר את התנהלות בית הכנסת לפני שנים רבות וכאשר מתוך הדברים עולה כי ציבור המתפללים לא נמנה בהכרח עם זרם חרדי כזה או אחר.
ג. המערערים מתנגדים למעורבותה של חברת האשד ולמעמדו של "עץ חיים" כמשיב. העובדה כי "עץ חיים" ניהל בעבר הרחוק לימודים במקום אינה מקנה שום זכות או מעמד בהקדש היום.
טיעוני ב"כ היועץ המשפטי לממשלה
בא כוח היועץ המשפטי לממשלה מקבל את ההנחה כי הקדש בית יהודה אינו הקדש גראף, וכל אחד מהם מצוי בחלקת קרקע שונה. למרות זאת, לדעתו הסמכות נתונה היא לבית המשפט המחוזי מנימוקים אלה:
(א) סביר להניח כי הקדש בית יהודה נוצר קודם לשנת 1921 – המועד שבו קיבלו בתי הדין הרבניים סמכות שיפוט לעניין הקדשות שנוצרו לפני בית דין רבני – שהרי בית הכנסת פעיל כבר משנת 1880, ועוד: הנאמנים אשר אמרו לבית הדין בשנת 1942 כי הנכס רשום על שמם במשרדי מס רכוש "והואיל ובחליפת הזמנים לא נשארה רשימה רשמית על הקדשתה של החצר הזאת בדרך פורמלית". קשה להניח שאם הייתה אסמכתה להקדשה כזו, לא היו מוצאים לה זכר. מכל מקום, הטוען כי הקדש נעשה בפני בית דין רבני עליו הנטל להוכיח זאת.