כך קבע בית הדין כי יש בתקנות אלו משום מקור עצמאי לסמכות בתי הדין כאשר אף הקדש שנוצר שלא בפני בית הדין יוכל לעבור לסמכותו הבלעדית של בית הדין על ידי בקשת הנאמנים כי זה יפקח על התנהלות ההקדש.
ב. מאחר שבנידון שבפניו קנה בית הדין את הסמכות כדין – בית הדין מציין הן את שטר ההקדש שנעשה בפני בית הדין בשנת 1942, והן את כתב מינוי אפוטרופוסים שנעשה בפני בית הדין בשנת 1928 – פסק הדין שניתן בבית המשפט על יסוד הקדש בשנת 1944 אינו תקף מאחר שמדובר בהקדש שנוצר כבר בבית הדין. למעשה בית הדין קובע כי לכאורה הפנייה לבית המשפט נעשתה תוך הטעיה וללא שהובהר לבית המשפט המנדטורי כי כבר נוצר הקדש במקום על ידי בית הדין הרבני.
כאמור, בפסק הדין השני קבע בית הדין כי חלק מהנתונים האמורים אינם נכונים, וכך בפסק הדין השני נאמר על ידי בית הדין כי –
א. הקדש בית יהודה מעולם לא הוקדש בפני בית הדין השרעי;
ב. על פי זה, ההקדש הראשון והמקורי נעשה בפני בית הדין הרבני.
בכפוף לקביעות אלו לא ראה בית הדין לנכון לשנות ממסקנת פסק הדין הראשון שכן ברור כי קביעה זו רק מחזקת ומאלימה את סמכותו של בית הדין הרבני לגבי ההקדש.
הנחה זו מבסס בית הדין האזורי על כמה טעמים ובעיקר על עדותו של הנאמן מר נובוסלסקי ועל השוואה בין הנתונים שהוזכרו בשטר ההקדש בפני בית הדין השרעי לבין נתוני הקדש בית יהודה.
כך השווה בית הדין: בין מטרות ההקדש האמורות בשטר ההקדש שנעשה בפני בית הדין השרעי – הכנסת אורחים – לבין מטרת הקדש בית יהודה שהוא בית כנסת; בין הנתונים הפיזיים של ההקדשות – ההקדש האמור בבית הדין השרעי מתייחס לשטח של 229.5 ד'ראע – אמה (כ־130 מ"ר. ד'ראע היא שמן של מידות אורך שונות ששימשו בהקשרים שונים באימפריה העות'מאנית. לענייננו חשוב כי הד'רעא ששימשה כמידת קרקע היא כ־75 ס"מ (ראו ישעיהו פרס, ארץ־ישראל – ספר המסעות; הוצאת בנימין הרץ – ירושלים, ברלין, וינה; תרפ"א – 1921; עמ' 8. ראו גם בערך zirah באתר שבו ציינו 75.8 ס"מ לעניין מידה זו בקרקע חקלאית, אם כי ההתייחסות היא למידה שנהג בלבנון, במאה ה־20, ולאו דווקא בכל רחבי האימפריה העות'מאנית ובדגש על א"י ובמאה ה־19). בענייננו מדובר במידת שטח ולא במידת אורך, אם הד'ראע היא כ־75 ס"מ הרי שד'ראע מרובעת היא כ־0.5625 מ"ר ו־229.5 ד'ראע מרובעות הן מעט יותר מ־129 מ"ר [בחישוב לפי ד'ראע = 75.8 ס"מ, מתקבלת התוצאה של כמעט 132 מ"ר]) ולעומתו שטח בית יהודה עומד על כ־577 מ"ר ובין נתוני מיקום ההקדשות שאינם מתיישבים זה עם זה.