הגאוגרף וההיסטוריון פרופ' יהושע בן־אריה כותב:
"על התפתחות נוספת בשכונת בית־יעקב מוסר בן יהודה לשנת תרמ"ד (1884):
'והחברה [...] "בית־יעקב" [...] קנתה אדמה ממערב לאבן ישראל רחוק מהעיר כי מחיר האדמה אצל העיר עלה הרבה מאד. אפס בגלל המרחק מהעיר לא יכלה החברה הזאת לעמוד עוד ותבוא בצרה גדולה עד בא הר"ר ישראל הורביץ ממונה לכולל הורדנו ותהי עצתו כי יקנה כולל הורדנו מהחברה כעשרה בתים לתתם לעניי הכולל הזה לגור בהם שש שנים, שש שנים חנם. ותעש עצת הר"ר ישראל הורביץ ויקן כולל הורדנו את הבתים ויבנו ב"בית־יעקב" כל צרכי ישוב בית תפלה ותנור, ויתחזק הישוב גם במקום הזה'.
על מיקומה המבודד של שכונת בית־יעקב בראשיתה מספר אחד המקורות:
'השכונה הזאת היתה בשנת הווסדה, שנת תרל"ז, רחוקה יותר מדי מן העיר. הסביבה – מדבר שממה, סלעי מגור ושיני סלעים. הבאים מיפו עברו בה רכובים על חמור, סוס ופרד [...] מרכולת וסחורה הביאו אז על דבשת גמלים [...] ודווקא במקום הזה אמרו הבונים, אגורת "הרחבת הבונים", לסלול דרך לכל עובר ושב, ולבנות בו שכונת יהודים, ויקראו לה 'בית־יעקב'."
(בן־אריה, עיר בראי התקופה, 166)
בגלל בידודה עמדו תושבי השכונה בשנותיה הראשונות על המשמר מפני גנבים ביום ומפני שודדים בלילה:
"גרי שכונת בית יעקב אשר היו הרחוקים ביותר מהעיר העתיקה עמדו על המשמר מפני גנבים ביום ומפני שודדים בלילה. באחד הלילות התנפלו אנשי ליפתא על השכונה, הצעקות והקריאות לעזרה הגיעו ונשמעו בשכונת מזכרת משה הקרובה ביותר אליה. שמע רבי שלום, סופר במזכרת משה את הצעקות, ניגש לארונו, הוציא שופרו ותקע בו תקיעה, תרועה ותקיעה גדולה. שמעו הערבים את הקולות המוזרים שלא שמעום מעודם, נדהמו וברחו על נפשם." (ישעיהו פרס, מאה שנה בירושלים – מזכרונות איש ירושלים, ירושלים, 1964)
בית הכנסת מצוי במרכזה של השכונה, על פני חלקת קרקע הגובלת ברח' אבישר 7 מצד צפון וברח' הדקל 4 מצד דרום. כתובת אבן ישנה הקבועה מעל הפתח של בית הכנסת מעידה על בניינו:
"לזכר עולם יהיה בהיכל ה' הזה בית יהודא אשר על בנין בית הכנסת הזה נתן הישיש מוה"ר יהודא ליב ב"ר חיים לעוויטעס ז"ל שהיה שו"ב בק"ק בירגמינגהם במדינת בריטניה נדבה בשנת תרל"ז סך עשרת אלפים גרוש ובשנת תרמ"א אלף גרוש ולזה יקרא בשם ביהכ"נ בית יהודא עד עולם על שמו וזכרו. ואסור לשום איש לשנות. ויקויים הכל כפי הכתוב שנתנו לו אנשי בית יעקב והמתפללים בביהכ"נ הזה ושהאבן הזאת תהי קבוע על כותל ביהכ"נ הזה עד ביאת הגואל ב"ב אמן." (הובא אצל שלו, נחלאות, 105.)