פועל יוצא מדברים אלה הוא כי סמכות ערכאת שיפוט, באשר היא, אזרחית או דתית, נקנית מכוח הדין, ואין היא נושאת כוח לשאוב את מקורה מהסכמת הצדדים, אלא מקום שהחוק עצמו ראה להכיר בהסכמה כזו, בנסיבות מסוימות, כמקור לסמכות הכרעה. כך, לדוגמה, הבחין החוק, לעניין תוקפה של הסכמת הצדדים, בין חלוקת סמכויות עניינית לחלוקת סמכויות מקומית בין ערכאות שיפוט. הוא נכון להכיר, בתנאים מסוימים, בהסכמת הצדדים כמקור מוכר לשינוי סמכות מקומית שנקבעה. בתקנה 5 לתקנות סדר הדין האזרחי, התשמ"ד – 1984, נקבע כי בהינתן קיומו של הסכם בין בעלי דין על מקום שיפוט, תוגש התובענה לבית המשפט שבאזור שיפוטו מצוי אותו מקום. הגמישות היחסית בענייני הסמכות המקומית, והנכונות להכיר בהסכמת הצדדים כמקור לסמכות כזו, נובעות כל כולן מהחוק, ושואבות כוחן מהוראותיו. לא כך הוא לגבי הסמכות העניינית. דרך כלל, אין החוק מכיר בכוחה של הסכמת בעלי הדין לשנות מכללי הסמכות העניינית, כפי שעוצבו בחקיקת המדינה."
לאור האמור, ומאחר שההקדש דנן נוסד כהקדש דתי בפני בית הדין הרבני כשנתיים קודם לפניית האפוטרופוסים לבית המשפט המחוזי המנדטורי (בשנת 1942), אנו סבורים שלא היה בידי בית המשפט הסמכות לדון ביצירת הקדש ומינוי הנאמנים. משפעל שלא כחוק ובחוסר סמכות כל קביעותיו בנוגע להקדש אינן מחייבות ובטלות מעיקרן.
יצוין כי קביעה זו מתייחסת גם להחלטת בית המשפט המחוזי בירושלים במסגרת הליך ה"פ 102384-05-12, העוסק בדבר מינוי נאמנים חדשים להקדש מושא ערעור זה.
יובהר שאין בית הדין בא להטיל אשמה חלילה בערכאות המשפטיות – בית המשפט המחוזי המנדטורי (דאז) ובית המשפט המחוזי בירושלים דהיום – בגין נטילת סמכות שלא כדין ופגיעה בעיקרון כיבוד ערכאות. לא זו כוונתנו, שכן העובדה שההקדש נוסד תחילה בפני בית הדין הרבני לא הובאה לידיעתו של בית המשפט טרם דן בעניינו והחליט בצו בדבר ההקדש הציבורי או מינוי נאמנים חדשים.
לא ברור לבית דין מי הניע ומה הביא את הנאמנים להופיע בפני בית המשפט המחוזי המנדטורי בשנת 1944 ולכונן בפניו הקדש ציבורי בה בעת שעל החלקה והבית שעליו בית הכנסת 'בית יהודה' חל כבר הקדש דתי וכמפורט בשטר ההקדש, אך תהא התשובה לשאלה זו אשר תהא – אין במעשיהם של הנאמנים, שנעשו שלא כדין, כדי להעתיק את הסמכות בעניינו של ההקדש מבית הדין אל בית המשפט, ואין במניעיהם – ויהיו אשר יהיו – כדי למנוע את בטלותן של ההחלטות שניתנו שלא בסמכות ועל יסוד הטעייתו של בית המשפט.