וכן ראו בבג"ץ 293/52 (ע' עמיצור נ' יו"ר ההוצל"פ, בית המשפט מחוזי ת"א ואח', השופט זילברג, בסוף סעיף 6 לפסק הדין) כדלהלן;
"אף אתה ענה לו: יהא אשר יהא על סמכות בית הדין לדון ולהחליט בענין, הוא, על כל פנים, מוסמך לברר את העובדות הקובעות את עצם סמכותו (ראה בג"ץ 50/46 (1946), אל"ר 594, בע' 595, (2)). נמצא כי לפחות בנקודה זו
– לגבי עצם קבלת ההודאה – אין לטעון נגדו טענת חוסר סמכות."
ועל כך נוסיף את שציינו לעיל כי לאחרונה בבג"ץ 1173/17 (פנינת המיתרים בע"מ נ' בית הדין הרבני האזורי י-ם ואח' (פורסם בנבו, 16.2.2017)) נאמר ע"י בית המשפט (כב' השופט נ' הנדל):
"אין כל מניעה שבית הדין הרבני ידון בשאלת סמכותו העניינית (בג"ץ 673/89 שולמית משולם נ' בית הדין הרבני הגדול, מה(5) 594, 598 (1991); בג"ץ 89/86 שולמית משולם נ' בית הדין הרבני האזורי [פורסם בנבו] (06.03.1986))." (ההדגשות הוספו).
לאור האמור משהועלו טענות שונות נגד סמכות בית הדין לדון בתוקפו של ההקדש סבור בית הדין שיש לדחותם מכול וכול.
בנקודה זו בית הדין מוצא לנכון להבהיר כי ניהולו הפנימי של ההקדש כולל בין היתר מתן הוראות לביצוע היעיל של ההקדש ומטרותיו, מינוי נאמנים, פיטורי נאמנים, מתן הוראות לנאמנים מפוטרים להעביר את כלל הנכסים, ספרי חשבונות ויתר מסמכים שברשותם אל נאמנים חדשים שמונו (ראו: ע"א 256/71 אל סמאר נ' אלעלמי, פ"ד כו(1) 505; ע"א 27/49 מרדכי לבנון נ' אברהם אלמליח, פ"ד ג 68; בג"ץ 231/57 ועד עדת הספרדים ירושלים נ' יו"ר ההוצל"פ, פ"ד יב 640)).
משכך, ברור ונהיר, כי הרכב נאמני ההקדש ומינוי האפוטרופוסים על נכסי ההקדש הוא בתחום הניהול הפנימי של ההקדש ונתון לסמכותו הייחודית והבלעדית של בית הדין הרבני (ראה ע"א 27/49 הנ"ל בעמ' 82).
עוד ראה לעניין זה בספרו של ש' כרם, חוק הנאמנות, תשל"ט–1979 (מהדורה רביעית, 2004, בעמ' 832) כי בגדר הניהול הפנימי רשאים נאמנים להקדש דתי לבקש מבית הדין הוראות כיצד לפעול או לברר זכויות וחובות של נהנים או של צד ג', וכמו כן, יכריע בית הדין במחלוקת שבין נאמנים בדבר דרך פעולתם.
כאסמכתה לדבריו ציין לע"א 5444/95 (עמותת בני מוטרנות הגליל נ' הארכיבישוף מקסימוס סלום, פ"ד נא(4) 811). שם קבע בית המשפט כי השאלה מה יסווג כניהול פנימי אינה תלויה בהכרח בזהות הצדדים אלא במהות העניין, וראה שם (בעמוד 826) כי בית הדין הדתי יכריע במחלוקת בין נאמנים בדבר דרך פעולתם וכדברי בית המשפט (שם):