"לגבי הקדש דתי שנוסד בפני בית-דין דתי על פי הדין הדתי רשאי בית הדין הדתי להורות שהוראות חוק זה בענין יצירת הקדש ובענין ניהולו הפנימי לא יחולו עליו".
סעיף זה בא לקיים גם להבא את המצב, שלפיו ענייני היצירה והניהול הפנימי של הקדשות דתיות שנוסדו בפני בית-דין דתי על פי דין דתי נמצאים בשיפוטם הייחודי של בתי הדין הדתיים (ראה לעניין זה את דברי ההסבר בהצעת חוק הנאמנות, תשל"ה-1974). אולם מעצם חקיקתו של סעיף זה עולה, כי חוק הנאמנות נועד לחול ואכן חל על הקדשים דתיים שנוצרו לאחר תחילתו.
--- סוף עמוד 272 ---
כאמור, לגבי הקדש דתי שנוסד לאחר החוק רשאי בית הדין הרבני להורות, כי הוראות חוק הנאמנות לעניין יצירתו וניהולו הפנימי של ההקדש לא יחולו עליו. משמע, כל יתר הוראות החוק חלות על ההקדש הדתי. מסקנה זו מתחזקת לאור נוסח סעיף 41(א), כפי שהובא לכנסת לקריאה שנייה ושלישית (ד"כ 86(תשל"ט) 3702). לפני הכנסת היו מונחות שתי גירסאות לסעיף זה. גירסה א , אשר הוצעה על-ידי הממשלה, קבעה כי "הוראות חוק זה בעניין היצירה והניהול הפנימי של הקדש לא יחולו על הקדש דתי שנוסד בפני בית-דין דתי על פי הדין הדתי, אלא אם הורה בית הדין הדתי שהוראות חוק זה בעניינים האמורים, כולן או מקצתן, יחול עליו". גירסה ב היא הגירסה המופיעה היום בחוק. מן ההבדל בין שתי הגירסאות עולה, כי הוראות חוק הנאמנות חלות על הקדש דתי, אם כי בית הדין רשאי להורות שההוראות לעניין יצירתו וניהולו של ההקדש לא יחולו עליו.
יתרה מזו, נוסח סעיף 41(א) מצביע על כך שחוק הנאמנות מכיר באפשרות ליצירת הקדש שלא באחת הדרכים הקבועות בסעיף 17 לחוק הנאמנות גם לאחר כניסתו לתוקף. אולם הוא מחיל את הוראות החוק על הקדש זה, בסייג שהוזכר לעיל והנוגע להוראות לעניין יצירתו וניהולו של הקדש. אם כוונת המחוקק הייתה שונה, דהיינו להחיל את הוראות חוק הנאמנות על הקדשים דתיים שנוצרו טרם חקיקתו, חזקה עליו שהדבר היה נקבע במפורש.
המסקנה, שהוראות חוק הנאמנות לא חלות על הקדש דתי שנוסד טרם כניסתו לתוקף של החוק, מתחזקת לאור הוראת סעיף 42 לחוק, הקובעת כי "הוראות חוק זה יחולו כשאין בחוק אחר הוראות מיוחדות לענין הנדון". כאמור, סעיף 41(א) לחוק הנאמנות, אשר מחיל על הקדש דתי שנוסד לאחר החוק את הוראות חוק הנאמנות, מאפשר לבית הדין הרבני להורות כי הוראות החוק לעניין יצירתו וניהולו של ההקדש לא יחולו עליו. אולם לאור סעיף 42 הנ"ל אין סעיף 41(א) חל על הקדש דתי שנוסד טרם החוק, שכן לעניין יצירתו וניהולו של הקדש דתי יש הוראה מיוחדת בחוק אחר סימן 53(3) לדבר המלך במועצה על ארץ ישראל, 1922(להלן - דבר המלך במועצתו), אשר אדון בו להלן. משמע, אם לעניין יצירתו וניהולו הפנימי של הקדש שנוסד לפני חוק הנאמנות לא חלות הוראות החוק, לא ניתן ללמוד מסעיף 41(א) הנ"ל שיתר הוראותיו יחולו על הקדש זה, שכן, כאמור, סעיף זה כלל אינו חל על הקדש דתי שנוסד טרם חקיקת החוק.