במקביל - על אותה החלטה לאישור התכנית חרף התנגדויותיהם - הגישו העותרים בעתירת אלוני בקשת רשות ערר ליו"ר הוועדה המחוזית לפי סעיף 110(א)(2)(ב) לחוק התכנון והבנייה (ראו בקשת רשות הערר מיום 21.3.16, בנספח 18 לעתירת אלוני). ביום 19.4.16 נדחתה הבקשה לערור על ידי יו"ר הוועדה המחוזית, בנימוק שלא עמדה בכללים הנדרשים הקבועים לצורך מתן רשות ערעור, ולא הייתה אחד מן המקרים שבהם ראוי ליתן רשות ערר לפי סעיף 110(א)(2) לחוק (ראו החלטת יו"ר הוועדה המחוזית מיום 19.4.16, בנספח 19 לעתירת אלוני). על החלטה זו הגישו העותרים בעתירת אלוני בקשה לעיון מחדש, ביום 27.4.16. העותרים טענו לשינוי נסיבות הנובע מהגשת הערר בזכות על ידי הוועדה המקומית. לדידם, עצם הגשת הערר בזכות בידי הרשות המקומית מהווה שינוי הדין החל על עניינם, בעניין הנסיבות שבהן תינתן רשות ערעור (ראו הבקשה לעיון מחדש מיום 27.4.16, בנספח 20 לעתירת אלוני). ביום 10.5.16 נדחתה הבקשה לעיון מחדש, בין היתר כיוון שלטעמה של יו"ר הוועדה המחוזית, לא מהווה הגשת הערר בידי הוועדה המקומית שינוי נסיבות המצדיק מתן רשות ערר לעותרים (ראו תשובת יו"ר הוועדה המחוזית לבקשה לעיון מחדש מיום 10.5.16, בנספח 21 לעתירת אלוני).
ביום 15.5.16 פנו העותרים בעתירת אלוני לוועדת המשנה לעררים, בבקשה להצטרף כמשיבים נוספים לערר הוועדה המקומית, על בסיס תקנה 4(ג) לתקנות התכנון והבניה (ערר בפני המועצה הארצית), התשל"ב- 1972 (להלן: תקנות הערר). ביום 4.7.16 דחתה ועדת המשנה לעררים בקשה זו, בין היתר מן הנימוק שבשל השוני בין הטענות שהעלתה הועדה המקומית לטענות שהעלו העותרים במסגרת בקשת ההצטרפות – יהפוך צירופם, הלכה למעשה, להתרת ערר נוסף ונפרד - וזאת לאחר שבקשת רשות הערר שהגישו ליו"ר הוועדה המחוזית נדחתה בדין (ראו הבקשה להצטרף כמשיבים נוספים מיום 15.5.16 והחלטת וועדת המשנה לעררים מיום 4.7.16 בנספחים 22 ו-23 לעתירת אלוני, בהתאמה).
ביום 1.11.16 הגישו העותרים בעתירת אלוני עתירה מנהלית נוספת, נגד החלטת יו"ר הוועדה המחוזית שלא לתת להם רשות לערור והחלטת יו"ר וועדת המשנה לעררים שלא לצרפם כמשיבים לערר הוועדה המקומית (עת"מ (ת"א) 47652-07-16 אלוני ואח' נ' יו"ר הוועדה המחוזית לתו"ב מחוז ת"א ואח') [פורסם בנבו]. ביום 1.11.16 ניתן במסגרת עתירה זו צו ביניים, לפיו וועדת המשנה לעררים תימנע מלדון בערר הוועדה המקומית עד להכרעה בעתירה. על החלטה זו, הגישו היזמים בעתירות שבפניי בקשת רשות ערעור לבית המשפט העליון, ובקשתם נדחתה. ביום 1.1.17 ניתן פסק דינה של כב' השופטת צילה צפת, במסגרתו נדחתה העתירה נגד החלטת יו"ר הוועדה המחוזית שלא ליתן לעותרים רשות ערר למועצה הארצית. ואולם, בית המשפט קיבל את העתירה לעניין דחיית בקשת העותרים להצטרף כמשיבים לערר שהגישה הוועדה המקומית, והורה על צירופם כאמור (ראו העתק פסק הדין מיום 1.1.17, בנספח 30 לעתירת אלוני).