מצד אחד, בעתירת תירוש ובעקבותיה נטען כי קיומם של מסלולים נפרדים מפר את חובת השוויון המוטלת על מוסדות הלימודים ואין מקום להכיר במוסד כמוסד להשכלה גבוהה אם בין כתליו מתבצעת הפרדה מגדרית. כך הן ביחס לעצם קיומם של המסלולים, והן מפני שבמסלול הגברים מלמדים רק מרצים גברים. טענות נוספות שהועלו בעתירה זו נגעו לסמכות המועצה סמכות לקבוע כללים וקריטריונים שונים בהקשר זה, לפגמים בהליך קבלת ההחלטה, לכך שאין פיקוח ואכיפה מספיקים של התנאים שנקבעו בהחלטת המועצה, ולקיומם של מחקרים שונים שתומכים בביטול המסלולים הנפרדים. עוד טענה היא כי סטודנטים שאינם חרדים מופלים לרעה ביחס לסטודנטים חרדים, שזוכים למלגות ותקציבים עודפים רק על בסיס השתייכותם הקבוצתית וללא קשר למצבם הסוציו-אקונומי.
מצד שני, נטען בעתירת קהלת ובעקבותיה כי לא זו בלבד שהפרדה זו ראויה ומאפשרת לבני החברה החרדית לממש את האוטונומיה שלהם ולרכוש השכלה גבוהה, אלא אף יש לאפשר אותה באופן רחב יותר, ללא תנאים מגבילים כאלה ואחרים, למשל לא להגבילה ללימודי תואר ראשון ולבני החברה החרדית בלבד. נטען בהקשר זה כי למועצה יש סמכות לפקח על הרמה המדעית של מוסדות ההשכלה הגבוהה, ולא לשקול שיקולים ערכיים כגון שיקולי שוויון. עוד נטען כי כל מוסד להשכלה גבוהה רשאי
--- סוף עמוד 124 ---
לקבוע לעצמו מדיניות הפרדה, וכי החלטת המועצה פוגעת בזכויות התלמידים המעוניינים – מבחירתם החופשית – בהפרדה גם מעבר לכללים שנקבעו בהחלטה. לבסוף נטען כי ההחלטה מפלה בין מוסדות ותיקים או מוסדות יסודיים ועל יסודיים – שאינם כפופים לכללים שנקבעו בהחלטה – למוסדות שעליהם חלים הכללים.
מצד שלישי, בעתירות "קהל היעד" נטען כי יש להתערב בהגדרת "קהל היעד" שקבעה המועצה למסלולים הנפרדים. על פי הנטען, הגדרת קהל היעד כיום תלויה בסוג הפיקוח על מוסד הלימודים, אולם סוג הפיקוח כשלעצמו הוא נתון טכני שהשימוש בו מוביל להבחנות שרירותיות בין דומים.
3. כדרכן של עתירות ציבוריות, מתעוררות שאלות של סמכות ופרוצדורה. אלה טענות ראשוניות, שדורשות התייחסות טרם שנגיע לטענות המהותיות יותר. אשר לסמכות, סעיף 9 לחוק המועצה להשכלה גבוהה, התשי"ח-1958 קובע כי "המועצה רשאית להכיר במוסד פלוני כמוסד להשכלה גבוהה על יסוד כללים שנקבעו על ידיה להכרה במוסדות להשכלה גבוהה, או בסוגים מהם, בנוסף לדרישת רמה מדעית נאותה (להלן – מוסד מוכר), ובלבד שכללים אלה לא יגבילו חופש הדעה והמצפון". מכאן שהמועצה רשאית להכיר או שלא להכיר במוסד כמוסד להשכלה גבוהה, לא רק על יסוד הדרישה לרמת מדעית נאותה, אלא גם על יסוד כללים נוספים שייקבעו על ידה. כללים אלה אכן הותקנו, ובמסגרתם נקבע כי "לענין קבלת תלמידים ומינוי הסגל האקדמי לא יפלה המוסד להשכלה גבוהה בין מועמדים שונים אך בשל גזעם, מינם, דתם, לאומיותם או מעמדם החברתי" (כלל 9 לכללי המועצה להשכלה גבוהה (הכרה במוסדות), התשכ"ד-1964). כן קובע כלל 2 כי "היתה המועצה סבורה כי מוסד פלוני אינו ממלא אחרי התנאים האמורים בכללים אלה, לא תכיר בו המועצה כמוסד להשכלה גבוהה".