37. טענת העותרות כי פרויקט ה-J-Net מקנה לשפיר יתרון לא הוגן במכרז: טענת העותרות כי פרויקט ה-J-Net, שאותו מפעילה שפיר, מקנה לה יתרון לא הוגן, נשענת על טענתן כי שפיר שולטת במידע ובקניין הרוחני שהוא בגדר תשומה חיונית למתחרות במכרז הקו הכחול ולזכיין שיזכה במיזם זה. זאת לטענתן, בשל הדרישה לתיאום מלא בין המערכות כך שהמתמודדות צריכות לקחת בחשבון את העובדה שיהיה עליהן לשתף פעולה עם שפיר ולטענתן, מצב זה מייקר עבורן את המיזם. לטענתן, אף קיים חשש ששפיר תקשה על מתחרותיה להתחבר אל המערכות שבשליטתה וכך היא תוכל להעלות את עלויותיהן ולדרוש תשלומים גבוהים. כך, לטענת העותרות, המתחרות יהפכו ל"לקוחות שבויים".
בדומה לטענותיהן הקודמות של העותרות, אף טענה זו, שלפיה המתמודדות יידרשו לשתף פעולה עם שפיר, בהיותה הזכיינית המפעילה את ה-J-Net, נדחו ממספר נימוקים. ראשית, אם שפיר לא תזכה במכרז, לא יהיה לה תמריץ לפגוע בזוכה או להקשות על שיתוף הפעולה עמו ומכל מקום, אף העותרות לא הצביעו על תמריץ כזה; שנית, הצורך בפתרון לתיאום עם המערכות הקיימות של שפיר והצורך בהעברת מידע רלוונטי לשם השתתפות במכרז, נדרש ונקבע במכרז בכל מקרה. כך בין אם שפיר תתמודד במכרז ובין אם לא תתמודד. לפיכך, על-פי המכרז, ועדת המכרזים תפתח לכלל המתמודדים במכרז חדר מידע שיכלול את המידע הרלוונטי בעניין מערכות ה-J-Net; שלישית, טענותיהן של העותרות מחזקות את עמדת ועדת הריכוזיות בדבר יתרונותיה של שפיר בשל הפעילויות שבידיה, אשר יאפשרו לה להגיש הצעה תחרותית לטובת הציבור, אשר תשקלל את היעילות בהפעלת מערכת אחת המוכרת לה היטב. ועדת הריכוזיות אף סבורה כי החשש מהגידול בריכוזיות הכלל-משקית של שפיר מצטמצם בשל האפשרות שהמדינה שמרה לעצמה לפעול, כך שישנה אפשרות שבעתיד כל קווי הרכבת הקלה בירושלים יופעלו באמצעות אותו גורם. במצב זה, כל גורם שיזכה במכרז עשוי לקבל לידיו את הפעלת כלל הקווים בירושלים בלי שיידרש תיאום מיוחד בין שתי הקבוצות.
38. טענת העותרות בדבר טעות במשקל שניתן לכוונה שלפיה כלל קווי הרכבת הקלה יופעלו בעתיד באמצעות אותו גורם: העותרות טענו כי ועדת הריכוזיות שגתה בכך שנתנה משקל לכוונה שלפיה בעתיד יהיה גורם אחד אשר יפעיל את כל קווי הרכבת הקלה בירושלים. כן טענו, כי ועדת הריכוזיות שגתה בקביעתה כי הריכוזיות הכלל-משקית שתהיה בידי שפיר, אם תזכה, תהיה בידי כל מפעיל שיבחר להפעיל את הקו הכחול ואת קווי הרכבת הקלה האחרים בירושלים. כך לטענתן, מאחר שמדובר בהחלטה שעדיין אינה ודאית, שתתקבל רק עוד שנים רבות ומכל מקום, עניינה בזהות המפעיל של הקו הכחול ולא בזהות הזכיין שיקים ויתחזק קו זה.