את דחיית הטענה האמורה נימקה ועדת הריכוזיות באלו: ראשית, הכוונה להביא לכך שכל קווי הרכבת הקלה בירושלים יופעלו באמצעות גורם אחד מצביעה על יעילות, שאף עשויה להתבטא בהצעות תחרותיות שיציעו המתמודדים במכרז, בהם שפיר, לרכיבי הפעלת הרכבת הקלה לתועלת הציבור ולשם הפעלה יעילה יותר של מערכת הרכבות; שנית, היעילות אינה נוגעת רק להפעלת הרכבות, אלא גם להקמת מיזם הקו הכחול ותחזוקתו, העשויות להתבצע באופן יעיל יותר ומתואם יותר וכי הדבר עשוי להתבטא גם בהצעת מחיר תחרותית ואף בהיבטים הנוגעים לבטיחות; שלישית, העובדה שעל-פיה אם שפיר תזכה במכרז, תהיה הפעלה אחודה כבר מתחילת המיזם (ללא המתנה להחלטה בעניין רכישה חוזרת), היא יעילות נוספת לטובת הציבור שאפשר לשקול, אשר עשויה להתבטא גם בהצעת המחיר התחרותית שתציע שפיר.
39. הערות נוספות של ועדת הריכוזיות: בסוף חוות דעתה השנייה הוסיפה ועדת הריכוזיות והדגישה את הנושאים הבאים: האחד, מחוות דעתה של הממונׇה על התחרות בעניין הייעוץ הענפי (שכאמור, הוגשה ביום 18.11.2021), עלה כי היא לא מצאה בטענותיהן של העותרות נושאים המעלים חששות תחרותיים משמעותיים; השני, בעוד ועדת הריכוזיות פועלת על-פי דין, העותרות מבטאות עמדה של מתמודד בעל אינטרס להפחתת "הלחץ התחרותי" באמצעות פסילת מתמודד. במיזם ה-J-Net התמודדו רק שפיר והעותרות ולפיכך נאמר, כי את הטענות הנשמעות מפי גורם בעל עניין יש לבחון בזהירות; השלישי, לא ניתן לקבל את טענת העותרות כי יש להעניק לשפיר "ניקוד שלילי", כדי שתינתן עדיפות לקבוצות לא ריכוזיות. כך מאחר ש"ניקוד שלילי" עלול למנוע את התועלת מהתמודדותה של שפיר במכרז ואף למנוע את זכיית הגורם שיציע את ההצעה התחרותית ביותר וכי הדבר עשוי להביא לפגיעה באינטרס הציבורי. כמו כן, על מתן "ניקוד שלילי" מטעמי ריכוזיות כלל-משקית להיעשות באופן שוויוני וכולל, אשר לפי טענת העותרות, צריך להיעשות בהתאם ל"רמת הריכוזיות הכלל משקית" של כל גורם. אולם בשל חשיבות המכרז, התחרות שתהיה בו וחשיבות המיזם, לא יהיה זה נכון להעניק ניקוד שלילי, העלול לפגוע בתחרות שבמכרז ובקידום המיזם; הרביעי, בשני מכרזים בתחומי תשתיות חיוניות (התחנה הפוטו-וולטאית באזור דימונה ותחנת הכוח 'חגית'), זכו העותרות בהתמודדות מול שפיר. בכך יש כדי לצמצם את החשש מגידול הריכוזיות הכלל-משקית של שפיר ומנגד, מעלה את הריכוזיות הכלל-משקית של שיכון ובינוי, שעשויה להיכלל ברשימת הגורמים הריכוזיים כתאגיד ריאלי משמעותי, אם היא תענה על הקריטריונים לכך.