עוד נאמר, כי טענות דומות עלו גם במכרז של מיזם ה-J-Net, אך בפועל ניסיונו של מפעיל הקו האדום לא היה בגדר "יתרונות פנימיים". בסופו של דבר, אף לא הוגשה מטעמו הצעה לאותו מכרז ובמבחן התוצאה ניתן לראות, כי אותו מפעיל לא נהנה מאותם יתרונות נטענים. כמו כן, קבוצת העותרות שהשתתפה במכרז למיזם ה-J-Net, העלתה בשעתו טענות דומות, אך נראה כי הסתפקה בתשובת ועדת המכרזים (שם, פסקה 46).
44. דחיית טענת העותרות בדבר העדפת שפיר: ועדת המכרזים דחתה את טענותיהן של העותרות ואת רמיזותיהן כאילו הוועדה רוצה בזכיית שפיר ו-CAF במכרז. הוועדה דחתה טענות אלו מכל וכל, חזרה על טעמי אימוץ המלצותיה של ועדת הריכוזיות בשתי חוות דעתה והוסיפה כי ועדת המכרזים מנהלת את המכרז באופן אחראי, מאוזן, ראוי, ללא משוא פנים וללא העדפות וכי יש להצר על הרמיזות האמורות. עוד הודגש, כי לא נמצא טעם ממשי המצדיק את דחיית עמדת ועדת הריכוזיות שלפיה אין לאסור על שפיר להשתתף במכרז וכי מדובר בעמדה עניינית שעל-פיה באיזון שנעשה, גוברים היתרונות באישור השתתפותה של שפיר במכרז על פני החסרונות העשויים לעלות בשל השתתפותה (שם, פסקאות 49-47).
45. טענת העותרות בדבר הצורך ב"נטרול" יתרונותיה של שפיר באמצעות העמדת כלל המציעים ב"נקודת פתיחה שווה": תמצית טענותיהן של העותרות הן כי הקו הכחול אינו "עוד קו" אלא המשך והרחבה של ה-J-Net. מכאן לטענתן, יתרונה של שפיר ולטענתן, אף אין מדובר במצב רגיל שבו לאחד המתמודדים ישנם יתרונות "חיצוניים" ולגיטימיים על פני יתר המתחרים, אלא יתרונותיה של שפיר הם יתרונות "פנימיים" המפרים את שוויון ההזדמנויות בין המתמודדים. העותרות אומדות את היתרון הנטען בכמיליארד שקלים. לפיכך טענו, כי לשם נטרול חוסר השוויון הנטען האמור, על ועדת המכרזים לנקוט שורת צעדים ובין השאר, אלו: שינוי שיטת הניקוד או הערכת ההצעות, כך שיופחת כמיליארד שקלים מהצעות המתמודדים, למעט שפיר; שינוי תנאי המכרז בעניין מועד הפעלת הקו הכחול; הפרדה מוחלטת של פעילות הקווים, כך שייאסר על שימוש כלשהו במשאבי ה-J-Net לטובת הקו הכחול (בכלל זה, עובדים, מבנה ארגוני, מערכות מידע, תשתיות, קרונות, חדרי בקרה, מערכות וכיוצא באלה). לתמיכה בטענותיהן הציגו העותרות דוגמאות מהארץ ומהאיחוד האירופי שבהן לטענתן, ננקטו צעדים לנטרול יתרונות של מתמודדים (שם, פסקאות 56-50).
בהתאם להמלצות הצוות המקצועי, החליטה ועדת המכרזים לדחות את כלל טענותיהן האמורות של העותרות מהמטעמים הבאים: כל היתרונות של שפיר שעליהם הצביעו העותרות, אינם נובעים מהמכרז ומתנאיו, אלא מנסיבות חיצוניות למכרז; בכל מקרה, שפיר אינה המציע היחיד הנהנה מיתרונות חיצוניים וכי אחד המציעים הנהנים מכך הוא אגד (אחת משתי העותרות), כמפורט שם; מכרז הקו הכחול אינו הרחבה של ה-J-Net, אלא זהו מיזם נפרד ועצמאי, אף אם ישנם ממשקים בינו לבין הקו האדום והקו הירוק. הדבר מתבטא גם בהיבטים התפעוליים ובכלל זה מהדרישה להקמת חברות תפעול ייעודיות נפרדות, מהוראות פקודת מסילות הברזל שמהן נגזרות מחויבויות וסמכויות נפרדות של כל אחד מזכייני כל אחד מהקווים, וכן הדרישה להקמת 'דיפו' נפרד לכל אחד מהמיזמים. העובדה שהקו הכחול ייסע במקטעים מסוימים על מסילת הקו הירוק, אינה הופכת אותו להרחבה או להפעלה משותפת של המיזמים. מכל מקום, עם הפעלת הקו הכחול תצומצם פעילות הקו הירוק באותן מסילות, כך שלא ייווצר מצב של נסיעה בו זמנית של שני קווים על אותה מסילה (שם, פסקאות 63-57).