46. טענות העותרות שלפיהן יש לקבוע מראש שזכיין הקו הכחול יפעיל את כל הקווים: כפי שכבר הוזכר, טרם הוחלט מי יהיה הגורם אשר יפעיל בעתיד את קווי הרכבת הקלה בירושלים. בעניין זה, כאמור לעיל, ישנן שלוש אפשרויות. לפי "תרחיש הבסיס" קווי ה-J-Net יפעלו לצד הקו הכחול תוך שמירת הפרדה ביניהם, לפי "אופציה מספר 1" זכיין הקו הכחול יפעיל גם את ה-J-Net ולפי "אופציה מספר 2" זכיין אחר יפעיל את כל הקווים.
העותרות טענו כי "אופציה מספר 1" ממחישה את טענתן כי הקו הכחול הוא הרחבה של מערכת ה-J-Net ולכן טענו, כי יש לקבוע כבר היום כי אפשרות זו תהיה תרחיש הבסיס.
ועדת המכרזים סברה כי אין מקום לבחירת אופציית ההפעלה קודם לשלב הגשת ההצעות. על-פי נימוקיה, תרחיש הבסיס והאופציה הראשונה ממחישות את העובדה שמדובר במערכות נפרדות אשר יתפקדו זו לצד זו, בעוד שכל זכיין יפעיל את קווי השירות שיועדו לו ואף יהיה זכאי לתמורה ביחס למספר הקילומטר המסחרי שיקים ובדומה, גם בקנסות שיידרש לשלם, הוא יימדד לפי ביצועיו. הובהר כי תרחיש הבסיס גובש תוך היוועצות ביועצים בינלאומיים בעלי ניסיון ומכל מקום, לא ניתן לראות באופציה הראשונה משום המחשה לכך שהקו הכחול הוא הרחבה של ה-J-Net. כך או אחרת, חרף המורכבות הנובעת מהיעדר החלטה בשלב הזה בדבר אפשרות ההפעלה שתיבחר, התקשרויות לטווח ארוך מטבע הדברים מתאפיינות בהיבט של חוסר ודאות ולכן אין מקום לבחירת אפשרות אופן הפעלת הקווים כבר עתה (פסקה 64).
47. טענות הנובעות מממשקים בין הקווים: טענות העותרות בדבר היעדר שוויון לנוכח הממשקים בין קווי ה-J-Net והקו הכחול נדחו אף הן. כמוסבר בהחלטת ועדת המכרזים, על-פי מסמכי המכרז, אמנם ישנם ממשקים בין ה-J-Net לבין הקו הכחול בשלבי ההקמה, התפעול והתחזוקה, אך אין בהם כדי ללמד על כך שהקו הכחול הוא הרחבה של ה-J-Net. כל זכיין יעבוד באופן נפרד ועצמאי. העובדה שבמצבי חירום יהיה ממשק מצומצם בין המפעילים והעובדה שהקו הכחול ייסע על תוואי מסילה של הקו הירוק, אינה משנה מכך וכי הדבר קיים ומקובל גם במקומות אחרים. לפיכך נדחו טענותיהן של העותרות בדבר היעדר ודאות מספיקה. שכן גם במסגרת מסמכי המכרז הוסדר כל הדרוש לעניין ניהול מבחני ההרצה על קווי ה-J-Net, המיקומים, המועדים ומשך התקופה שבה זה ייעשה. אף נקבעו סעדים לזכיין, שאינו מפעיל ה-J-Net, אם מפעיל ה-J-Net יעכב את מפעיל הקו הכחול או יפריע לו לקיים את התחייבויותיו (פסקאות 68-65).