שנית, ועדת המכרזים וכך גם ועדת הריכוזיות, התעלמו מכל ההשלכות ארוכות הטווח שיש לריכוזיות הכלל-משקית של שפיר, תוך העדפת הסתכלות לטווח הקצר. כך בעיקר שגו בכך שראו בכוח הריכוזי של שפיר משום יתרון תחרותי והתעלמו מההשלכות האפשריות העשויות להיות להקצאת הקו הכחול לשפיר ובכלל זה לאלו: ההקצאה תביא להגדלת התלות בשפיר מצד קובעי המדיניות באופן שייצור "שבי רגולטורי"; תעצים את הריכוזיות הגבוהה בהפעלת קווי הרכבת הקלה בירושלים; תמנע אפשרות לעריכת "תחרות השוואתית"; תגביל את יכולת המאסדר לממש סנקציות ובכלל זה הפעלת מנגנון השבת הזכויות (Buy Back); תעצים את כוחה של שפיר בתחבורה הציבורית ותחזק את איום "הורדת השאלטר"; תאפשר לשפיר לדרוש שינויים ותוספות בטווח הארוך; שליטת שפיר בכלל קווי הרכבת הקלה בירושלים תקנה לה כוחות במישורים רבים ובכלל זה עיכוב מיזמי בנייה, סירוב לשדרוג מערכות וכדומה.
שלישית, קביעת ועדת הריכוזיות כי השיקול של רווחת הצרכנים גובר על הגדלת הריכוזיות הכלל-משקית של שפיר אינה סבירה ולשיטת העותרות, אף עומדת בניגוד למסמך המתודולוגיה. כן טענו העותרות, כי לא תיגרם כל פגיעה צרכנית, בוודאי לא פגיעה משמעותית, אם תימנע השתתפותה של שפיר במכרז.
רביעית, התמודדות שפיר במכרז מרתיעה מתמודדים כשירים מלהתחרות במכרז ולפיכך עצם השתתפותה עשויה להפחית את מספר המתחרים.
חמישית, הנמקת ועדת הריכוזיות, שלפיה הקצאת הקו הכחול לשפיר אינה בעייתית, מאחר שעל-פי תנאי המכרז, ישנה אפשרות שבעתיד זכיין אחד יפעיל את כל קווי הרכבת הקלה בירושלים, היא הנמקה שגויה. כך מאחר ששאלת השתתפות שפיר במכרז צריכה להיבחן לפי המצב הקיים ולא לפי אפשרות עתידית שאינה ודאית; התוצאה המידית של הקצאת הקו הכחול לשפיר היא יצירת מצב של ריכוזיות בזכיינות בעניין ההקמה וההחזקה, מעבר לעצם ההפעלה; לשפיר יהיה כוח עצום אשר יפגע ביכולת המאסדר לנקוט נגדה סנקציות (דוגמת הפעלת מנגנון השבת הזכויות (Buy Back)). גם בהקשר זה הלינו העותרות על ההבדל בין מדיניות מכרזי הרכבת הקלה בתל-אביב, שלפיהם לכל קו יהיה זכיין אחר, לבין מדיניות המכרזים בירושלים, המאפשרים זכיין אחד לכל הקווים.
שישית, שתי חווֹת דעתה של ועדת הריכוזיות ניתנו לפני זכיית שפיר במכרז הקו הסגול בתל-אביב. העותרות טענו, כי זכייה זו היא בגדר שינוי נסיבות מהותי אשר מחייב בחינה זהירה ומחודשת של השתתפותה של שפיר במכרז.