58. עוד טענה שפיר, כי העתירה הנדונה הוגשה בשיהוי ניכר תוך חריגה ממסגרת הזמנים הקבועה בדין. כך מאחר שעיקר טענותיהן של העותרות נוגעות למבנה המכרז ולתנאיו, אשר פורסמו כשנתיים קודם להגשת העתירה וכי בפועל, טענותיהן אינן רלוונטיות להחלטות הנתקפות בעתירה. כך במיוחד בכל הנוגע לטענותיהן של העותרות כי שפיר מנועה מלהשתתף במכרז בהיותה המפעילה של קווי הרכבת הפועלים עתה בירושלים. שכן, כבר עם פרסום המכרז הדבר היה ידוע, לרבות העובדה שבשונה מהמכרזים לקווי הרכבת הקלה בתל-אביב, במכרז הנדון לא הייתה מניעה לכך שזכיין אחד יזכה בהפעלת יותר מקו אחד של הרכבת הקלה בירושלים.
59. בעניין העובדה ששפיר היא גורם ריכוזי, כמשמעותו בחוק הריכוזיות, טענה שפיר, כי השתתפותה במכרז לא תוביל לעלייה משמעותית ומסוכנת בריכוזיות שלה ובכוח המיקוח שלה מול מקבלי ההחלטות, כטענת העותרות. כפי שאף קבעה ועדת הריכוזיות, השתתפותה של שפיר במכרז דווקא תצמיח תועלת משמעותית לרווחת הציבור. בהקשר זה עמדה שפיר על כלל האיזונים הקבועים בחוק הריכוזיות ועל כך שתכלית החוק אינה למנוע הקצאת זכויות לגורם ריכוזי, אלא לאזן בין שיקולי ריכוזיות כלל-משקית לבין שיקולים נוספים. בכלל זה טענה שפיר, כי החוק מחייב לבחון אם ההקצאה לגורם הריכוזי תניב תועלת משמעותית לרווחת הציבור, שאז תהיה הצדקה להקצאת הזכות חרף הגדלת הריכוזיות הכלל-משקית שלו. בנסיבות הנדונות, ועדת הריכוזיות מצאה כי היתרונות הגלומים בהשתתפותה של שפיר במכרז עולים על הפגיעה העשויה להיגרם מאי השתתפותה ולכן בצדק לא נפסלה השתתפותה במכרז.
60. שפיר טענה כי התמונה שמציגות העותרות אינה משקפת נכונה את כוח השוק של שפיר מול המאסדר. בכלל זה הצביעה שפיר על כך שמיזמי PPP אינם מנוהלים באמצעות משרד ממשלתי אחד לבדו, אלא באמצעות ועדות מכרזים בין-משרדיות וכן הצביעה על צמצום פעילותה של שפיר בירושלים ועל כך שאינה דומיננטית בתחום מיזמי PPP. זכייתה של שפיר במכרז אף לא תקטין את יכולת המאסדר למנוע "הורדת השאלטר". זאת בין השאר, בשל חלקה המצומצם של שפיר בקבוצת המציעים שעמם היא נמנית (חלקה הוא בשיעור 40%), וכי דווקא כוחה של אגד בתחום התחבורה הציבורית בירושלים עשוי להביא לאיום ב"הורדת השאלטר".
מכל מקום, שפיר הדגישה, כי המכרז קובע מסגרת סנקציות נוקשה, אשר נועדה להתמודד עם מצב מעין זה ובכלל זה וכאמור, נקבע מנגנון השבת הזכויות (Buy Back), שכבר הופעל בעבר (עם חברת סיטיפס שהפעילה את הקו האדום משנת 2011 עד שנת 2019, שאז הוחלפה בשפיר ו-CAF).