65. טענת העותרות היא כי תנאי המכרז מקנים לקבוצת שפיר, המפעילה של ה-J-Net, "יתרונות פנימיים" לא הוגנים, לעומת שאר המציעים במכרז. יתרונות אלו לטענתן, הם משלושה סוגים: יתרון ההתאמות – יתרון אשר לטענת העותרות מתבטא בכך שעל כל המציעים להשקיע כספים כדי שהקו הכחול יתאים ל-J-Net; יתרון ההפעלה – לגבי כל המציעים ישנה עמימות בעניין אפשרות הפעלת כל קווי הרכבת הקלה בירושלים, אך שפיר יודעת כי בכל מקרה, אם קבוצתה תזכה במכרז, היא תפעיל את כל שלושת הקווים; יתרון ההרצה – כלל המציעים יודעים שאם יזכו במכרז הקו הכחול, הם יידרשו לתאם את מבחני ההרצה עם מפעילת ה-J-Net, אך שפיר תיהנה מיתר גמישות, מאחר שלא תצטרך להידרש להוצאות הכרוכות בכך, בהיותה מפעילת ה-J-Net.
לנוכח היתרונות הנטענים שמהם לטענת העותרות, נהנית שפיר לעומת מציעות אחרות, העותרות טוענות כי כאמור, יש לפסול אותה מלהשתתף במכרז. לחלופין, כי יש לנטרל את היתרונות שמהם לטענת העותרות שפיר נהנית וזאת באמצעות נקיטת הצעדים הבאים: את יתרון ההתאמות ניתן לנטרל באמצעות הערכת עלויות ההתאמה של כל המערכות ובהתאם לכך לתת לכל המציעים שאינם שפיר "מקדם" בהצעת המחיר שיהיה בסך מיליארד שקלים; את יתרון ההפעלה ניתן לנטרל באמצעות שינוי תנאי מכרז הקו הכחול, בין בכך שייקבע כי הזוכה יפעיל את כל שלושת קווי הרכבת הקלה בירושלים ובין בכך שייקבע כי מפעילת הקו הכחול תהיה חברה אחרת, שאינה מפעילת ה-J-Net; בעניין יתרון ההרצה נטען, כי הפתרון היחיד הוא קביעת זמני הרצה קשיחים ובלתי ניתנים לשינוי, תוך צמצום זמני של פעילות ה-J-Net באותם זמנים, באופן שייצר ודאות מוחלטת.
66. לשם ביסוס טענותיהן האמורות, הרחיבו העותרות וטענו בעניין האינטגרטיביות של מערכת הרכבת הקלה בירושלים, אשר לפי טענותיהן, כוללת מערכת קווי רכבת "הפועלים באינטגרציה מלאה". לטענתן, זו הסיבה שבגללה מערכת הרכבת הקלה בירושלים מוקמת שלב אחר שלב, בשונה ממערכת הרכבת הקלה בתל-אביב, הבנויה מקווים עצמאיים ונפרדים, שאינם קשורים זה בזה ואשר מוקמים במקביל.
67. כאמור לעיל בתמצית, העותרות טוענות כי ישנה תחולה לא שוויונית של דרישות המכרז בנושא התשתיות הפיזיות של הקו הכחול ובנושא מערכותיו. לטענתן, בעוד שפיר אינה נדרשת להתאמות כלשהן, מציעים אחרים יידרשו לערוך התאמות למערכות של שפיר במיזם ה-J-Net. העותרות פירטו בהרחבה רבה את רכיבים שונים ומערכות שונות של הרכבת הקלה, אשר לטענתן, כלל המציעים יידרשו להתאים אותם אל המערכות של שפיר. בעניין שורה של מערכות הקו הכחול הפנו העותרות אל הוראות המכרז, אשר על-פי טענתן, מחייבות לכאורה, התאמות כלשהן בינן לבין מערכותיה של ה-J-Net. בעניין זה הפנו העותרות אל ההוראות הנוגעות אל המערכות הבאות: מערכת בקרת התפעול; המערכת המחברת בין מרכז בקרת התפעול של הקו הכחול ובין מרכז בקרת התפעול של ה-J-Net; מערכת העדפת תנועה בצמתים; מערכת ניהול ממשקי צמתים מרומזרים; מערכת סימנור – רמזורי הרכבת; מערכת תקשורת הנתונים העורפית; מערכת טלפון וקריאת חירום; מערכת בקרת כניסה וזיהוי פריצות; מערכת חשמל עילית; מערכת איתור; צי קרונות; מסילת הרכבת).