עוד נטען כאמור ובהרחבה, בעניין התחולה הלא שוויונית שתהיה בהפעלת מיזם הקו הכחול ובעיקר לנוכח העמימות הנובעת מכך שעדיין לא הוחלט מה תהיה האפשרות שלפיה ייבחר מפעיל קווי הרכבת בירושלים בעתיד (תרחיש הבסיס, אופציה מספר 1 או אופציה מספר 2, שפורטו לעיל). בדומה נטען כאמור, לעניין אופן עריכת מבחני ההרצה של רכבות הקו הכחול, אשר על-פי תנאי המכרז כרוכים בתיאומים עם מפעילי ה-J-Net.
68. העותרות חלקו על עמדת ועדת המכרזים בהחלטתה, כי כל היתרונות שמנו העותרות הם בגדר "יתרונות חיצוניים" למכרז. לטענתן, מדובר ב"יתרונות פנימיים". לתמיכה בטענותיהן הפנו העותרות אל מספר פסקי דין, אשר יידונו בהמשך הדברים ואשר על-פי טענת העותרות תומכים בטענותיהן כי זכיין פעיל המתמודד במכרז, נהנה מיתרונות לעומת מי שאינו פעיל בשטח. כך בעוד שעל-פי טענותיהן, מדובר ביתרונות שערכם הכספי עצום.
הנתבעות הוסיפו וטענו, כי מכל המנגנונים שנקבעו במסמכי המכרז עולה כי ועדת המכרזים מכירה בכך ששפיר אמנם נהנית מיתרונות בלתי הוגנים, אך היא סבורה כי ישנם מנגנונים המנטרלים זאת. כך בעוד שלפי טענותיהן של העותרות, מדובר במנגנונים אשר כלל אינם מנטרלים את אותם יתרונות נטענים. כך לטענת העותרות בכל הנוגע ליתרון אשר לטענתן, נובע מדרישת ההתאמה אל המערכות של שפיר ואל התשתיות שלה וכך אף בכל הנוגע ל"חדר המידע", אשר הוזכר לעיל כאמצעי אשר אמור לכלול את כל המידע הנוגע למערכות של ה-J-Net, כדי לאפשר לכל המציעים להתאים את מערכותיהם המוצעות למערכות ה-J-Net. כך גם לגבי היתרון שממנו לטענת העותרות שפיר נהנית בשלב ההפעלה וכך לטענתן, לגבי יתרונותיה הנטענים של שפיר בשלב מבחני ההרצה.
טענותיה של ועדת המכרזים – המשיבה 1
69. תמצית טענתה של ועדת המכרזים (אשר מטעמי נוחות תכונה להלן גם – המדינה), היא כי העתירה נשענת על הנחות שגויות, הן בהבנת תנאי המכרז הן בשאלה המשפטית שעניינה שוויון או שונות בתנאי הפתיחה של המתמודדים במכרז.
עמדת המדינה היא כי הקו הכחול אינו "המשך" או "הרחבה" של הקו האדום או של הקו הירוק, אלא מדובר במיזם העומד בפני עצמו, גם אם יש לו ממשקים כלשהם למיזם ה-J-Net. כמו כן, לשיטת המדינה, אפילו יונח כי לקבוצת שפיר (שפיר ו-CAF) ישנם יתרונות כלשהם לעומת אלו של העותרות, הרי שאין מדובר ביתרונות אשר נובעים מתנאי המכרז, כי אם ממאפייניהן של חברות אלו, שהן בגדר "נסיבות חיצוניות". לא זו בלבד, אלא לטענת המדינה, קבוצת שפיר אף אינה המתמודדת היחידה במכרז אשר נהנית מיתרונות חיצוניים.