בעניין טענתן החלופית של העותרות, כי יש לנטרל את היתרונות הנטענים של קבוצת שפיר, טענה המדינה כי על ועדת המכרזים לא מוטלת חובה לנטרל יתרונות חיצוניים של מתמודד במכרז וכי היא אינה רשאית לעשות כן או להתערב בכך. המדינה הטעימה, כי דווקא אותם אמצעים שהעותרות טוענות כי יש לנקוט לשם נטרול היתרונות הנטענים של קבוצת שפיר, הם אשר יביאו לפגיעה בעקרון השוויון ובתחרות, שהם מאבני היסוד של דיני המכרזים.
70. המדינה חזרה על נימוקי ועדת המכרזים אשר דחתה את טענותיהן של העותרות בעניין היתרונות הנטענים שמהם לטענתן, נהנית קבוצת שפיר. במסגרת טענותיה אלו נדרשה המדינה אל מהותו של מיזם הקו הכחול ואל כלל טענותיהן של העותרות בעניין תנאי המכרז, שמהם הן מבקשות להסיק כי מיזם הקו הכחול הוא המשך או הרחבה של ה-J-net. המדינה עמדה על פירוט תנאי המכרז ובהתאם לכך ביקשה להצביע על כך שמסקנתן האמורה של העותרות שגויה וכי כאמור, מדובר בשני מיזמים נפרדים, אפילו יש ביניהם נקודות השקה. כך פירטה המדינה על שום מה מדובר במיזמים נפרדים בכל המישורים ועל שום מה, לטענתה, אין לומר כי קבוצת שפיר נהנית מהיתרונות הנטענים.
71. בעניין טענתן המשפטית של העותרות טענה המדינה, כי העותרות מפרשות באופן שגוי את המונחים "יתרונות חיצוניים" ו"יתרונות פנימיים" במכרז ולטענתה, העותרות עושות כן תוך הסתמכות על אמרות אגב בפסיקה, אשר לא קבעה כפי שלטענתן נקבע. המדינה טוענת אפוא, כי עמדת הפסיקה היא כי אין לפסול מתחרה במכרז בשל יתרונות תחרותיים ייחודים, כי המזמין אינו נדרש להעמיד את כל המתחרים ב"נקודת פתיחה" שווה וכי אילו היה עושה כן, היה פוגע בכללי השוויון ובעקרונות היסוד של דיני המכרזים.
המדינה הדגישה כי על-פי הפסיקה (שאליה הפנתה ואשר תידון בהמשך הדברים), מכרז אינו אמור להשוות בין מתחרים אשר מלכתחילה יש ביניהם הבדלים ולפיכך אין ביניהם שוויון "חיצוני". השוויון שעליו יש להקפיד במכרז הוא "שוויון פנימי", אשר משמעותו היא כי תנאי המכרז יחולו באופן שווה על כלל המציעים. מסיבה זו הוסיפה וטענה, כי אין מקום למניפולציות או לנקיטת אמצעים מלאכותיים אשר נועדו "לתקן" את תנאי המכרז כדי להביא לשוויון "חיצוני". כך מאחר שדווקא אמצעים אלו, שבאמצעותם הציעו העותרות לנטרל את אי השוויון הנטען, הם אשר בהכרח יגרמו לפגיעה בשוויון הפנימי של המכרז.
72. לבסוף טענה המדינה, כי על-פי ההלכה הפסוקה התערבות בית המשפט בהחלטותיה של ועדת המכרזים מצומצמת וכי הכלל הוא כי בית המשפט אינו מחליף את שיקול דעתן של ועדות המכרזים בשיקול דעתו. התערבות בית המשפט תיעשה רק במקרים חריגים שבהם נמצא כי ועדת המכרזים סטתה סטייה מהותית מכללי היסוד של דיני המכרזים, או שהתקיימה אחת מעילות הביקורת השיפוטית המצדיקה לפסול החלטה מנהלית. בנסיבות הנדונות, טענה המדינה, כי החלטת ועדת המכרזים ניתנה בסמכות, הונחתה משיקולים ענייניים ואף הושתתה על מסד נתונים ראוי. לפיכך טענה המדינה, כי החלטתה של ועדת המכרזים באה בגדרו של מתחם הסבירות ולכן אין מקום להתערב בה. בהתאם לכך עתרה המדינה לדחות את העתירה.