75. לגופה של העתירה טענה שפיר כי כאמור, כל טענותיהן של העותרות עוסקות בנושאים חיצוניים למכרז, אשר אינם פוגעים בשוויון בין המתחרים במכרז ולכן אין הם מצדיקים פסילת מתחרה במכרז. כל היתרונות שעליהם הצביעו העותרות (יתרון ההתאמה, יתרון ההפעלה ויתרון ההרצה), נובעים ומתמצים בסוגיות החיצוניות למכרז ובכלל זה, המצב התכנוני בשטח שעל-פיו נקבע סדר הקמת קווי הרכבת הקלה בירושלים והמבנה שלהם וכי אין מדובר בתנאי סף, במשקולות או בכל מרכיב "מכרזי" אחר העשוי להעניק לשפיר יתרון כלשהו על פני מציעים אחרים ובהם גם העותרות.
עוד טענה שפיר, כי היא אינה המציע היחיד הנהנה מיתרונות חיצוניים וכי אף אגד נהנית מיתרונות שונים. בהקשר זה טענה שפיר, כי בכל הנוגע לרכישת הקרונות, העותרות נהנות מיתרון לעומת מציעים אחרים, מאחר שאחת היצרניות הגדולות של הקרונות חָבְרָה אל העותרות במכרז הנדון.
שפיר הוסיפה והדגישה כי אין מחלוקת על כך שוועדת המכרזים פעלה ביושר, בשוויון כלפי המציעים, ללא שיקולים זרים ולא מתוך שרירות וכי החלטתה היא החלטה סבירה אשר ניתנה בעניין מקצועי טהור, המסור לשיקול דעתה. זאת בייחוד לנוכח אופיו של המכרז, כמכרז תשתיות מורכב בהיקף כספי עצום. בנסיבות אלו טענה שפיר, כי אין מקום להתערבות בית המשפט בהחלטה המצויה ב"גרעין הקשה" של שיקול הדעת המקצועי של ועדת המכרזים.
76. בעניין "יתרון ההתאמה" הנטען, טענה שפיר, כי אין מקום לטענותיהן של העותרות, לנוכח העובדה שהקו הכחול הוא מיזם נפרד ועצמאי וכי אינו מיזם "המשך" או "הרחבה" של ה-J-Net וזאת גם אם ישנם ממשקים בין שני המיזמים. כל זאת כפי שאף קבעה ועדת המכרזים בהחלטתה. שפיר פירטה בהרחבה על שום מה לטענתה, אין בסיס לכל טענותיהן של העותרות שעניינן ב"יתרון ההתאמה" ולטענתה, אף אין כל מקום לטענות שלפיהן שפיר תוכל "לשכפל" את מיזם ה-J-Net וזאת מאחר שהקו הכחול שונה ונפרד וכי טענותיהן של העותרות בעניין זה אינן אלא בגדר הנחות תיאורטיות. עוד נטען, כי בכל מקרה, הממשקים בין המיזמים אינם עניין חריג, הם קיימים במיזמים דומים, הם מוסדרים בתנאי המכרז ואף נקבעו סעדים למציעים שאינם שפיר, למקרה של הפרעות או עיכובים אשר ינבעו מפעילות ה-J-Net. מכל מקום, אין כל הצדקה להצעת העותרות "לנטרל" את אותם יתרונות נטענים בדרך של קביעת מקדם בסך כמיליארד שקלים, מאחר שאינו מבוסס עובדתית, משפטית או מקצועית ובכל מקרה, יפגע בשוויון בין המתחרים במכרז.