18. על-פי סעיף 5 בחוק הריכוזיות, מאסדר אשר מקצה זכות בתשתית חיונית לגורם ריכוזי, חייב לשקול שיקולי ריכוזיות כלל-משקית ולשם כך עליו להתייעץ עם הוועדה לצמצום הריכוזיות.
אין מחלוקת בעניין תחולתו של סעיף 5 בחוק בענייננו. ועדת המכרזים היא "מאסדר", אשר מקצה זכות בתשתית חיונית מכוח מכרז (הגדרות "מאסדר", "הקצאה", "זכות", "חוזה", "רישיון", "נושא תשתית חיונית" ו"תחום תשתית חיונית" בסעיף 2 בחוק, שהוא סעיף ההגדרות של פרק ב' בחוק; הגדרות "גורם ריכוזי" ו"הקצאת זכות" לגורם ריכוזי בסעיף 3 בחוק). "נושא התשתית החיונית" הנדון (סעיף 2 בחוק), הוא "מסילות ברזל מקומיות" (פרט 17 בתוספת של החוק). "תחום התשתית החיונית" (תחום הפעילות שבו נעשה שימוש בתשתית החיונית), שלגביו נדרש זיכיון להפעלת מסילת ברזל מקומית, הוא לפי סעיף 46א בפקודת מסילות הברזל (נוסח חדש), התשל"ב-1972 (להלן – פקודת מסילות הברזל) (פרט 17.1 בתוספת של החוק).
אף אין מחלוקת על כך ששפיר היא גורם ריכוזי על-פי ההגדרות בחוק, ולכן על נסיבות הקצאת הזכות הנדונה לשפיר ואף על השתתפותה בהליך ההקצאה של הזכות (הליכי המכרז הנדון), חלה הוראת סעיף 5, כפי שיוסבר להלן.
19. שפיר היא "גורם ריכוזי", המנוי ברשימת הגורמים הריכוזיים המתפרסמת מכוח סעיף 4 בחוק, מכוח שתי חלופות (ראו לעניין זה ביתר הרחבה, בפסקה 8 בחוות דעתה הראשונה של ועדת הריכוזיות):
האחת, מכוח סעיף 4(א)(3) בחוק, מכיוון שקבוצת המחזיקים (כהגדרתה בסעיף 4(ו)), שאליה שפיר משתייכת, היא בעלת זכויות בלפחות ארבעה תחומי תשתיות חיוניות (כהגדרתן בסעיף 2), באמצעות לפחות עשרה רישיונות או חוזים (כהגדרתם בסעיף 2).
השנייה, מכוח סעיף 4(א)(2) בחוק, בשל החזקה של למעלה ממחצית הפעילות בתחום התשתית החיונית שלגביו נדרש זיכיון להפעלת מסילת ברזל מקומית (פרט 17.1 בתוספת של החוק), בהיות שפיר הזכיינית של מיזם ה-J-Net (מפעילת הקו האדום בירושלים, המקימה של הקו הירוק ושל הארכת הקו האדום והיא תתחזק ותפעיל את שני הקווים).
אף CAF, השותפה של שפיר במיזם ה-J-Net, שאף מתמודדת עמה באותה קבוצת מציעים (קבוצת שפיר) במכרז הנדון, היא גורם ריכוזי על-פי ההגדרה בסעיף 4(א)(2) בחוק, בהיותה מחזיקה מעל מחצית מתחום זה של תשתית חיונית (מסילות ברזל מקומיות). אולם כמוסבר בחוות דעתה הראשונה של ועדת הריכוזיות, מאחר ש-CAF היא גורם ריכוזי רק מהטעם האמור, הקצאת זכויות אליה אינה נחשבת "להקצאת זכות". מסיבה זו ועל-פי החלופה של הגדרת "הקצאת זכות" בסעיף 3(2) בחוק, ועדת המכרזים (המאסדר) אינה נדרשת לשקול שיקולי ריכוזיות כלל-משקית בעניין השתתפותה של CAF במכרז הנדון.