המציעים נדרשו להגיש את הצעותיהם בשתי מעטפות נפרדות, אחת הכוללת את כל מסמכי ההצעה למעט ההצעה הכספית, ושנייה הכוללת את ההצעה הכספית (סעיף 25 להוראות המכרז). נקבע כי במסגרת בדיקת ההצעות תיפתח תחילה המעטפה הראשונה ויתבצע ניקוד של ההצעה מבחינת האיכות, וכי לאחר מכן תיפתח מעטפת ההצעה הכספית. בהמשך לפתיחת ההצעה הכספית יינתן ניקוד להצעה הכספית, אשר לאחר מכן ישוקלל עם ניקוד האיכות, וכך ייקבע הציון הסופי המשוקלל של כל הצעה. בסעיף 28.2 להוראות המכרז נקבע כי משקלה של ההצעה הכספית בציון הכולל יהיה 52 מתוך 100 נקודות, וכי לאיכות ההצעה יינתן משקל של 48 נקודות לפי החלוקה הבאה – 18 נקודות בגין ניסיון העבר של המציע, 16 נקודות בגין ההצעה התפעולית שלו, 9 נקודות בגין התכנית העסקית, ו-5 נקודות בגין פרמטר שעניינו "שיעור בקרת גבייה".
במסגרת המכרז הוגשו הצעותיהן של העותרת ושל המשיבות 7-2. עם פתיחת המעטפות הראשונות התברר כי בתכנית העסקית שלה נקבה העותרת במסגרת הסעיף שעניינו "הוצאות אחרות ודמי ניהול" בסכום גבוה מאוד של 144.5 מיליון ₪ לאורך 10 שנים, מבלי שניתן לכך הסבר כלשהו. כיוון שכך, ובהתאם לכללי המכרז, הופחתה בגין הסכום המופרז חצי נקודה מהציון שקבלה העותרת בגין ההצעה העסקית. אחר הדברים האלה נפתחה המעטפה הכספית של העותרת, והסתבר כי העותרת הציעה לשלם למשרד התחבורה תמלוגים בסכום של 144 מיליון ₪. משנחשף נתון זה התבררו העובדות הבאות. ראשית, התברר כי בניגוד גמור להוראת סעיף 1.7 לנספח ט"ז סכום הבצ"מ בו נקבה העותרת בתכנית העסקית נמוך בהרבה מסכום התמלוגים בו היא נקבה בהצעה הכספית. ושנית, התברר כי בניגוד להנחיות שבסעיף 1.7 האמור את סכום התמלוגים כללה העותרת בתכניתה העסקית תחת הרכיב של "הוצאות אחרות ודמי ניהול", ולא תחת הרכיב של "בצ"מ ורווח נדרש". במצב דברים זה החליטה וועדת המכרזים כי: "עולה חשש לפגם מהותי שיש בו לשקף פגיעה בשוויון בין המציעים ובתקינות ההליך התחרותי.... נוכח חשש זה יש לקיים לחברה שימוע בכתב קודם החלטה על פסילתה של ההצעה..." (נספח 13 לעתירה). בעקבות ההחלטה מסרה העותרת את תגובתה בכתב, וביום 12.6.23 החליטה וועדת המכרזים לפסול את הצעת העותרת ולהכריז על המשיבה 2 כזוכה במכרז. בהחלטתה קבעה וועדת המכרזים כי השאלה הניצבת לפניה היא שאלה משפטית – האם הפגם בהצעת העותרת הוא פגם מהותי או טכני? הוועדה קבעה כי מדובר בפגם מהותי העלול להשפיע על השוויון ועל התחרות במכרז, זאת כיוון שרישום התמלוגים תחת סעיף "הוצאות אחרות" ולא תחת סעיף "בצ"מ" משפיע על חישוב ציוני יתר המשתתפים במכרז. כאן המקום להסביר כי על פי תנאי המכרז במסגרת בדיקת ההצעות ומתן הציון לכל הצעה, נבדקת "עלות ההפעלה לק"מ" בכל אחת מההצעות. עלות זו נקבעת על ידי חלוקת סך הוצאות ההפעלה של המציע כמפורט בתוכנית העסקית שלו, ללא רכיבי הבצ"מ והרווח, בסך הקילומטרים שנקבע במכרז. את התוצאה המתקבלת משווה ועדת המכרזים אל מול ממוצע עלות ההפעלה לק"מ של יתר ההצעות במכרז, וככל שעלות ההפעלה לק"מ שהציע המציע סוטה מהממוצע יש לדבר השפעה שלילית על הציון שיקבל אותו מציע בגין הצעתו. יוצא אפוא, שרישום התמלוגים לא תחת סעיף הבצ"מ משפיע על חישוב ממוצע עלות ההפעלה לק"מ שביחס אליו נקבעים ציוני יתר המציעים במכרז. הוועדה גם ציינה בהחלטתה, כי היא נותנת משקל לעובדה שהפגם בהצעת העותרת נפל דווקא בהצעתה הכספית, לה ניתן משקל רב (52%) במסגרת בחינת ההצעות במכרז. הוועדה הוסיפה וקבעה, כי כיוון שמדובר בפגם מהותי הרי שאין חשיבות לשאלה האם מדובר בפגם שנפל בהצעת העותרת בשל חוסר תום לב או שמדובר בפגם שנפל בתום לב. לנוכח העובדה שהפגם הוא פגם מהותי, ולנוכח מרכזיות משקלה של ההצעה הכספית במכרז, החליטה הוועדה שאין מקום לאפשר את תיקון הפגם.