המבקשת טענה, מנגד, כי ככל שתועלה טענה כי מדובר בפגם או במחדל חקירה הרי שמקומה בהליך העיקרי, וכי ממילא מדובר במשיבים אשר שתקו באופן גורף לאורך חקירותיהם.
מצב דברים זה מעלה שאלה בדבר עצם סמכותה של המבקשת לייחס אישום למי שבשלב החקירה לא הוזהר בקשר לחשדות שהיו ביסוד האישום ואלה לא הוטחו בפניו.
בעניין זה, נקבע כי זכות השימוע המוקנית לחשוד היא זכות יסוד וכנגדה עומדת חובתה של המדינה לנהל חקירה סבירה וממצה ולקבל במסגרתה את גרסת החשוד באופן שיאפשר את בדיקתה ואולי אף להביא להסרת החשד נגדו. עם זאת, הימנעות המדינה מלחקור חשוד בקשר לחשד נגדו, אינה שוללת את סמכותה להגיש נגדו כתב אישום.
בהקשר זה אפנה לספרו של כב' השופט י' קדמי, על סדר הדין בפלילים, חלק שני, הליכים שלאחר כתב אישום א', הדין בראי הפסיקה, עמ' 913, ולדברים שצוטטו שם מפסק דין בת"פ (י-ם) 417/97 מדינת ישראל נ' הפניקס הישראלי חברה לביטוח בע"מ [פורסם בנבו] (7.11.1999): "אין אסמכתא לכך ש'חקירה כדין' (לרבות על ידי חוקרים מוסמכים) היא תנאי בל יעבור להגשת כתב אישום".
טענות למחדלי חקירה, לרבות משום אי הטחת עובדות כתב האישום בחקירה, עשויות להקנות בידי נאשם טענה לביטול האישום משום הגנה מן הצדק, לפיה המחדל החקירתי פגע ביכולתו להתגונן או באפשרותו להעלות ספק סביר בדבר אשמתו, באופן המצדיק את ביטול האישום. אלא שמקומה של טענה להגנה מן הצדק לבירור בהליך העיקרי, שהוא האכסניה המתאימה לבירור טיבה של טענה זו, ובתוך כך טיבן של אותן ראיות חסרות והפוטנציאל המזכה שיכול היה להיות גלום בהן, לצורך הקביעה האם הוכחה האשמה מעבר לספק סביר או שמא יכולתו של הנאשם להתגונן נפגעה באופן המותיר ספק סביר באשר לאשמתו. ברי כי האפשרות לבחון השלכתו של מחדל חקירתי על הגנתו של הנאשם, בשלב דיוני זה, מוגבלת, וממילא לא קיימת תשתית לצורך בחינתה כאמור.
בהקשר זה יפים דברי בית המשפט העליון בע"פ 9908/04 נסראלדין נ' מדינת ישראל [פורסם בנבו] (31.7.2006):
"המציאות מוכיחה, כי כמעט בכל תיק ניתן להצביע על מחדלי חקירה כאלה ואחרים. משמעותם, משקלם והפער שהם יוצרים (אם הם יוצרים) במארג הראיות – הוא עניין לערכאה הדיונית הבוחנת את המכלול. בתוך נוסחה זו משתלב גם הכלל הראייתי שעניינו הימנעות מהבאת עד. גם באשר אליו השאלה היא עד כמה "האין" מכרסם במשקל ה"יש". במקרה הנוכחי אין מדובר אפילו באי הבאת עד במשמעותה המקובלת. מדובר במחדל חקירתי שגרם לכך שראיה מתבקשת – לא באה לאויר העולם, בהבדל מראיה קיימת, שצד נמנע מהבאתה".