ביני לביני הוגשו כתבי אישום נגד הנוכלים בגין מעורבותם במעשי המרמה, ואלה הורשעו בתום ההליך (ראו הכרעת דינו המקיפה של בית המשפט המחוזי בירושלים (כב' השופט מ' גל) בתיק פלילי 1071/01 מדינת ישראל נ' רבינוביץ [נבו] (5.11.2007); וכן פסק דינו של בית משפט זה בערעורים שהגישו הצדדים - ערעור פלילי 4364/08 מדינת ישראל נ' רבינוביץ [נבו] (22.4.2010)). מלבד הנוכלים שנטלו חלק ישיר במעשה המרמה, נפתח הליך פלילי גם נגד הנוטריון שאימת כביכול את חתימת הפטריארך על מסמכי העסקה מבלי שהאחרון חתם לפניו על המסמכים (גזר הדין בתיק פלילי (שלום י-ם) 1318/02 מדינת ישראל נ' פרי [נבו] (1.10.2002)).
- במקביל לתביעת הפטריארכיה לסעד הצהרתי, וכשש שנים טרם שנקבע כי עסקת המקרקעין מחוסרת כל תוקף, נערך משא ומתן בין הפטריארכיה והימנותא במטרה לפתור את הסכסוך מחוץ לכותלי בית המשפט, שבסיומו הגיעו הצדדים להסכמות אשר הועלו על הכתב בפרטיכל של הישיבה שנערכה ביום 12.3.2007 (להלן: הפרטיכל). הישיבה, שהיתה למעשה טקס חגיגי, נערכה בנוכחותו של הפטריארך החדש ופמלייתו לרבות עורכי דינה של הפטריארכיה, נציגי קק"ל והימנותא, עו"ד וינרוט ששימש כמתווך בין הצדדים בהליך, וכן שני שופטים בדימוס - אביגדור משאלי ז"ל ודן ארבל שהוזמנו לישיבה על מנת לשמש כעדים להסכמות שאליהן הגיעו הצדדים (להלן: הטקס). מפאת חשיבות נוסחו של הפרטיכל לענייננו, נביאו להלן בנוסחו המלא (ההדגשה בסוף במקור):
"1. לאחר מו"מ שהתקיים בחודשים האחרונים בין הפטריארך הנבחר, הוד מעלתו תיאופולוס השלישי ועוה"ד של הפטריארכיה ובין נציגי קרן הקיימת לישראל, הוסכם בין הצדדים לעשות כל מאמץ על מנת להסדיר בדרכי פשרה ושלום את המחלוקות שבין הפטריארכיה לקרן הקיימת לישראל בקשר ל'פרשת הקרקעות' מושא ת.א. 2307/00 בבית המשפט המחוזי בירושלים [נבו] (להלן: 'התיק האזרחי').
- הצדדים מתחייבים להסדיר את המחלוקות כאמור על פי הקבוע בנוסח הסכם הפשרה 'טיוטא א'' המצורפת כנספח א' לפרטיכל זה, שנוסחה סוכם ואושר באופן סופי ע"י הצדדים ועורכי דינם.
- מייד עם קבלת כתב ההכרה (high berat) מטעם ממשלת ישראל לבחירתו של הפטריארך הנבחר תיאופולוס השלישי כפטריארך הכנסיה היוונית אורתודוכסית בישראל (להלן: 'אישור הממשלה'), תודיע על כך הפטריארכיה לקרן הקיימת לישראל. הפטריארך הנבחר, תיאופולוס השלישי, יהיה אחראי לקבל את אישור הסינוד הקדוש להסכם הפשרה (טיוטא א'), הסכם הפשרה (טיוטא א') יובא לאישור המוסדות המוסמכים בקרן הקיימת לישראל ובכפוף לאישור זה יחתם הסכם הפשרה (טיוטא א') באופן מלא ע"י הצדדים, בתוך 7 ימים מאישור הממשלה.
- לפטריארכיה שמורה הזכות להסדיר את המחלוקות עם קרן הקיימת לישראל על פי המפורט בנוסח ההסכם 'טיוטא ב'' המצורף אף הוא לפרטיכל זה כנספח ב' שנוסחו אף הוא סוכם ואושר באופן סופי ע"י הצדדים ועורכי דינם, וזאת אם תודיע בכתב לקרן הקיימת לישראל על בחירתה בחלופה זו לא יאוחר מאשר יום 15.8.2007 או בתוך 3 ימים מקבלת אישור הממשלה, לפי המוקדם ביותר. בחרה הפטריארכיה בחלופה זו, יחולו הוראות סעיף 3 לעיל בהתאמה ביחס לטיוטא ב', במקום ביחס לטיוטא א'.
- ככל שחסר נספח כלשהו לאיזו מן הטיוטות א' או ב', יוכן הנספח ע"י באי כוח קרן הקיימת לישראל עד למועד החתימה המלאה כאמור בסעיף 3 לעיל. האמור יחולו גם על פרטים שיש להשלים בכל אחת מן הטיוטות הנ"ל; ככל שיש כאלו.
- למען הסר ספק:
6.1. האמור בטיוטות א' ו/או ב' לא יחייב את קרן הקיימת לישראל או את הפטריארכיה, אלא עם החתימה המלאה על איזה מהמסמכים הנ"ל כאמור בסעיף 3 או 4 לעיל (לפי העניין); וכל זכויות הצדדים זה כלפי זה וכן כלפי כל צד אחר שמורות במלואן.