[במאמר מוסגר: בין הנוסח המקורי של הסכם הפשרה לנוסח האחרון שלו ישנם עוד מספר הבדלים. חלק מהשינויים הם עדכונים שקשורים להתפתחויות שאירעו בהליך הפלילי. כמו כן, עודכן מועד ביצוע התשלום בסך 13 מיליון דולר על ידי הפטריארכיה. נקבע כי תשלום זה יבוצע 45 יום ממועד החתימה על הסכם הפשרה, וזאת חלף 7 ימים ממועד מתן כתב ההכרה כפי שנקבע בנוסח המקורי, מועד שהפך בלתי רלוונטי שכן כתב ההכרה כבר ניתן ביום 24.12.2007. שינוי נוסף קבע שהסכם הפשרה יבוא במקום כל סיכום קודם שנעשה בין הצדדים קודם למועד חתימתו של הסכם הפשרה. הבדלים אלו ואחרים לא נזכרו בפסק דינו של בית משפט קמא והצדדים לא טענו לגביהם בערעור שלפנינו, ולא הזכרנום אלא למען שלמות התמונה].
- הפטריארכיה טוענת בסיכומיה בערעור כי בתקופה שלאחר ישיבת הקראת הפרטיכל, בעקבות משא ומתן שהתקיים בין הצדדים בשנת 2008, "נערכו בטיוטת ההסכם שינויים מהותיים", ומפנה לעניין זה לפסק דינו של בית משפט קמא (בפסקה 141). בנוסף לכך, הפטריארכיה מבהירה כי אמנם ניהלה משא ומתן במקביל למכירת הזכויות במקרקעין לצד שלישי (קבוצת סופר), אולם לדבריה משא ומתן זה לא צלח, ולטענתה גם המשא ומתן שנוהל מול הימנותא בתקופה שלאחר הקראת הפרטיכל לא הבשיל לחתימה על הסכם הפשרה.
- ראשית יש לומר כי בשונה מאופן הצגת הדברים על ידי הפטריארכיה, בית משפט קמא לא קבע כי נערכו "שינויים מהותיים" בהסכם הפשרה. נהפוך הוא. בית משפט קמא קבע כי במועד הקראת הפרטיכל "הסכם הפשרה נוסח באופן סופי ומוסכם על כל נספחיו", תוך שהוא מוסיף, "במאמר מוסגר", כי "אכן הוכנסו תיקונים נוספים בהמשך הזמן, אולם, טמון היגיון מסוים בהכנסת שינויים קלים ומותאמים בחלוף זמן משמעותי ואין זה חזון נפרץ [כך במקור - י"ע] במשא-ומתן מתמשך, בייחוד נוכח מהותו ותכליתו להסדיר מערכית יחסים עסקית, כשמעורבים שיקולים ואינטרסים פוליטיים שונים" (פסקה 141 לפסק דינו, ההדגשה הוספה - י"ע). הנה כי כן, לא "שינויים מהותיים" נערכו בנוסחו של הסכם הפשרה, אלא "שינויים קלים ומותאמים" לנוכח חלוף הזמן.
- הפטריארכיה סבורה שבית משפט קמא שגה כשקבע כי פרישתה מהמשא ומתן מול קק"ל נעשתה בחוסר תום לב, לאחר שבית המשפט שוכנע כי מימון התשלום על ידי צד שלישי לא הועמד כתנאי להתקשרות בהסכם הפשרה. וזוהי טענתה כלשונה (ההדגשות להלן כולן במקור):
"מדובר בטעות, המערבבת בין הסכם שנחתם לבין טיוטת הסכם שלא נחתמה. אילו היה נחתם הסכם ולאחר החתימה הפטריארכיה הייתה טוענת כי קבלת מימון מצד ג' מהווה תנאי לתשלום, היה מקום לבדוק האם מדובר בתנאי בהסכם לחיוב. אולם בענייננו אין חולק שלא נחתם הסכם. ממילא, אף אילו בטיוטת ההסכם כלל לא היה סעיף המתייחס למימון העסקה, רשאי צד לפרוש ממו"מ ולהימנע מחתימה בנימוק שהגורם המממן נסוג מהמימון, ובלבד שהדבר אינו 'סיפור שקרי' לגופו" (סעיף 10 לסיכומי הפטריארכיה בערעור).