החוק אכן תוקן סמוך לאחר מכן (חוק ההסגרה (תיקון מס' 6), ג' באייר תשנ"ט (19.4.1999)). ההגנה לאזרחים ישראלים צומצמה במידה ניכרת, במובן זה ששוב לא נאסר על הסגרתם לחו"ל, אלא נקבע כי מי שהיה אזרח ישראל ותושבה בעת שהוגשה בקשת ההסגרה, והורשע בחו"ל לאחר שהוסגר, יוחזר לישראל לריצוי עונשו. המהלך הושלם בשנת תשס"א (חוק ההסגרה (תיקון מס' 7), תשס"א-2001), אז תוקן החוק פעם נוספת ונקבע בנוסחו דהיום, ולפיו ההגנה ניתנת אך למי שענה על תנאי האזרחות והתושבות בעת עשייתה של העבירה.
- בנוסחו החדש ביטא החוק שינוי מהותי בתפיסה. ההתנערות מ"גישת האזרחות", שכפי שציינתי אינה הולמת עוד, עוגנה בחוק. תחת הכרה בעניינם של עבריינים ישראלים שלא לעמוד לדין בחו"ל, בבחינת הגנה ל"יהודי הנרדף עד צוואר" - לשון ח"כ בגין בדיון בתיקון תשל"ח (ד"כ, שם), מדגיש החוק המתוקן את מניעתו של "...השימוש הציני שאזרחים ישראלים מסוימים עושים במעמד המיוחד של האזרחות..." - דברי שר המשפטים צ' הנגבי בהציגו את תיקון תשנ"ט לפני הכנסת (ד"כ 173 (תשנ"ח) 7084). השינוי שיקף את התרחקותו של מוסד ההסגרה הישראלי מ"סייג האזרחות", שמקורו במשפט הקונטיננטלי (ראו דברי הנשיא ברק בעניין שינביין [44], בעמ' 641), לעבר הגישה הדומיננטית במדינות המשפט המקובל, שבה לזיקת האזרחות מעמד רופף בלבד, והוא משני ביחס לתכלית בדבר הצורך באכיפה אפקטיבית
(ראו גם את דברי ההסבר לתיקון תשנ"ט - הצעת חוק ההסגרה (תיקון מס' 6) (סייג להסגרת אזרח), תשנ"ח-1998).
נקודת האיזון שעליה מבסס הדין את הכרעתו בין הצורך לשתף פעולה בלחימה בפשיעה בין-לאומית ובין הגנה על עניינו של המועמד להסגרה, השתנתה. אין היא מתמקדת עוד בשלב ההעמדה לדין ואף לא בנקודת ההרשעה. באשר לאלה, ועל אף הקושי הכרוך בכך מבחינת הנאשם, מקנה הדין מעמד בכורה לשיתוף הפעולה הבין-מדינתי, קרי להסגרה. עניינו של הנאשם - אזרח ישראל ותושבה - בא לידי ביטוי אך בשלב שבו הסתיימו ההליכים המשפטיים, הוא שלב ריצוי העונש. להבחנה זו, בין הקלת העול של ריצוי העונש במדינה זרה לבין שאלת מקום הבירור של אשמתו, קרי הסגרה, קולעים דבריו של חבר הכנסת ב' אלון בדיון בקריאה השנייה והשלישית בתיקון תשנ"ט לחוק ההסגרה:
"כישראלים שמכבדים את האזרחים שלנו, גם לא-יהודים, וכיהודים שרגישים לנקודה של נוכחות בבית-כלא זר, אנחנו רגישים לנושא של ריצוי העונש. לעומת זאת, לעצם המשפט והבירור שלו, אנחנו לא יכולים להרשות לעצמנו להיות מדינת מקלט לחבורות פשע מאורגנות, גם אם הן חבורות ישראליות" (ד"כ 183 (תשנ"ט) 4214).