בנוסף נטען כי מנגנון המינוי נגוע בניגוד עניינים אישי מהותי, נוכח העובדה שראש הממשלה המעורב אישית במינוי עומד לדין פלילי ובעל קשר להליכים פליליים בפרשות ביטחוניות; ובהינתן היקף ההשפעה של הנציב על מינויים לתפקידים שיש להם נגיעה ישירה להליכים אלה. מדובר בניגוד עניינים מהותי ובלתי ניתן לגישור, שאינו ניתן לריפוי באמצעות בדיקת טוהר המידות בדיעבד, המחייב עיצוב מנגנון ממלכתי ותחרותי נטול כל מעורבות של ראש הממשלה.
ולבסוף נטען כי בהיעדר נוהל מינוי סדור וקבוע, הכולל גם הגדרה ברורה של מהות התפקיד ותחומי האחריות המרכזיים של הנציב, עלול המינוי להפוך לזירה של שיקולים פוליטיים ואישיים.
- משיבה 3 חזרה בעיקרו של דבר על נימוקי דעת הרוב בפסק הדין. היא ציינה כי הסמכות המוקנית לממשלה מכוח סעיף 6 לחוק אינה מאיינת ביקורת שיפוטית, וכי ניסיון המבקשים לקרוא לתוך הוראת הסעיף פטור גורף מהליך תחרותי הוא מוקשה. הסיבה לכך שהנציב הוחרג ממנגנון המכרז היא שלפי סעיף 19 לחוק העוסק בחובת המכרז, הנציב הוא זה שמכריז על המשרה בפומבי. פסק הדין מושא הדיון הנוסף גם אינו סותר את פסק הדין שניתן בבג"ץ 2699/11 [נבו]. זאת שכן אותו פסק דין עסק רק בשאלת החובה לקיים ועדת איתור במסגרת הליך מינוי הנציב; למינוי מושא בג"ץ 2699/11 [נבו] קדם הליך תחרותי; ומאז ניתן פסק הדין בבג"ץ 2699/11 חל שינוי נסיבות מהותי, בדמות שינויים נורמטיביים, החלטות ממשלה שהדגישו את עצמאות הנציב, ואינדיקציות רבות להעמקת הפוליטיזציה של השירות הציבורי.
כן טענה משיבה 3 כי המנגנון שנקבע בהחלטה 2344 אינו כולל ערובות מספקות לאיתור המועמד המתאים ביותר לתפקיד ולאי-חדירת שיקולים פוליטיים אל הליך המינוי, וכי מנגנון תחרותי הוא האפיק המתאים ביותר למינוי בעל תפקיד בכיר שנדרשת ממנו מידה רבה של עצמאות ואי-תלות מקצועית. עצם קיומו של הליך תחרותי אינו מעקר את סמכות הממשלה אלא אך מבטיח שהסמכות תופעל כדין, תוך כפיפות לכללי המשפט המינהלי. הליך תחרותי גם אינו שולל את האפשרות המעשית למנות נציב שיפעל גם לקידום מדיניות הממשלה. סמכות הממשלה לבחור מבין המועמדים הסופיים שיוצעו לה אינה מתאיינת, ובכך נותרת זיקה רעיונית משותפת כמו גם יכולת לעבוד במשותף. החלטה 2344 גם סוטה ללא כל נימוק מהחלטה 3793 בה נקבע כי הממשלה תידרש בעתיד לנוהל קבוע באשר לדרכי המינוי על יסוד הצעה שתגובש על ידי גורמי הייעוץ המשפטי לממשלה.