שיטת ההקמה שנבחרה, מסבירה המדינה בתשובתה, היא מדורגת. בית-המשפט החדש יחל לפעול באמצעות גרעין של שופטים, ועם הזמן תורחב בו מצבת כוח-האדם. מסיבה זו הוחלט, כי לפי שעה יוגבלו הענינים המובאים בפניו גם על-פי נושאיהם. ובלשון המדינה בתשובתה:
"בשלב ראשון יהיה מדובר גם בחלוקה נושאית ולא רק בחלוקה גיאוגרפית של אזורי השיפוט, וזאת בין היתר בהתחשב בעובדה שהוחלט כי בית המשפט המחוזי מרכז יוקם בצורה הדרגתית". [סעיף 19 לכתב התשובה. ההדגשה הוספה.]
ברם, באותה נשימה טוענת המדינה, כי הצווים שהוציא שר המשפטים תחת ידיו לא חוללו שינוי בסמכותן הענינית של הערכאות המחוזיות. כל שהורה השר, נטען, הוא הגבלה של הסמכות המקומית, בדרך של שינוי אזורי השיפוט. דבר בהנחיותיו אינו נוגע, וממילא אינו סותר, את החקיקה בה מוסדרת הסמכות הענינית. וכל כך למה? הקונסטרוקציה המשפטית שמבקשת המדינה להעמיד בנקודה זו היא של מבנה "רב שכבתי", ולחלופין, של "אזורי שיפוט נושאיים" – מונחים שנזכרו בטיעוניה על-פה, ובלשון בא-כוחה המלומד, עורך-הדין ע' הלמן: "נושא נושא ואזור שיפוטו". להשקפת המדינה, רעיון זה שואב מן המונח "אזור שיפוט" שבסעיף 33 לחוק בתי-המשפט, ומצוי על כן בסמכותו המובהקת של שר המשפטים.
- את הסמכות המסורה, לטענתה, לשר, תולה המדינה עוד בהוראותיו של חוק יסוד: השפיטה. חוק-היסוד קובע, בסעיפים 16 ו-24(1) לו, כי סמכויותיהם של בתי-המשפט ייקבעו לפי חוק להבדיל מן הדיבור בחוק, לאמור – ניתן לקובען גם בחקיקת משנה. לחלופין נטען, כי הוראות כלליות בחוק בתי-המשפט, והכוונה היא לסעיפים 82(א), 108(א) ו-109 לחוק, מסמיכות את שר המשפטים לקבוע "את סדרי המינהל של בתי המשפט", "את סדרי הדין והנוהג לפני בתי משפט" ואת כל הדרוש לביצועו של החוק. כך ממש עשה השר בצווים שהתקין. לחלופי-חלופין, מבקשת המדינה להסתמך על הוראתו של סעיף 17(ב) לחוק הפרשנות, התשמ"א-1985, הקובע כי הסמכתו של בעל תפקיד לביצועה של פעולה, פירושה מסירתן בידו גם של סמכויות העזר הדרושות לדבר. בידי השר מופקדות, אפוא, כל סמכויות העזר הדרושות לביצוע תפקידיו שלפי סעיף 33 לחוק בתי-המשפט.
- באשר לתיקים שהועברו, טוענת המדינה, כי הסמכות שבסעיף 78 לחוק מוגבלת לתיקים פרטניים בלבד, על נסיבותיהם הקונקרטיות. אין היא עוסקת בהעברת מקבץ גדול של תיקים, כחלק משינוי מערכתי רחב היקף. המדינה אינה רואה פסול בכך ששר המשפטים הוא שהורה על העברה זו, בפרט לאחר שהותיר בידיו של מנהל בתי-המשפט, שהוא גורם שיפוטי מקצועי, את ההחלטה אילו תיקים יועברו. אפשרות אחרת, ולפיה יונחו מאות התיקים לפתחם של נשיאת בית-המשפט העליון ושל המשנה לנשיאה, למען יכריעו פרטנית בשאלת העברתם היא, לטענת המדינה, בלתי-סבירה.