בבג"ץ 1563/96 עו"ד מרדכי כץ נ' היועץ המשפטי לממשלה, פ"ד נה(1) 529
(1997), הוסיף בית המשפט וקבע בעמוד 544 כדלהלן:
"לנוכח דברים ברורים אלה, שוב אין מקום לויכוח בדבר עצם קליטתה של הדוקטרינה של 'הגנה מן הצדק' במשפט הפלילי הישראלי, מכוחה של ההלכה הפסוקה; ושוב אין מקום למחלוקת, כי בנסיבות חריגות, בהן מגעת התנהגות הרשות כדי 'התנהגות-בלתי-נסבלת' במשמעות האמורה, רשאי בית המשפט, מכוח סמכותו הטבועה, לבטל את כתב האישום.
'הגנה-מן-הצדק' הצומחת מהתנהגות 'בלתי נסבלת' של הרשות, מבטאת את נקיעת הנפש הציבורית מפני הנקיטה באותו קו של התנהגות; כאשר נקיעת הנפש משקפת לא רק סלידה מאותה התנהגות, אלא גם חשש מפני הפיכתה לנורמה. ההגנה מכוונת, לא רק להוקיע את ההתנהגות הפסולה של הרשות ולחנך ולרסן את העושים במלאכת אכיפת החוק, שלא לפגוע בזכויות היסוד של הפרט לחקירה ולמשפט הוגנים; אלא גם להתריע מפני הסכנות הכרוכות באותו קו התנהגות לזכויות היסוד של הפרט במקרים אחרים, ולהשמיע באזני הרשות התראה חמורה מפני חזרה על אותה התנהגות בעתיד."
בע"פ 4855/02, לעיל, עמד בית המשפט בהרחבה על עקרונות דוקטרינת 'ההגנה מן הצדק', בסקרו ההלכה הפסוקה בסוגיות שהתעוררו לאורה במרוצת השנים. בסכמו קווים מנחים להחלתה של הדוקטרינה במשפט הפלילי, קבע בית המשפט בעמודים 806-807, לאמור:
"עיקר עניינה של ההגנה מן הצדק הוא בהבטחת קיומו של הליך פלילי ראוי, צודק והוגן. בעיקרון עשויה אפוא ההגנה לחול בכל מקרה שבו קיומו של ההליך הפלילי פוגע באופן ממשי בתחושת הצדק וההגינות כפי שזו נתפסת בעיניו של בית-המשפט. מטרת החלתה של ההגנה היא לעשות צדק עם הנאשם, ולא לבוא חשבון עם רשויות האכיפה על מעשיהן הנפסדים. ואולם לרוב (אם כי לא תמיד) תיוחס הפגיעה בצדקתו ובהגינותו של ההליך הפלילי להתנהגות נפסדת של הרשויות; ובמקרים כאלה אכן מוטל על בית-המשפט לבקר את מהלכיהן. ברם, לא כל מעשה נפסד שעשו הרשויות החוקרת או המאשימה, או רשות מעורבת אחרת, יצדיק את המסקנה שדין האישום להתבטל מטעמי הגנה מן הצדק; בין מפני שבאיזון בין האינטרסים הציבוריים המתנגשים גובר העניין שבקיום המשפט, ובין (וזה, כמדומה, המצב השכיח) מפני שבידי בית-המשפט מצויים כלים אחרים לטיפול בנפסדות מהלכיהן של הרשויות. ביטולו של הליך פלילי מטעמי הגנה מן הצדק מהווה אפוא מהלך קיצוני שבית-המשפט אינו נזקק לו אלא במקרים חריגים ביותר. בדרך כלל יידרש הנאשם להראות, שהתקיים קשר סיבתי בין התנהגותן הנפסדת של הרשויות לבין הפגיעה בזכויותיו. עם זאת אין לשלול אפשרות שהפגיעה בתחושת הצדק וההגינות תיוחס, לא להתנהגות שערורייתית של הרשויות, אלא, למשל, לרשלנותן, או אף לנסיבות שאינן תלויות ברשויות כל-עיקר אך המחייבות ומבססות בבירור את המסקנה, כי במקרה הנתון לא ניתן יהיה להבטיח לנאשם קיום משפט הוגן, או שקיומו של ההליך הפלילי יפגע באופן ממשי בתחושת הצדק וההגינות. אך נראה כי מצב-דברים כזה אינו צפוי להתרחש אלא במקרים חריגים ביותר."