הנציב המשיך וכתב ביחס לטענות השר לקיומה של עילת משבר אמון חריף ומתמשך כך:
"ככל שחילוקי הדעות בין השר למנהלת הרשות נוגעים לאכיפה פרטנית במסגרת סמכויותיה ולא למדיניות כללית, וסירובה של הממונה לפעול נוגעת לקשיים משפטיים משמעותיים ביחס לבקשות השר. בנסיבות אלה, אי ההסכמות לא יכולות להוות עילה להפסקת כהונה [...] מעבר לכך, המשבר לא צריך להיות רק חריף אלא שעליו להוביל למצב שבו נמנע תפקוד יעיל ותקין של הרשות. ממכתבך לא עולה, כי רשות התחרות אינה פועלת כיום באופן יעיל ותקין" [הדגשה במקור - י"ע] (שם, בפסקאות 16-15).
- בשלב זה, העתירה תוקנה והתבקשו בה שני סעדים - כי תבוטל החלטת הנציב מיום 12.8.2024, וכי ועדת המינויים תכונס לאלתר על מנת לדון בבקשת השר. בקליפת אגוז יצוין כי בעתירה המתוקנת נטען, בין היתר, כי החלטה 4062 מסמיכה את הוועדה בכללותה ולא את הנציב לבדו לדון בבקשת השר; כי הימנעות הנציב מלהעביר את בקשת השר לבחינת הוועדה רוקנה מתוכנו את ההליך אל מול הוועדה; כי הפרשנות שאימץ הנציב מפרה את האיזון בין הדרג הנבחר ובין הדרג הפקידותי, ובכך מתערבת במנגנון שהממשלה קבעה לעצמה בהחלטה 4062; וכי הוצב רף גבוה יתר על המידה לעצם כינוס הוועדה, שהוא שלב ראשוני מאוד בהליך הפסקת הכהונה.
- מנגד, משיבי המדינה סברו כי דין העתירה להידחות. נטען, בעיקרם של דברים, כי נוכח החשיבות שבשמירה על עצמאותם של נושאי משרה בכירים בשירות הציבורי; ונוכח העובדה שעצם הפתיחה בהליך להפסקת כהונה מייצר "אפקט מצנן", יש לנציב שיקול דעת להחליט אם לכנס את הוועדה על מנת לדון בבקשת השר. משיבי המדינה טענו כי המקור לסמכותו של הנציב מצוי, בין היתר, בהחלטה 4062, הקובעת כי נציבות שירות המדינה תרכז את פעילות הוועדה. עוד נטען כי סעיף 3.ד להנחיית הנציב (סעיף 4.ד להנחיה המעודכנת), המסדיר הליך של קבלת חוות דעת משפטית במסגרת הליך המינוי, משמש מקור נורמטיבי לקיומו של הליך בדיקה מקדימה על ידי הייעוץ המשפטי לממשלה טרם כינוס הוועדה לצורך הפסקת כהונה. משכך, נטען כי לנציב סמכות שלא לכנס את הוועדה ככל שימצא כי פניית השר לא מקימה תשתית עובדתית, ולוּ לכאורית, להפסקת כהונת נושא המשרה, כפי שאכן נמצא בנסיבות המקרה דנן.
יצוין כי השר תמך בקבלת העתירה אולם לא ביקש ייצוג נפרד בהליך מושא הדיון הנוסף, ומשכך עמדתו הובאה לפני בית המשפט מעת לעת באמצעות "מכתבים" אשר צורפו לכתבי הטענות מטעם משיבי המדינה.
- ביום 3.2.2025 התקיים דיון ראשון בעתירה, שבסופו ניתן צו על-תנאי כדלהלן:
"1. ניתן בזאת צו על-תנאי המופנה אל המשיב 1, נציב שירות המדינה, אשר מורה לו לבוא וליתן טעם מדוע אינו מכנס את ועדת המינויים, הפועלת מכוח החלטות ממשלה 516 ו-4892, על-מנת לבחון את צדקת טענתו של המשיב 2, שר הכלכלה והתעשייה, שעניינה חוסר אמון חריף בינו לבין המשיבה 5, הממונה על התחרות הכלכלית, כעילה לסיום כהונתה - טענה שפורטה במכתבו של השר מיום 28.1.2024.
- מובהר בזאת, כי צו זה מוגבל לבדיקת טענתו של השר בדבר חוסר אמון חריף כאמור. לא ראינו לנכון ליתן צו על-תנאי בהקשרן של טענות נוספות שהועלו על ידי השר כביקורת על פועלה של הממונה".
אם כן, הצו על-תנאי שניתן בגדרי ההליך נתחם לשאלת אי-כינוסה של ועדת המינויים אך ביחס לעילת הפסקת הכהונה שעניינה משבר אמון חריף ומתמשך, מבלי שנכללו בו הטענות הנוגעות לעילת אי-ההתאמה. בהמשך לכך, ביום 21.5.2025 התקיים דיון בהתנגדות להפיכת הצו על-תנאי לצו מוחלט וביום 28.7.2025 ניתן פסק הדין מושא הבקשה לדיון נוסף.