לטענת התובעת, גם לאחר שלב ההצעות המיטביות היה מקום להכריז עליה כזוכה במכרז, וזאת ממספר טעמים. ראשית, הצעתה כללה סעיף נפרד של מחשבים מתוצרת חברת אלביט (להלן – אלביט), בעוד שהצעתה של חברת אייר לא כללה סעיפים אלה; וכך, אם הייתה מתווספת עלות המחשבים להצעת אייר, הרי שהצעתה הייתה מתייקרת, באופן שהצעת התובעת הייתה הופכת לזולה ביותר, ולבעלת הציון המשוקלל הגבוה מבין ההצעות. סיבה נוספת אשר לשיטת התובעת מחייבת להכריז עליה כזוכה במכרז, הִנה התעלמות הנתבעת מהתקנות בדבר העדפת תוצרת הארץ. לטענתה, על-פי תקנות חובת המכרזים (העדפת תוצרת הארץ, וחובת שיתוף פעולה עסקי), התשנ"ה-1995, המתייחסות להעדפת תוצרת הארץ, היה על הנתבעת להפחית 15% מערך הצעתה של העותרת, ולאור זאת להכריז עליה כזוכה במכרז. סיבה נוספת המצדיקה, לטענת התובעת, את ההכרזה עליה כזוכה במכרז, הנה שינוי תנאי ההתקשרות החוזית לטובת חברת אייר, לאחר זכייתה במכרז. לטענתה, לאחר ההחלטה על זכיית חברת אייר, שינתה הנתבעת את תנאי המכרז באופן משמעותי ומהותי. בכל הנוגע ללוח הזמנים, קיבלה אייר ארכות נדיבות של 56 שבועות לצורך אספקת שתי המערכות הראשונות. גם המחיר שנקבע שוּנה, ובמקום סכום של 3,453,000 דולר אותו הציעה אייר במכרז ולפיו זכתה בו, נקבע סכום של 3,858,747 דולר, שאינו כולל את המחשבים מתוצרת אלביט ששווים כחצי מליון דולר, ואשר אמורים היו להיות כלולים כבר בהצעה במכרז. שינויים אלה, לטענת התובעת, היו משפיעים על ההצעות הכספיות באופן שהיה מביא לתוצאות שונות בזכייה במכרז.
16. בהתייחסה לשלב קיום המכרז עם אייר, טענה התובעת כי אייר הפרה את הוראות ההסכם, ועל-כן היה על הנתבעת לבטל את ההתקשרות עמה, ולהעביר את הפרויקט לביצועה של התובעת. לגרסתה, בשנת 1999 טרם סיפקה אייר לנתבעת מערכות שהייתה אמורה לספק לה כבר בסוף שנת 1997, ואף טרם נסתיים תכנון המערכות. לפיכך טענה היא, כי משכשלה אייר בביצוע חיוביה על-פי המכרז, היה על הנתבעת למסור את ביצוע הפרויקט לתובעת, שהייתה השנייה בדירוג הזוכים במכרז, ובעלת היכולות לבצעו.
17. באשר לשלב ההתקשרות של הנתבעת עם חברת וייסלה, הוסיפה והלינה התובעת על עצם ההתקשרות של הנתבעת עם החברה הנ"ל לצורך ביצוע המכרז, חלף חברת אייר. לטענתה, וייסלה לא רכשה את מניותיה של חברת אייר, אלא אך את נכסיה, ועל-כן אין היא נכנסת בנעליה. כך, מבלי שפנתה אל התובעת, העבירה הנתבעת את ביצוע העבודה לוייסלה והתקשרה עמה בחוזה ללא מכרז, בניגוד לדיני המכרזים. בהקשר זה הוסיפה וציינה התובעת, כי ההסכם שנכרת עם וייסלה אינו דומה לחוזה שנחתם עם אייר, ואף המערכת המטאורולוגית שסוכם כי תסופק על-ידי וייסלה אינה אותה מערכת שהוצעה על-ידי אייר במכרז. נוסף על כך נטען, כי לאחר התקשרות הנתבעת עם וייסלה, שונו תנאי המכרז לטובתה של האחרונה. השינוי, על-פי הנטען, בא לידי ביטוי, הן על-ידי העלאת המחיר הכולל לסך של 4,606,000 דולר, חלף 3,453,000 בהצעתה של אייר; הן על-ידי רידוד הדרישות הטכניות שנדרשו מוייסלה, וביניהן... [הושמט קטע חסוי]; והן על-ידי ויתור בנושא לוחות הזמנים לביצוע ההתחייבות, כאשר הדרישה המקורית הייתה לאספקת המערכות עד לחודש דצמבר 1998, בעוד שהנתבעת קיבלה התחייבות מוייסלה לאספקה חלקית בחודש נובמבר 2001, ולסיום האספקה בחודש מאי 2002.