הנתבעת התייחסה אף לטענת התובעת, לפיה קיימת אי-התאמה בין הצעתה הראשונית של אייר לבין הסכום אותו רשמה הנתבעת בטבלת ריכוז ההצעות. לטענת הנתבעת, סכום זה כלל עלויות שינוע וביטוח, ושינויים שנבעו מאופן החישוב והמרות המטבע; ומכל מקום, אין משמעות להצעה זו, משניגשו המשתתפים לשלב הגשת ההצעה המיטבית.
עוד טענה הנתבעת, כי יש לדחות את התביעה על הסף מחמת מניעות, שכן התובעת ניגשה למכרז והסכימה לתנאיו מבעוד מועד, ואם מבקשת היא להלין על תנאיו, וביניהם האפשרות לצאת להצעה מיטבית סופית (BAFO), שינוי ציון הסף, ושינוי סעיפים בהסכם, מכוח האפשרות שניתנה לכך בתנאי המכרז, היה עליה לעשות זאת בטרם הגישה הצעתה במכרז.
הנתבעת הוסיפה והתייחסה למספר טענות שהעלתה התובעת. הנתבעת דחתה את הטענה, כי נפלו פגמים בבחירתה של חברת אייר כזוכה, וגורסת כי הטענה לפיה הבחירה נבעה משיקולים זרים משוללת יסוד וחסרת כל בסיס ראייתי. באשר לטענה, לפיה הנתבעת לא החילה בעניינה של הנתבעת את התקנות בדבר העדפת תוצרת הארץ, מציינת הנתבעת כי התובעת, בהצעתה, כלל לא חתמה על החלק המתייחס לעניין זה, ולא החתימה רואה חשבון על חלק זה בהצעה, כפי שנדרש.
21. ומכאן לטיעוני הנתבעת באשר לשלב חתימת החוזה עם אייר ולתקופה החוזית הראשונה. כאמור, התובעת הלינה כנגד הקלוֹת שניתנו לאייר, מעבר לתנאי המכרז, הן בשלב חתימת החוזה, והן לאחר מכן. באשר לטענת התובעת, כי מחיר הצעתה של חברת אייר שוּנָה לטובתה באופן משמעותי לכשנחתם עמה ההסכם, השיבה הנתבעת כי המחיר הכולל שנקבע בהסכם אכן היה גבוה מההצעה, אך זאת נוכח החלטתה לרכוש ציוד נוסף מהזוכה, לאחר שנתברר כי הצעתה זולה מהאומדן. כך, נרכשו עוד חלקי חילוף בסך כ-330,000 דולר, ושודרגו הקרונות בהיקף של 83,000 דולר. לטענת הנתבעת, השינויים נעשו בהתאם להוראה שנקבעה במכרז, לפיה רשאית היא לערוך שינויים טכניים, וכן שינויים בכמויות ובלוחות הזמנים, שכן מדובר בפרויקט צבאי מורכב וארוך טווח, אשר דורש גמישות בביצועו, והדבר מעוגן אף בהסכמים שנחתמו בעקבות המכרז. הנתבעת אישרה, כי אכן חלו עיכובים בפרויקט, אך טענה כי חברת אייר הציגה התקדמות בביצועו, וכן גרסה כי לא בכל מקום שבו חל עיכוב יש לבטל את ההסכם, לא כל שכן כאשר עסקינן בפרויקט חיוני ומורכב כמו הנדון.
הנתבעת אף טענה, כי התובעת נעדרת זכות עמידה ועילת תביעה בשלב החוזי, שכן משנכרת החוזה בין אייר לבין הנתבעת הסתיימו הליכי המכרז. משלב זה אין ביכולתו של צד שלישי, לרבות מי שהשתתף במכרז, להתערב ביחסים החוזיים שבין מזמין המכרז לזוכה במכרז.