באי כוח הספינות מיקדו את הדיון וטענו כי הציוד הרפואי לא הועבר כמובטח וכמוצהר לרצועת עזה. על כן החל הדיון בבירור גורלו של הציוד הרפואי.
48. מתצהירי וטיעוני בעלי הספינות עולה כי הציוד הרפואי נרכש בעת שהספינות עגנו בנמלי איטליה. הציוד הרפואי נרכש על ידי ד"ר פאוזיה חסן ממלזיה, חלקו בעיר נאפולי וחלקו בעיר פלרמו. הציוד נרכש על פי בקשת ארגוןMy Care הפועל ברצועת עזה, בהתאם לצרכים הרפואיים שנדרשו. בסך הכל נרכש ציוד בסך של 10,000 אירו ונתרם ציוד נוסף בסך של 3,000 אירו, כך ששווי כל הציוד הרפואי היה 13,000 אירו (ראו תצהיר הגב' זהר רגב ותצהיר הגב' אן רייט). הציוד הרפואי נארז ב-116 ארגזים שמתוכם 114 הוטענו על שתי הספינות ושני ארגזים הוטענו על ספינה אחרת בשם פלסטין. נטען כי לא כל הציוד הרפואי הגיע לרצועת עזה ובכל מקרה הציוד לא הגיע לארגון My Care אליו היה מיועד.
49. המבקשת טענה כי כל הציוד הרפואי שהיה על הספינות נארז בארגזים והועבר לנציגי מפקדת התיאום והקישור בעזה. באנייה קארסטיין נאסף ציוד בכ-15 ארגזים ו-3 שקיות ובאנייה פרידום נאסף ציוד בכ-18 ארגזים וב-3 שקיות (ראו תצהירו של אהרון אתשמוז). עוד נטען כי כל הציוד הועבר לרצועת עזה, כמפורט בתעודת עובד הציבור שנחתמה על ידי באסם הינו מיום 23/07/2019.
בתצהיר מאוחר יותר, של רס"ן איתי רוזנבלום, הובהר כי כל הציוד ההומניטארי שהיה על הספינות הועבר לרצועת עזה. נאמר גם כי הציוד נארז בארגזים ייעודים של חיל הים ולכן יש שוני במספר הארגזים. לתצהיר צורף פירוט של המסמכים שנתפסו בספינות ונטען כי כל הציוד שפורט במסמכי הספינות נארז והועבר לרצועת עזה.
50. עוד נספר כי בעת שהספינות עגנו בנמל חיל הים בחיפה הן נשמרו על ידי חיילי הצבא. ביום 24/02/2020 נשלחה הודעה כי בלילה שבין 20/02/2020 ל-21/02/2020 שקעה האנייה קארסטיין. לאחר דיונים שונים והחלטות למשיית הספינה, התברר כי לא ניתן למשותה בשלמותה. על כן ניתנה הוראה למינוי שמאי להערכת שווי הספינה ולאחר מכן אושר למבקשת להוציא את הספינה לרציף ולהעביר את חלקיה לגריטה (ראו החלטה מיום 27/02/2020).
51. בתיק העיקרי ניתנה הוראה להגשת תצהירים והדיון בתיק נקבע לשמיעת ראיות. המשיבות ביקשו לזמן לעדות גם מספר עדים שאינם תושבי ישראל ובהם הקפטנים של הספינות, מר הרמן רקטצ'ין משוודיה, מר ג'ון תורנבול מקנדה, וכן את מר אחמד תעבאת מעזה. לכניסתם של עדים אלו היה צורך באישורים שונים שכן כניסתם לישראל אסורה.