20. אשר לעקרון האוטונומיה של הרשות המקומית, שיטת המשפט הישראלית הכירה בחשיבותו של עקרון זה ובערכו והוא קשור קשר הדוק להליך הדמוקרטי שמתנהל ברשות המקומית. כך, עמד על הדברים השופט א' שטיין באחת הפרשות:
"עצמאות השלטון המקומי מהווה ביטוי לדמוקרטיה פלורליסטית שבמסגרתה כל רשות מקומית מגשימה את רצון תושביה בנושאים מוניציפליים שונים ומגוונים. רשות מקומית אחת איננה חייבת להיות דומה לרשות מקומית אחרת.
רשות מקומית מקיימת את רצון תושביה באמצעות נבחריהם הישירים אשר קבעו את מרכז חייהם בתחומה [...] בדרך זו, מובטחת זהות בין האינטרסים של הנבחר לבין טובתם של תושבי המקום שנתנו לו את קולם בבחירות" (עע"ם 6525/17 זנלכל בע"מ נ' המועצה האזורית עמק יזרעאל, פסקה 20 (8.11.2018)).
ברי כי התערבות השלטון המרכזי באמצעות החלפת ההנהגה המקומית והצבת הנהגה מטעמו מגלמת פגיעה עמוקה באוטונומיה זו. ואולם, כפי שנקבע פעמים רבות בפסיקתנו, הזכות לבחור ולהיבחר, כמו גם עקרון האוטונומיה של הרשות המקומית, אינם ערכים מוחלטים, ובנסיבות מסוימות הם נסוגים מפני הצורך להבטיח את תפקודה התקין של הרשות (עניין חביש, פסקה 61; בג"ץ 6365/08 בנישתי נ' שר הפנים, פסקה יט (25.8.2008); עניין חאג' יחיא, פסקה 10; בג"ץ 10282/06 ג'אברין נ' שר הפנים, פסקה 10 (24.5.2007); בג"ץ 10769/05 אלמקייס נ' שר הפנים, פסקה 10 (20.2.2006)). לצד זאת, ונוכח הפגיעה הדרמטית שכרוכה בהפעלת הסמכות, נקבע לא אחת כי פרשנות הסמכות תהא "דווקנית, צרה ומצמצמת" (עניין חביש, פסקה 64; עניין חאג' יחיא, פסקה 11).
21. הניסיון להשיב את הרשות המקומית ל"דרך המלך" נעשה כאמור באמצעות מינויה של ועדה – מקצועית ונטולת פניות – שביכולתה לנקוט גם בצעדים לא פופולריים כדי להביא להבראת הרשות (בג"ץ 7426/07 סלאמה נ' שר הפנים, פסקה 8 (19.1.2009); בארי וקואל, בעמ' 54; כן ראו והשוו: עניין אבו עראר, בעמ' 40-39). ניתוקן של הוועדות הממונות מהזירה הפוליטית המקומית, כפי שנעשה בין היתר בתיקון מס' 39, מבקש לשמר את אופיין המקצועי והענייני; לקדם את אמון האוכלוסייה המקומית בהן (ראו אצל בארי וקואל, בעמ' 59; אשר לחשיבותו של אמון זה בהצלחת הוועדות הממונות ראו דו"ח מבקר המדינה, בעמ' 74; כן ראו והשוו: בג"ץ 6859/98 אנקונינה נ' פקיד הבחירות אור עקיבא, פ"ד נב(5) 433, 446 (1998)); ולהקל עליהן ברתימת גורמים מקומיים לשיתוף פעולה בהליכי השיקום (או ההקמה). נוכח ניתוק הוועדה הממונה מן הזירה הפוליטית המקומית, ונוכח זהותה הא-פוליטית גורמים פוליטיים מקומיים לא חוששים משיתוף פעולה עמה. עמדו על הדברים גם בארי וקואל במאמרם שהובא לעיל: